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危地马拉高地平均海拔在1200米以上，这里的冬天干燥、凉爽，甚至有些寒冷，高山上还会结冰;夏季没有北部的佩滕和尤卡坦低地那么热，5月到11月是雨季，比佩的雨季要短。高地和山谷没有低地那么茂密的森林。高地周围都有开阔的草原，有各种常绿植物，如冷杉、松树、云杉、柏树等几乎遍布山坡，甚至还有橡树和牛油果树这些珍贵树木。
大约在海拔3000米以上的地方就没有真正的森林了，但也有一些耐寒的针叶树生长在海拔更高的地方。这里的土地无法被耕种，不过有着大片肥沃的草地，可以放牧绵羊和山羊。
高地有两个大湖，危地马拉省的阿马蒂特兰湖和索洛拉省的阿蒂特兰湖。后者拥有深色蓝宝石般的湖水，周围是火山喷发形成的陡峭山脉。在最纯净的蔚蓝天空映衬下，金色阳光照耀着危地马拉高地，这样的景色，无论是美感还是情趣，都不比意大利和瑞士的美丽湖泊逊色。
沿着伊萨瓦尔省新月形山区右边的内边缘，坐落着一个与墨西哥湾相连的内陆泻湖伊萨瓦尔湖。这个湖很大，长30英里，宽12英里。伊萨瓦尔湖通过小海湾和美不胜收的杜尔塞河与洪都拉斯湾相连。杜尔塞河在陡峭的白色石灰岩悬崖之间流淌，沿岸有很多鲜艳的热带植物，就像绚丽多彩的花园，最后在危地马拉的利文斯顿镇汇入洪都拉斯湾。
尽管高原地区的动物种类没有佩滕省和北部尤卡坦州的动物种类丰富，但也有数量众多的美洲豹、美洲狮、鹿和一些小型哺乳动物。着名的危地马拉国鸟绿咬鹃，是世界上最美丽的鸟类之一，这种鸟几乎只在危地马拉和洪都拉斯高地以及邻近的恰帕斯山出现，往南最远到巴拿马，偶尔也能见到。
这是一片得天独厚的土地，可能在公元前的第三个千年期间，玛雅人就是在危地马拉西部的高地山谷中开始种植古代美洲的重要主食——玉米。
佩滕中部的内陆盆地和周围山谷构成了玛雅地区的第二个主要部分，也是玛雅文明的核心区域。位于内陆湖链以南的佩滕中部稀树草原的平均海拔大约150米，环绕内陆盆地东西走向的丘陵地带平均海拔大约300米。这个盆地东西向长约96公里，但最宽处不超过32公里。北侧的丘陵底部是一串湖泊，其中有几个在雨季能够连成一片。它们中间最大的湖是位于盆地东部和西部中间的恰尔图纳湖，其长32公里，最宽处4.8公里。
在盆地南侧的丘陵地带以南，是位于佩滕中部的稀树草原。这是一个呈不规则形状的天然大草原，完全没有人类活动的痕迹，自古以来就一直是旷野。这片平原上很少有树木生长，土壤是一种紧致的红色黏土，不适合玉米种植。
发源于大草原中部的几条溪流向南和向西流入帕西翁河。佩塍中部草原的东部、佩滕的东南部和伯利兹南部是锯齿状的玛雅山脉。该山脉源自相对较新的火山活动，最高点鸡冠峰海拔1100多米。许多很短的溪流浇灌着玛雅山脉以东的狭窄的沿海平原，这些溪流都流入加勒比海。其中最大的萨尔斯通河是伯利兹和危地马拉分界线的一部分。
内陆盆地西北部、北部和东北部的低洼地带是六条中等大小河流的源头。圣佩德罗马蒂尔河、坎德拉里亚河和马曼特尔河，总体上向西和向北流动，圣佩德罗马蒂尔河经由乌苏马辛塔河，坎德拉里亚河和马曼特尔河经由特尔米诺斯泻湖，最终在尤卡坦半岛西侧汇入墨西哥湾。剩下的翁多河、新河、伯利兹河（老河)，总体上向东北流动，在半岛东侧流入加勒比海。
