二条御所被围，狼狈不堪的足利义辉匆忙打算故技重施，搬出朝廷来进行调停。之前的教兴寺之战之后，就是朝廷为他调停了和三好家的战争，让他得以重返京都。
然而，这一次三好义贤和松永久秀却异乎寻常地顽固，一口回绝了朝廷的请求。他们挑好了代替足利义辉的人，那就是足利义辉的从弟——十二代将军足利义晴之弟足利义维的儿子，足利义荣。此人毫无主见，足够听话，一看就是一个很好利用的傀儡。
足利义辉得知此事后才大惊失色，意识到这一次将军之位很有可能不保。他匆忙派人叫来堺町的商人，靠着和三好义贤和松永久秀良好的关系来调停此事。然而，素来因为和堺町关系良好，而有着“三好家的钱袋子”之称的三好义贤，这次却没有给商人朋友们面子，依旧拒绝了这一请求，看来是铁了心要罢黜将军了。
得知三好松永联军包围京都后，一直对幕府和旧制度忠心耿耿的畠山高政勃然大怒。他再次从纪伊起兵，宣布讨伐三好长庆，却被三好义兴在岸和田城城外击败。而六角家在观音寺骚动后威望尽失，曾经作为近畿一霸的他甚至无法召集豪族的军势，只得率领本家的直辖前去京都支援将军，也被松永久秀挡在濑田以东无法接近京都。无可奈何之下，足利义辉只得妥协。
在雨秋平前世的历史上，松永久秀正是在这一次行动中杀害了将军足利义辉，史称永禄大逆。他也凭借这次血腥火爆的“下克上”，成为了战国乱世名声最丑的阴谋家。然而，历史上的那次永禄大逆，三好一方的参与者是被松永久秀利用了的三好三人众，三好长庆等人早已先后故去。而在这一世，英明的三好长庆自然不会允许三好家犯天下之大不韪，背上杀害武士领袖——足利幕府将军的骂名。因此，他授意三好义贤不准加害足利义辉。在三好义贤的坚持下，松永久秀也只得打消了自己斩草除根，将足利义辉永久消灭的念头。
永禄八年（1565）五月二十三日，历史上永禄之变的四天后，足利义辉被迫屈服于三好家和松永家的大军，将将军之位让与足利义荣。而他本人，则被松永久秀软禁在槙岛城内。而朝廷也很识时务，很快就下旨认可了足利义荣的将军之位，还在松永久秀的暗中要求下赐予他山城守护代的职务。而山城国和京都，也被名正言顺的松永久秀控制住了，三好家只得退兵离开。
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就当松永久秀以为大功告成之时，足利义辉却再次证明了自己不是省油的的灯。
在家臣细川藤孝和六角家的和田惟正等人的营救下，足利义辉居然从戒备森严的槙岛城里逃了出来，而且还带着嫡长子足利辉若丸一同离开！
气急败坏的松永久秀立刻派人追击，却受阻于六角家的军队，眼睁睁地看着足利义辉从他的眼皮子底下飞了。他立刻派出使者再次联络三好家，要求三好家一同出兵，同他一起讨伐藏匿足利义辉的六角家——却被三好义贤一口回绝。
松永久秀立刻意识到了足利义辉逃跑这件事，与三好家必定脱不了干系。他派出忍者前去调查，居然发现槙岛城的守卫有不少人在足利义辉逃走的那天玩忽职守放走了足利义辉，又在之后不久逃之夭夭。松永久秀本以为他们是畏罪潜逃，可是却在三好家的居城饭盛山城之内发现了其中几人的踪迹。事情已经很清楚了，正是三好义贤指示他们放走了足利义辉到六角家。
而一心想要复兴足利幕府的足利义辉，果然在逃离险境后立刻宣布松永久秀是叛逆，他所拥立的足利义荣也是“伪将军”，要求各地大名骑兵讨伐松永久秀，替他夺回二条御所。
恍然大悟的松永久秀终于意识到了问题。三好义贤之所以拱手将山城国让给他，就是想将他推到风口浪尖上，放在火上烤。可是当时的他权欲熏心，满脑子想着都是控制天下的权力中枢——二条御所和朝廷。靠着阴谋取得山城国控制权的松永久秀搬石砸脚，成为了各地大名的靶子，也成了足利义辉的目标。
