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这次规模空前的瘟疫，给人们心理投下了阴影，对民众信仰与社会心理带来变化。两汉时代以经学政治伦理为主题的社会主题，迅速转向了魏晋时代关注存在意义和生命真伪，进一步导致清谈和玄学的兴起。
另一方面，由于伤寒流行，一些方士便以符水方术为人治病，道教迅速传播，贵族信奉佛教逐步成为潮流。公元183年，张角、张梁、张宝三兄弟趁大疫流行，以妖术教授，立太平道，咒符水以为人疗病，民众神信之。十余年间，徒众数十万。随后，他们发起著名的黄巾起义。
持续多年的大瘟疫，还对三国格局产生影响。建安十三年（公元208年），孙刘联军与曹操战于长江赤壁一带，拥有数十万大军的曹操，败给只有五至六万的孙刘联军。曹操兵败赤壁，最终三分天下，其中一个原因就是曹军发生大疫所致。
曹操兵败北撤后感慨：自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归；曹操给孙权书信曰上说：赤壁之役，值有疾病，孤烧船自退，横使周确虚获此名。指出大火是曹操自己放的，同时指出放火烧船原因在于瘟疫疾病无法预防救治。要不然河中的大火怎么会烧到岸上军营？
东晋的自然灾害和战争频发，正是瘟神横行的温床，石勒攻占襄阳之后，也是因为部队瘟疫发作，减员太厉害，最后不得不撤军。所以刘丹对于部队的饮用水，驻扎环境和对于蚊虫的防疫提出了严格的要求。刘丹还为部队准备了口罩、酒精、蚊帐、蚊香等一些医药用品，当然还有“清瘟解毒丸”。井水、河水、溪水等饮用水都要过滤、烧开消毒，粪便都要掩埋，有条件的话最好用石灰消毒。
防止瘟疫的最好办法是预防为主，刘丹写了一本小册子《送瘟神》，把他知道的一些传染病的种类，传播途径和预防隔离措施都写出来，连同《伤寒杂病论》等一些医药书籍全部刊印发行，免费发放，要求两州的所有基层干部群众都要组织学习。同时刘丹要求各乡村和城市要大搞卫生运动，除四害，修建厕所，清理垃圾、沟渠和下水道。特别是地牢监狱等一些关犯人的地方，因为营养太差，卫生条件不好，终日晒不到太阳，容易滋生疾病，尤其要重视。
至于野生动物刘丹就无能为力了，现在很多人还是以打猎为生，特别是蝙蝠，当地人把蝙蝠称为“石燕”，有一些到蝙蝠洞里掏蝙蝠，拿到圩镇上卖，一枚铜钱一个。你说蝙蝠传染病毒，他才不鸟你——我家祖宗三代打猎，也没出什么事。
刘丹准备让襄阳府衙派出工作组到农村检查工作，一方面调查基层组织的运作情况，另一方面也是检查当地的卫生状况。现在最大的问题是医生的缺乏，农村里大都是用一些草药偏方，遇到大病就没有办法了。
刘丹还让人重新规划了襄阳城和樊城的下水道。说到排水系统，就不得不提到江西赣州的福寿沟。赣州三面临水，千年不涝的谜底，一直以来被认为是得益于宋代修建的排水系统——福寿沟。历经近千年，全长12.6公里的福寿沟现在依然护佑着赣州的安宁。因此，当年亲自设计并修建福寿沟的知州刘彝受到群众的拥戴，他的铜像如今坐落在赣州城北的宋城公园。
这座宋代留下的拱形下水道使用是桐油、黄泥、沙石（俗称三合土）和青砖、麻条石等建筑材料修建的，这些砖石在地下也会老化甚至
崩塌，但是只要维修人员换掉坏的那几块，一疏通就好了，这就是为什么900年的福寿沟能够沿用至今的原因。
显微镜的发明也把农业技术推广到细胞的层次，刘丹把自己知道的中学生物课本知识发给农科所，让他们研究囷种、杂交水稻、大白菜等一些品种。杂交水稻刘丹也不清楚是如何培育的，只是看网络小说知道是通过和海南岛的
野稗杂交培养出来的。能不能搞出来刘丹也不指望，全碰运气。
法常和他的师兄们对于刘丹提出的《百丈清规》完全接受，准备在岘山建造大型的佛家寺院和佛学院，将襄国的一部分僧人转移到襄阳来。修建寺庙的费用刘家和习*家等襄阳豪族分担一部分，大部分还是法常他们自己承当，在后赵佛教是国教，他们手里有的是钱。刘丹不可能把佛教立为国教，还是道释儒三教分立比较好，而且要以儒教为主，因为儒家是经国济世的，管理国家还得儒生。
佛道两家的辩论经过很快编印成书，叫《襄阳辨伪录》，刘丹弄了一篇序文：
“夫三圣人教列于中国。犹鼎足而峙以扶皇化。夫子之言仁义者。轨于不道之士也。老子之守谦退者。息于躁竟之徒也。释氏之谈性命者。欲令返本归源也。仁义行则人人蹈於君子之径矣。谦退行则人人杜于贪吝之求矣。性命明则人人达于妙道之源矣。不如是者何为达士君子乎？
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