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、东南亚、南亚和欧洲的贸易，就难以收复台湾。当然对于郑家要放在后面，毕竟镇军海军的实战经验不多，可以先拿朝鲜水师练练手，至于黄海、渤海的登莱水师若有挑衅，同样可以击之，鞑子的水师直接击沉。
打击目标首选朝鲜，崇祯十三年七月二十八日，镇军东部镇军，上海海军军部开始谋划对朝作战。
为了东征朝鲜同时应对福建郑芝龙的骚扰，镇军海军第一次战争--朝鲜战争（1640-1641）期间发布了《海上作战条令》，条令明确的把纵队定为海军作战时的标准队形：“各分舰队的所有战舰都必须尽力与其分队长保持一线队列（单纵阵）前进”这也是“战列线”这一名称的首次被使用。
镇军海军按照以下标准对舰船进行分类：
一级军舰，这级军舰担任舰队的旗舰，三层炮甲板，钢制火炮100门以上，定员1000人以上，排水量3500-4000吨。向英国购买了两艘这种大型三桅帆船，同时仿造并改进了火炮配置和外部防御以及增大排水量，海军计划建造十艘。同时配置：每只船只配置飞艇一艘、热气球五个，浮雷百枚。
二级军舰，这级军舰比一级军舰略小。三层炮甲板，钢制火炮90-98门，定员800人左右，排水量2500吨以上，热气球三个。这类战舰一般是充当小型机动作战的旗舰，或者是当副旗舰位置，在旗舰受损的情况下，充当旗舰。目前镇军现有15艘，计划配置26艘。
三级军舰，这级军舰分为几种型号，二至三层炮甲板，火炮64-80门，定员500-700人左右，排水量1500-2500吨，热气球一个。这是镇军海军中数量最多的主力舰只。由于排水量过小，导致在暴风雨天气，军舰的下层炮甲板的炮门不能打开。目前海军有30艘，计划配置70艘三级军舰。
四级军舰，这级军舰有两层炮甲板，火炮50-56门，定员350人左右，排水量1000吨以上。它们主要担任海外巡航分舰队的旗舰，目前有50艘，计划配置为128艘。
五级战舰，改进后的福船为主，配置火炮30-40门，定员100人左右，排水量500吨以上。改进后的福船为两桅，三层，两侧装有铁甲护板。士兵掩护在其后向敌船射箭发弹，掷火球、火砖、火桶。并顺水顺风撞击敌人小船。由于原大明长江水师拥有大量福船弃置，海军方面又购买山东登莱水师的福船，目前此类最多，达到了350艘，后期这类船只将配置给内河水师。
各类辅助船只：中等海沧船和小型苍山船为主，楼船、蒙冲、斗舰、海鹘、走舸等相适应配置。
福建郑芝龙的船只很多，他的主力为三桅炮船：仿制荷兰巨型战船，身高大，首昂尾翘，航行迅速，不惧风浪。树3桅，主桅高4丈，船长20丈，舱5层，船面设楼高如城，可容300人，配红夷炮8门，千斤佛郎机40门。
最高级的战船双层甲板均装备带有环栓能够拖动的火炮，其一艘战船上就配备了24门红夷大炮，而当时明军的战船上至多也只有6~8门，郑芝龙战船上的大型火炮数量是明军的3倍以上，这使得明军水师在面对郑芝龙的舰队时很难有抵抗的能力。
郑芝龙除了上述两类巨舰外，还有两种专门用于快速化作战的战船——乌尾船和鸟船，这两类船的数量最多，承担了战斗中的骚扰和近战。福建郑家的各类船只目前总量绝对雄霸东海、南海水域，总计一千五百艘。
