然而，当小刚和小智一行人从城都旅行回到尼比道馆时，他却发现自己的母亲小米也回来了，而且把尼比道馆改造成了水系道馆一般的装修风格。
小刚当然是怒不可遏，狠狠地指责了一番武能，说他不能担负道馆训练家的责任，而武能被小刚指责了一番后，也只能与小米进行了一番对战，然后就败给了主系精灵为水系精灵的小米。
然后狗血的事情就在小刚面前发生了，他的父母经过对战之后，转而打情骂俏了起来，然后一齐决定把尼比道馆改为岩石系与水系共存的道馆。
小刚当然是不能忍的，世代传承的岩石系尼比道馆怎么能毁在这样荒诞的父母手里，于是他又与小米进行了对战，并一举打败了母亲小米，成功地让尼比道馆保留了原本的岩石系。
经过了这件事情以后，小刚也不敢再把尼比道馆交到这两个一直都靠不住的爸妈手上了，他把厚望寄托在了自己的弟弟次郎身上，让他担任了尼比道馆的新任馆主。
次郎也很给力，后面成功地通过了乔伊小姐对尼比道馆的道馆馆主考核，成为了新任的尼比道馆馆主。
但是，记忆归记忆，桐木根本无法预料这个精灵世界里小刚一家人的故事线会不会像自己前世所知的这样，因为这个精灵世界并不是他所想的那么简单。
桐木最初以为这个精灵世界是动画版的精灵世界，傻傻的小智，傲气的小茂，还有博学幽默的大木博士。
但是，冷淡的娜姿，其他许多动画版精灵世界不能解释的细节，如道馆挑战规则的变更，技能学习光盘，开设公司到了关东的得文公司等事物又告诉他不是这样。
桐木自己的猜测是，这个精灵世界可能是融合了游戏、动画、剧场版、宝可梦特别篇的一个世界，却也不敢肯定。
用力摇了摇头，桐木没有继续想下去了，不管小刚一家会怎么样，不管这是个怎么样的世界，都不能掉以轻心。
因为这个世界发生的事情是真实存在的，每个人有他们各自的喜怒哀乐，精灵会痛会死。
所以，为了自己的梦想，也为了姑姑美由子、姑父松本吾田和表姐松本奈她们一家能好好地幸福生活下去，自己绝对要掌握足够让世界顶端的那小撮人正视的力量才行！
啊，到了！
一路上胡思乱想的桐木，不知不觉就走到了尼比道馆的门前。
尼比道馆整体看起来像是一个长方体一般，没什么特殊的，但是尼比道馆的屋顶装饰着用木板拼成的山形象征，而且房屋的整体结构也全部由石材构成，也算是凸显了这是岩石系道馆吧。
桐木立即上前按响了门铃，随即耐心地等待了起来。
而在桐木按了下门铃以后，尼比道馆的门便缓缓地打开了，一缕阳光随着门缝照耀而进，露出一个盘坐在黑暗之中，如同石像一般的中年男人的身影。
“噢？你是准备要挑战尼比道馆的新人训练家吗？”
