熙宁七年五月，为了在皇帝身边施加影响力，尽管其弟弟馆阁校勘吕升卿不学无术，吕惠卿却依旧推荐他和国子监直讲沈季长一同为崇政殿说书，每每进宫侍讲，吕升卿总舍弃经义不谈，而论钱财货物，赵顼有时问之以经义，吕升卿不能应对，便示意沈季长从旁代为回答。
同年五月，废罢制科，王安石执政时考进士已不考诗赋。王安石认为进士所考与制科无异，不必有制科之试。到吕惠卿执政时，再次提出制科只有记诵，却不深究经义，于是赵顼下诏废罢制科。但是当时的冯京却极力反对这项决定，虽未成功，却因此与吕惠卿结下怨恨。
赵侠见状，再次上疏抨击，他选了唐朝的魏征、 姚崇、 宋璟、 李林甫、 卢杞的传记，画成两幅，名为“正直君子社稷之臣图”、“邪曲小人容悦之臣图”，认为当政的吕惠卿之流，暗合林甫之流。而反于姚崇、宋璟之辈。吕惠卿大怒，命中丞邓绾、知制诰邓润甫惩治他，郑侠被谪放至汀州。郑侠行到太康的时候， 吕惠卿又罗织罪名，想致之死地，赵顼说道：“郑侠所言，非为他自己，忠诚也是可嘉，岂能加重罪。”于是移徙英州。
三司使曾布，与吕惠卿往日有怨，又因玩提举市易司吕嘉问恃势上陵，于是上奏言说道：“市易法害民，吕嘉问更是贩盐鬻帛，贻笑四方。”赵顼疑惑不定。吕惠卿得知，即刻弹劾曾布阻挠新法。于是曾布和吕嘉问都被迁升外调。
吕惠卿又采用弟弟曲阳县尉吕和卿的计谋，制定五等丁产簿，让百姓自报家财，连一两只家中禽畜都不许遗漏。还允许他人告发隐瞒家产者，用被告者
财产的三分之一充赏告发的人，百姓不胜其困。又靠保甲正长发放青苗钱，还让保甲内的人一同前往官府认领，不得遗漏一人，以至于上下骚动。
同时利用郑侠一案，吕惠卿又乘机构陷曾阻挠自己废罢制科的冯京和当面侮辱过他的王安国，让他们都因此事而获罪。 王安石的弟弟王安国，任秘阁校理，一向和哥哥意见不合。他曾经说过吕惠卿是佞人，这次也因为和郑侠交望，受到连累，被放归田里。
王安石因王安国的原因，和吕惠卿产生矛盾。吕惠卿早在掌权后，便担心王安石回朝，威胁自己权位而采取种种办法陷害王安石。 蜀人李士宁自称能知道别人的祸福，他和王安石有旧交。吕惠卿竟然想借此大兴狱案，亏得韩绛暗中保护王安石，从中阻挠。因此只是把李士宁杖责后，流放永州，另外连坐了很多人。
吕惠卿又援引祭祀赦免的旧例，举荐王安石为节度使。他刚递上奏章，赵顼便知道他的想法，立刻问他道：“王安石不是因罪去官，为何要用赦免的方式复官。”吕惠卿无言以对。因为同平章事韩绛不能制住吕惠卿，因此秘密请赵顼重新启用王安石。
王安石做宰相的时候，儿媳妇家的亲戚萧公子到了京城，就去拜访了王安石，王安石请他吃饭。第二天，萧公子穿盛装前往，料想王安石一定会用盛宴招待他。过了中午，他觉得很饿，可是又不敢就这样离开。又过了很久，王安石才下令入座，菜肴都没准备。萧公子心里觉得奇怪，喝了几杯酒，才上了两块胡饼，再上了四份切成块的肉，上饭后，旁边只安置了菜羹。萧公子很骄横放纵，只吃胡饼中间的一小部分，把四边都留下。王安石就把剩下的饼拿过来吃了，萧公子很惭愧地告辞了。
王安石任知制诰时，王安石的妻子吴氏，给王安石置一妾。那女子去伺候王安石，王安石问道：“你是谁？”女子说自己是因为“家欠官债、被迫卖身”而来。王安石听罢，不仅没有收她为妾，还送钱给她，帮助她还清官债，使其夫妇破镜重圆。
有人告诉王安石夫人，说她丈夫喜欢吃鹿肉丝。在吃饭时，他不吃别的菜，把那盘鹿肉丝吃光了。王安石夫人想了想，问道：“你们把鹿肉丝摆在了什么地方？”大家说道：“摆在他正前面。”王安石夫人微微一笑，明白是怎么回事了。她那人第二天把菜的位置调换了一下，鹿肉丝放得离他最远。人们才发现，王安石只吃离他近的菜，桌子上照常摆着鹿肉丝，他竟然完全不知道。
王安石治学非常严谨，一丝不苟。他作诗《泊船瓜洲》的时候，第三句最初写作“春风又到江南岸”。他想了想，觉得不好，后来改为“过”字。读了几遍，又嫌不好；又改为“入”字，然后又改为“满”字，换了十多个字，最后才确定为“绿”字，即“春风又绿江南岸”。
