于是陈安民为了消灾弭祸，一面让下属用钱贿赂大理寺上下官员，一面让文及甫请吴充之子吴安持帮忙。蔡确认为事关大臣，不是开封府可以了结的，于是移交给御史台，杜绝了官官相护的官场人情。后来，右相王珪力荐蔡确参与审理。因为此事，蔡确被擢升为御史中丞、领司农寺。左相吴充想废止新法，蔡确说道：“曹参与萧何有矛盾，等到曹参代替萧何为相，却遵从萧何指定的法令。现在陛下主持变法，怎么能允许吴充因为与王安石的私怨而废除？”
元丰五年，蔡确被拜为尚书右仆射兼中书侍郎。当时富弼居住在洛阳，上疏说蔡确是小人，不可以重用。蔡确对王珪道：“您任宰执这么长时间，必是中书令。”王珪深信不疑。蔡确却对赵顼道：“三省的长官位高权重，不需要设置长官，只需要让左右仆射分别兼任两省侍郎就可以了。”赵顼认为他说的很对 采纳了他的建议。
蔡确名义上是次相，实际上却大权在握。王珪虽然是尚书左仆射兼门下侍郎，名义上高于蔡确，但也只能拱手听命。赵顼虽然按照顺序任命王珪、蔡确为相，却不加以礼重，多次因为小错对他们处以罚金。每次受罚就去宫门谢罪。
这时，中丞李定和御史舒亶，弹劾湖州知州苏轼怨谤君父，因此苏轼被打入大牢。原来苏轼从杭州调任徐州之后，他写了《湖州谢上表》，略叙他过去无政绩可言，又讲了一下皇恩浩荡，本来没有什么问题。但是他在后又写了上
几句牢骚话：“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。”
其中句中“其”为自称，他以自己同“新进”相对，说自己不“生事”，就是暗中说“新进”人物“生事”。监察御史里行何正臣摘引“新进”、“生事”等语上奏，说苏轼“愚弄朝廷，妄自尊大”。王安石变法期间，司马光和王安石斗得很激烈。司马光给王安石的长信中有“生事”二字，于是“生事”成了攻击王安石变法的习惯用语。“新进”是苏轼对王安石引荐的新人贬称。
苏轼曾在上奏里说王安石“招来新进勇锐之人，以图一切速成之效”，结果是“近来朴拙之人愈少，而巧进之士益多”。后来正是曾拥护过王安石的“巧进之士”吕惠卿把王安石出卖了，使其罢相。苏轼因为反对新法，并在自己的诗文中表露了对新法的不满。又由于他当时是文坛的领袖，如果任由苏轼的诗词传播，对新政的推行确实很不利。
当然单凭《湖州谢上表》里的一两句话自然是不够的。监察御史台里行舒亶经过四月潜心钻研，找了几首苏轼的诗，就上奏弹劾苏轼道：“至于包藏祸心，怨望其上，讪渎谩骂，而无人臣之节者，未有如苏轼也。盖陛下发钱以本业贫民，就说是‘赢得儿童语音好，一年强半在城中’；陛下明法以课试郡吏，就说是‘读书万卷不读律，致君尧舜知无术’；陛下兴水利，说是‘东海若知明主意，应教斥卤变桑田’；陛下谨盐禁，又说‘岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐’；其他触物即事，应口所言，无一不以讥谤为主。”
他里面提到例子，“赢得”两句及“岂是”两句出自的《山村五绝》；“东海”两句出自《八月十五日看潮》；“读书”两句出自《戏子由》。这些确实是苏轼所写，被认为是隐含讥讽之意的句子。
接着国子博士李宜之、御史中丞李定也历数苏轼的罪行，声称必须把苏轼斩首。李定还举了四项理由说明为什么应当处苏轼极刑，他说道：“苏轼初无学术，滥得时名，偶中异科，遂叨儒馆。”接着说苏轼急于获得高位，心中不满之下，于是讥讪权要。再次，皇帝对他宽容已久，冀其改过自新，但是苏轼拒不从命。虽然苏轼所写诗之荒谬浅薄，但影响甚大，“臣叨预执法，职在纠察，罪有不容，岂敢苟止？伏望陛下断自天衷，特行典宪，非特沮乖慝之气，抑亦奋忠良之心，好恶既明，风俗自革。”
苏轼的好友驸马王诜，听到这个消息，赶紧派人去给在南京当官的苏辙送信。苏辙得知，立刻派人去告诉苏轼。朝廷派出的钦差皇甫遵同时出发，但是苏辙的人先到。苏轼知道消息，立即请假，由通判祖无颇权摄州事。皇甫遵到的时候，太守官衙的人慌做一团，不知有什么事发生。
