崇祯十四年（1641）六月初一，横波府做为一个独立于大明的政治机构正式成立。这也是卓青枫经过深思熟虑，同时与横波府内各个方面的商谈讨论的结果，既然已经和明廷撕破了脸，干脆走自己的路吧，否则跟随自己的这帮人就没有归宿。日本的幕府政治比较适合，于是横波幕府正式成立。
青枫自任成为横波府的总理大臣，内设军政大臣六名，暂由六部大臣充任，仿效大明设立五部一军，吏部大臣为柳如是担任，左右大臣分别为陈组绶、阮二；户部大臣由顾媚担任左右大臣为绮红、阮三；礼部大臣阮大铖，左右大臣分别为熊文灿、许文岐；刑部大臣方岳贡，左右大臣为郑同玄、邓藩锡；工部大臣陈洪谧，左右大臣分别为王城、王强；军部大臣由青枫担任。苏松地区要员，李瑞和任苏州知府，陈子龙为新上海知府，夏允彝为松江知府；李雯任华亭知县，宋征舆任上海知县。
为了适应经济发展战略，组建经济委员会，委员会成员青枫、顾媚、柳如是、阮大铖、陈洪谧，方岳贡，原横波府产业金陵建造局、金陵纺织局、金陵宝钞局、金陵商务局、金陵文艺局、金陵运输局、金陵外贸局、金陵保密局等机构暂时归属经济委员会直接管辖，待战事结束后再划归各部。
军部镇军参谋部由卢象升、李岩、刘溪、左岩、牛金星、宋献策六人组成，下辖三十镇镇军。海军大臣和东部陆军大臣李岩担任，下辖上海三镇，一镇总兵万福、二镇总兵沈城、三镇总兵田清文，海军一镇总兵崔应、二镇总兵陶武。北部陆军大臣宋献策，北部一镇总兵张大年、二镇总兵钱思伦、三镇总兵王浩；西部陆军大臣牛金星，（颍州）一镇镇军总兵李冰、二镇总兵朱干白、三镇总兵严冬，（六安）四镇总兵吴三地、五镇总兵周琦、六镇总兵宋宇；南部陆军大臣刘溪，（安庆）南部一镇总兵何志奎、（太平）二镇总兵马震。
水军大臣（江、黄、淮、运）左岩，长江水师总兵曹能、淮河水师总兵赵四庆、黄河水师总兵孙成栋、运河水师总兵蒋亦道；内卫大臣文忠，下辖南京五镇，一镇总兵黄石东、二镇总兵吴彪、三镇总兵黄晖、四镇总兵郑双鹰、五镇总兵常浩天；独立陆军大臣卓忠实，（襄阳）一镇总兵杨廷麟、二镇总兵刘汝鑫、三镇总兵刘跃、四镇总兵郭阳、五镇总兵贾鹏。
为了和大明官职衔接，同时不违背大明礼制，青枫对内为总理，对外亦称为大学士，各部大臣对外统称为大帅、督师或者总督。此外，横波府下属各局护卫保镖统一编为警备军，不属于镇军序列，由红娘子担任警备军督帅，下辖三万，职责在护卫保镖的基础上，扩大到维持横波府管辖范围内社会治安。
横波府成立后，立即制定了一系列规范化制度和政策。原经济军事和对外政策不变，对于运河漕运，立刻裁撤一半关卡，减少一半货物税收和钞关，同时加强了河道的安全问题，剿清水匪问题日益提上日程；准备一年的对朝作战计划将在一月后展开，攻击计划由参谋部谋划，主要对手大明登莱水师（实力最差）、朝鲜水师（属于满清）、日本水师、福建郑氏水师，
科学岛各种产业转化为民用，尤其是铜线的批量生产、钢铁品质的提升、蒸汽机初具雏形、机械计算器研制等。法国科学家笛卡尔，法国天才数学家、科学家帕斯卡，法国商人、数学家费马，法国数学家德扎格等基于对微积分的热爱，纷纷来到了上海科学岛，成为一名科学研究员，为机械时代和电力时代的到来奠定了坚实的基础。
横波府成立后，整个六月重点在于救灾，这也是破除木煞阵之后的反噬。
对于南直隶之外的蝗灾，横波府全部交由各镇水师负责，水军大臣左岩全局调控，由各镇水师将横波府准备的粮食及时运达水道两岸官府，至于救济粮食是否被大明各地官府贪墨，横波府则是无暇顾及。
