谙熟兵法的孙传庭得知闯王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三国时蜀国大将魏延之计从子午谷出奇兵，子午谷是秦岭六条连接西南的大道中最险峻的一条，历史上多次有兵家企图偷渡，但却从来没有人成功过，孙传庭立刻做出军事部署，在闯王高迎祥部必经之路周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳歼灭闯王高迎祥部。
崇祯九年七月中旬，闯王高迎祥部果然出现在周至黑水峪，进入了孙传庭的包围圈，双方展开了四天的激战，此时天降大雨，高迎祥部已经连续多日断粮，人马处于半饥饿状态，在大战中渐渐招架不住，官军的包围圈越来越小。
关键时刻闯王高迎祥部下乾公鸡张二、一斗谷黄龙叛变。混乱中叛徒将高迎祥的部卒和坐骑拉走，高迎祥被官军包围无法脱身，只好脱下盔甲藏到草丛里，官军搜山将高迎祥生擒活捉。
孙传庭又乘胜在渭南和咸阳北原打了两个大胜仗，一时间是声誉鹊起，威名甚至盖过了总督洪承畴，高迎祥的败亡对民军起到了震摄的作用，农民军大首领张妙手、蝎子块向孙传庭投降，不久蝎子块复叛，被孙传庭安插的武大定杀死，农民军以高迎祥部实力最强的，蝎子块人数最多的，这两人都死于孙传庭之手，对农民军是一个沉重的打击。
五省总督洪承畴的运气就比较差，刚刚接手对付陕北一带的闯将李自成等部，宁夏镇士兵，因兵饷无措发生兵变，饥兵群起围攻官署。巡抚右佥都御史王楫因不能措饷，饥兵索饷无着鼓噪而杀之。
兵备副使丁启睿得都司熊大海之助率军镇压，捕获为首者七人，立即处斩，兵变才被抚定，丁启睿叙功保举熊大海为参将，熊大海与副将罗尚文击杀农民军整齐王于商洛山中，五月，副将罗尚文击杀整齐王于商洛山中。五月，熊大海配合贺人龙又于安定大败李自成部，丁启睿在熊大海身上得利不少，崇祯十一年冬，陕西巡抚孙传庭北上勤王，丁启睿升任右佥都御史，代孙传庭巡抚陕西。
李自成部在崇祯九年九月在汉中再次失利后，逃入四川、陕西、湖北的崇山峻岭，李自成收罗高迎祥旧部自称闯王，至崇祯十一年初才重回陕西。但不久李自成部在潼关一带连遭败绩，于此年八月率残部躲入川、陕、湖广省交界的山区，如果不是陕西巡抚孙传庭北上勤王，估计李自成难逃孙传庭的毒手。
闯王高迎祥、闯将李自成一死一败之后，崇祯皇帝加大了对张献忠、闻香教、建文后裔“奉天正义大元帅”部，张献忠所部遂成为潼关以东地区官军攻击的主要目标，张献忠所部转战于湖北、河南、安徽，多次打破官军围追堵截，入河南袭破许州，杀掉了左良玉的哥哥游击潘可大等人，缴获物资巨万，可是张献忠独木难支，开始跟官军媾和，准备用假招安欺骗朝廷。
闻香教虽然有杭州薛家军的武器支持，可自己控制的汝宁府资源有限，几年大战下来，闻香教几乎无兵可招，这时徐鸿儒发现自己被薛家军当了枪使，高迎祥、张献忠、李自成失利后，河南官军副将陈永福、参将薛十三、客军参将薛综偷袭了闻香教都城商城。
闻香教都城商城被破后，官军四处杀人放火，中兴福烈帝徐鸿儒从皇宫中逃出，被参将薛十三追上一阵混战，徐鸿儒虽然武功高强，奈何也不是铜筋铁骨，身中多出刀伤箭伤，被大元帅徐三姐抢走，大将军徐老七殿后被薛综部斩为肉泥。
崇祯九年十月十七日，中兴福烈帝徐鸿儒伤重毙命，大元帅徐三姐收拾到残部不足一万人，后勤辎重家属教民几乎损失怡尽，在颍上被追来的河南副将陈永福一阵厮杀，徐三姐只带着三千多轻骑逃往中都凤阳府。
崇祯九年十月，福建参将郑芝豹得到援军后，配合浙江、河南官军围剿“奉天正义大元帅”所部，三路大军属河南方面的薛家军最为彪悍，薛十三、薛综和新加入的薛博部，追着“奉天正义大将军”黄希达打。
黄希达虽然拥有四万军队，可面对薛十三、薛综、薛博的八千人马竟然七战七败，四万人马剩下不足一万人，而大本营金华府也被福建官军攻破，“奉天正义大元帅”白衣书生下落不明，至此黄希达开始在浙江打游击，有的黄家子弟也暗中联络家主黄希圣。
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