苏轼任密州太守期间作的《后杞菊赋》的序言里，曾提到吃杞菊的苦种籽。御史认为他是在直接讽刺百姓的贫穷，尤指朝廷对官吏薪俸的微薄。“生而盲者不识日”是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。苏轼对大部分指控，都坦白承认在诗中批评了新政。
苏轼也提到“虎难摩”是为政贪婪的象征。给李常的诗里，他说在密州“洒涕循城拾弃孩”，见到男尸、女尸、婴尸饿死在路边，当时确是“为郡鲜欢”。在给孙觉的诗里，有一行说二人相约不谈政治，是真在一次宴席上的约定，谁谈政治就罚酒一杯。给曾巩的诗里说他厌恶那些“聒耳如蜩蝉”的小政客。给张方平的诗里把朝廷比作“荒林蜩蚻乱”，又说自己“遂欲掩两耳”。给范镇的诗里，他直言“小人”，给周邠的诗里把当权者暗比作“夜枭”。
好友刘恕罢官出京时，苏轼写了两首诗给他：“敢向清时怨不容，直嗟吾道与君东，坐谈足使淮南惧，归向方知冀北空，独鹤不须惊夜旦，群鸟未可辨雌雄。”和“仁义大捷径，诗书一旅亭。相夸绶若若，犹诵麦青青。腐鼠何老吓，高鸿本自冥。颠狂不用唤，酒尽渐须醒。”
前一首最后一句取自诗经“俱曰予圣，谁识乌之雌雄”，意思是说朝廷上只有一群乌鸦，好坏难辨。后一首表达自己对
小人的争权争位不屑一顾。这些无疑激怒了朝廷的大臣。
苏轼写《狱中寄子由》说“梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡”，无比凄惨。审讯者常对他通宵审问。巨大精神压力下，苏轼写下了“与君世世为兄弟，再结来生未了因”的悲惨诗句。
苏轼下狱后未卜生死，一日数惊。在等待最后判决的时候，其子苏迈每天去监狱给他送饭。由于父子不能见面，所以暗中约好了：平时只送蔬菜和肉食，如果有死刑判决的坏消息，就改送鱼，以便早做准备。一日，苏迈因银钱用尽，需出京去借，便将为苏轼送饭一事委托远亲代劳，却忘记告诉远亲暗中约定之事。偏巧那个远亲那天送饭时，给苏轼送去了一条熏鱼。苏轼一见大惊，以为自己凶多吉少，便以极度悲伤之心，为苏辙写下诀别诗两首。
当时很多人为苏轼求情，宰相吴充直言道：“陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？”已罢相退居金陵的王安石上书说道：“安有圣世而杀才士乎？”
王安礼也从旁入谏道：“自古以来，宽仁大度的主子，不以言语加罪人。苏轼具有文才，自以为爵禄可以站着不动，都能到来。现在他碌碌如此，不无怨望，所以托为讽咏，写了一些牢骚话。一旦被加罪，恐怕后世会说陛下不能容才！”赵顼说道：“朕也不想深究，但他已经激起众怒。恐怕你为苏轼辩护，别人会想害你。你不要多言，朕自有主张。”
太皇太后曹氏得知，也对赵顼道：“苏轼兄弟，初入制科的时候，仁宗皇帝曾经欣慰地说道，我替子孙得了两个宰相。现在我听说苏轼已被逮捕下狱，难道是被仇人中伤吗？且文人咏诗，本是常情，如果罗织成罪，也不是人君应有的慎狱怜才做法，应熟祥察为是。”赵顼听了，总算唯唯受教。
属于苏轼口中的新进章惇，也积极地营救苏轼，并不惜与宰相王珪翻脸。 赵顼最终下令对苏轼从轻发落，苏轼终免一死，被贬谪为检校尚书水部员外郎、黄州团练副使。
因苏轼受到牵连的人中，三个人的处罚较重。驸马王诜因泄露机密给苏轼，又时常与他交往。调查时，他不及时交出苏轼的诗文，且因对待公主不礼貌，宠妾压妻，于是被削除一切官爵。其次是王巩被御史附带处置，发配西北。第三个是苏辙，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪。由于家庭连带关系，遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。
张方平与其他大官都罚红铜三十斤，司马光和范镇及苏轼的十八个别的朋友，各罚红铜二十斤。那些平时与苏轼互相诗文唱和，引为知己的保守派大臣们，在苏轼入狱时，没有一个给他求情。反而是那些被苏轼称之为“奸邪”、“小人”、“新进”的那些变法派大臣，纷纷上书为苏轼求情。
