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主角还需要建立一套行政机构来执行政务，一开始他考虑的很复杂，要让权力机构和行政机构分开，但后来考虑到蚂蚁国家本身还很原始，他还是放弃了仿照成熟的现代人类国家的那一套体制。
在他的新规划里，各机关的首脑本身就应该获得各族联合会议以及蚁族大会的代表资格。
比如锹象是军团长，他不可能当着军团长却不能入选代表，也不可能为了代表资格就放弃军职。
“小秘二世”也一样，身为科研组绝对的顶梁柱，不可能放弃本职，也不能不给一个代表职位。
那就干脆合二为一，这样会议室通过的议题也就正好分配给相关代表去执行，还省了一道权力机关向执行机关发文的步骤。
人类古代文明，也长期权力机关和行政机关不分开，这样的体制更适合早期文明的实际情况。
但主角还是计划建立了几个专业机构，负责管理越来越复杂的经济社会活动。
事实上，主角以前在[东杨城]就分工建立了常备军、建筑队、农业队、征粮队、杂役队的编制，但这种行政架构还非常原始，也远不能有效管理越来越先进的生产方式。
这一次，主角决定根据目前的发展水平，建立几个专业机构，各司其职。
在主巢，神使王军团将设军事部、财务部、蚁口部、农业部、工业部、科研部、工程部、交通部、外交贸易部、教育部十个部。
其中军事部负责配合神使王指挥和协调军队的行动，也负责军事后勤等相关事宜，下辖参谋处、后勤处、征兵处、训练处、驭兽处、军工处。目前部长由锹象兼任。
参谋处计划由因老病伤残而退役的军官组成，让他们发挥余热，也协助主角决策军事行动。日后，也将考虑专门开设学校培训专门的参谋型蚂蚁。
后勤处负责军队后勤物资的筹集、运输和供应，有专门的军事运输队，与交通部的民用运输队分设。
征兵处负责根据常备军团的缺额及时补充兵力，也负责组建新部队。
训练处负责军队的日常训练。原先日常训练是由各军团自行组织，现在将训练权剥离出来，这样更加专业，也削弱军团长对军队的全方面掌控。
驭兽处负责苍蝇、甲虫等驭兽的驯化、饲养，这一类军事用途的驭兽的养殖场从农业部的养殖场里分离出来。
军工处负责军队相关的工业生产，因为炼铁高炉等作坊都归工业部管理，所以这个处目前主要起到协调的作用。但日后随着生产力发展起来，将会有专门的军工厂和军事科研团队归其管理。
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