他知道俄国在欧洲连年战争，疲于奔命，不可能劳师远征东方，因此只可能在东方追求贸易利益。
而中国方面既不要战争，也不要贸易，只要求把它认为属于它的土地与俄国势力隔绝，使这些地区安然无事，主要目的是将蒙古和黑龙江流域封闭，不让俄国进入。
因此中俄两国不要战争、谋求和平是他们的共同目的，而这一目的也恰恰符合南怀仁本来的目的：开辟罗马－俄国－中国陆路交通。
因此南怀仁想，如果传教士能在这次中俄边界谈判中进行调解，施展外交才能，促其两国实现和平，缔结和约，中俄两国都会感激耶稣会士，从而便于实现交通的目的。
虽然南怀仁1688年1月28日离世。但是他的这种看法被他的同会徐日昇和张诚继承下来。
1689年6月，徐日昇与张诚随同由索额图率领的中国外交使团去尼布楚。
他们忠实地贯彻了南怀仁在中俄之间缔造和平的遗言，并用自己的智慧与能力帮助缔结了一个成功的和平条约。
中俄《尼布楚条约》是在平行互惠的国际法原则基础上缔结的。这项条约明确划定了中俄两国的东部边界。
条约缔结后，中国的东北边疆保持了160年的安宁，俄国则获得了贸易利益。
而传教士则有得有失：从中国方面说，他们得到了清朝政府的信任。1629年康熙皇帝降旨准许天主教士在中国自由传教，从而实现了耶稣会士多年追求的目的。
可是从俄国方面说，《尼布楚条约》签订后不久，彼得大帝认为耶稣会士在中俄会谈中偏袒中国，背叛了西方利益，因此关闭了耶稣会在莫斯科的居留地，并将耶稣会士驱逐出境。
从此耶稣会士开辟罗马－俄国－中国陆路的希望成为泡影。
1686年（康熙二十五年），南怀仁还为荷兰外交使团担任过一次翻译。
