邛州作为川西财税重地，不仅有大片良田也有大量的山地，其物产丰饶程度比之崇庆府有过之而无不及，特别是盐铁这两个产业为历朝官府最为看重。蒙军在此驻扎了五百骑兵和一千新附军，驻军数量甚至比云顶城还多，是蒙军仅次于成都的川西军事重镇。横原堡之战后蒙军收缩防守，各县骑兵纷纷回撤成都。邛州蒙军得非但没有后撤，反而又抽调了邻近的新附军精锐到邛州，现在城中的新附军人数已达一千五百人。成都方向蒙古骑兵由于西渡金马河不得，试图从彭山城方向支援邛州，也因被霹雳军水军侦知而放弃。新津城的霹雳军水军随时都有侦察船监控着彭山城的动向，只要蒙军水军一露头，便会将其逐回水寨。
邛州城离南河约一里。霹雳军自南而来，南门自然在战船的火力范围之内。欧阳轩先是命人在箭程之外掘壕并将土堆成胸墙，后是曹二狗率军登陆南门构筑工事，并将壕沟和胸墙逐步延伸到东门。在霹雳军挖壕筑墙期间，邛州城的守军曾用攻城武器轰击霹雳军士兵，却在战船火炮猛烈轰击下支离破碎——不光是攻城器械还有人体。守军也曾派骑兵突击，但在霰弹构成的火力封锁线下无功而返。这样打打停停，曹二狗花了五天时间才筑好了简易工事。这种由壕沟、土墙和拒马组成的工事虽然简陋，但配上火炮和手雷却是冷兵器军队的噩梦，将邛州的南门和东门封得死死的。封锁了这两个门后，霹雳军停止了挖掘。城中的蒙军认为霹雳军是挖累了，需要休息。事实上在大暑天冒着烈日挖掘，的确十分消耗体力，但这并不是停下的理由，真正的原因是欧阳轩在等待时机——在横原堡出发之前他已派人分别潜往嘉定府和雅州及百丈县，请求派兵合击蒙军。
按照欧阳轩的设想，拿下蒲江城和大邑城之后便是彻底切断了邛州蒙军向东、向南逃窜之路。先不说蒙古人在霹雳军控制水道的情况下根本不可能渡河，就仅凭蒲江、大邑两城墙上的火炮便会让蒙军知难而退。如此一来，邛州的蒙军只能往北和往西退却。而北方是险峻的龙门山脉，那些羊肠小道就连猎户也通行困难，更别说骑兵和疏于训练的新附军了。至于往西边退，则需通过雅州的百丈关。这百丈关是百丈县城，虽然城池不大却是险峻，也属易守难攻的要塞，乃是川西平原通往山地的咽喉要地。欧阳轩派人前往嘉定府拜见俞兴，是因为雅州这半汉半蕃之地属于俞兴的势力范围。蒙古数度入侵四川使得朝廷威望大减，对蕃边地区控制力日益减弱，故又任命俞兴为成都安抚副使兼嘉定知府，负责威、茂、黎、雅等地的边防之事。崇庆府也是成都府路管辖，身为永康县令的欧阳轩自然也是俞兴的属下，只是俞兴对饱受蒙军蹂躏的崇庆府百姓毫不关心。实际上欧阳轩对俞兴等一众南宋腐败官员已失望透顶，根本没有指望他们派兵相助，只希望他们不拖抗蒙事业的后腿便行。他之所派出使者，一方面是报告这个名义上的上司，霹雳军将攻打邛州的蒙军，另一方面则是提醒雅州和百丈城守军防范蒙军西逃。
等待的日子是一种煎熬。对霹雳军而言，围城的日子并不难熬，食物充足也有帐篷遮阳，还可以分批到河中游泳纳凉。至于工作则是不时往城中炮击，让蒙军睡不好觉吃不好饭，神经处于紧绷状态。对于城中蒙军来说，等待的日子则太难熬了，除了不清楚被何时落下的炮弹收割性命外，首要的问题是粮食缺乏。邛州如同其他川西的州县一样，城中粮食也按刘黑马之令优先送往了攻打横原堡的密者火里部。城中蒙军原本打算派人到乡间搜刮一部分，再坚持一个月便是秋收时节。哪料到战局变化如此之快，转眼之间攻守易势，城中又涌入了五百新附军，粮食供应更加捉襟见肘。现在围城之下根本无法出城搜刮，况且现在附近各城和屯垦点大都已落入霹雳军手中，迎接蒙军征粮小队的估计只有迎头痛击。比缺粮更头痛的则是马匹问题。蒙古马虽然极坚韧也耐粗饲，但如同蒙古人一样对湿热气候极度不适应。霹雳军进攻邛州之前，这些马匹都是放养在河边水草丰美处，烈日正盛时还要驱赶到城外的密林遮阳。现在河滩地和城外的树林都在火炮之下，冒险过去放牧只是为霹雳军食谱上增加马肉供应而已。蒙军也曾出北门和西门外的小河和池塘边放牧，不料却被霹雳军小艇袭击。这些小艇只有两三人，划起来速度飞快。他们利用水草的掩护偷偷潜伏，用火枪轰上几枪，再扔几颗手雷便走，转眼便没了踪影，搞得马群一惊一乍，根本无法安心吃草。蒙军没办法，只得将马匹圈养在城中，派新附军士兵去割草。只是新附军士兵根本不识得毒草，这些混杂了毒草的草料被饿坏的马匹吃掉，中毒或病或死损失的马比被霹雳军炸死的马还多。更要命的是虽然邛州城够大，但一千多匹马圈在城中，大量的马粪在盛夏的天气中发酵，让整城都散发着恶臭。
如果说蒙军士兵感受到的是身体和精神双重煎熬的话，守城的蒙军将领则嗅到了极度危险的信号。这蒙军将领叫彻里，是纽璘手下的一名悍将。因为邛州盐铁对稳固蒙古人在川西的统治实在重要，便被纽璘派了过来。霹雳军刚开始进攻的时候，彻里倒是颇有信心。他手下的五百骑兵并非是色目人或蒙古汉军，而是纯正的蒙古人，配置也是一人三马。这种精锐骑兵要是在草原或北方平原地带，即便面对十倍宋军也敢一战，即便不能取胜也可以全身而退。霹雳军火炮虽然厉害但机动性差，只要露出一丝破绽，便可能被骑射天下无敌的蒙军击溃。
