以舰队航母为旗舰的话，舰队司令部的官兵人数得控制在40人以内，让很多岗位无法达到正规编制人数。比如在通信部门，因为编制缺少了三分之一，所以只能两班倒，在高强度战斗中，官兵往往是不堪重负。
如果由战列舰充当旗舰，舰队司令部的人员能增加到70人。
在“龙江”级上甚至能扩充到100人。
与之相比，以舰队航母为核心的海战，对舰队司令部的要求更高，需要及时处理的信息也多得多。
虽然在大型航母上，这个问题得到了一些缓解，舰队司令部能够扩充到60人，但是依然不如战列舰，而且相对于所承担的繁重任务来说，60名官兵依然太少，无法保证所有官兵都处于理想状态。
有了旗舰，这个问题就不存在了。
当然，除了人员不足的问题，舰队航母与战列舰等大型战舰在充当旗舰的时候，还有硬件设施的问题。
最突出的，就是用于指挥作战的通信设备。
哪怕是在战时，通信设备都非常昂贵。
显然，帝国海军不可能让所有大型战舰都按旗舰的标准建造，往往会选择其中几艘充当旗舰。比如在第一批次的4艘“行省”级当中，就只有“浦”号与“闽”号为旗舰，另外两艘都不是。
由此导致的问题是，在旗舰遭到重创之后，舰队司令部或许就将停摆。
此外，即便按照旗舰标准设计的大型战舰，也存在很多缺陷。
比如在“浦”号上，就只有4台长波电台，最多能够跟4路友军协作，在高强度的战斗中肯定不够用。
更加重要的是，在经过几场战斗之后，“浦”号长波电台的信号特征会被敌人掌握。
此后，只要其发出的电波被敌人截获，敌人就能判断其所在位置，并由此推测其所在特混舰队的行踪。
显然，频繁为一艘大型航母更换长波电台，显然是不可能的事情。
不说别的，只是返港就需要耗费大量时间。
有了旗舰，这个问题就不存在了。
当然，这也是帝国海军对专职旗舰的主要要求。
简单的说，就是能搭载一个人员充足的舰队司令部，配备充足的通信设备，能够更加有效的指挥舰队作战。
随着战争规模扩大，对旗舰的要求也有了提高。
主要就是，不但能指挥舰队作战，还得具备指挥战役级别作战行动的能力，也就是能够指挥登陆舰队、运输船队与登陆部队作战，甚至还要具备跨军种指挥能力，成为海上流动司令部。
显然，这些要求一点都不低。
由此，也就导致了一个很严重的问题。
预算超标！
要说的话，问题出在帝国海军的身上。
做规划的时候，准确说是在做成本核算的时候，帝国海军的审核人员严重低估了电子设备的制造成本，还低估了旗舰对电台、无线电监听设备、雷达等设备的使用量，结果导致核算成本远低于造价。
换个角度来看，其实是海军把旗舰的战术指标订得太高。
在最初的时候，帝国海军一直想把专职旗舰的造价控制在重巡洋舰的水准，今后为每支特混舰队提供一艘，从而把舰队航母与快速战列舰从繁琐的指挥工作当中解脱出来，为舰队司令部提供更好的工作环境。
显然，这简直就是异想天开。
原因无二，数量众多的通信设备，使得专职旗舰的造价居高不下，根本就不可能控制在重巡洋舰的水准上。
这也直接导致，帝国海军的第一种专职旗舰差点在设计阶段难产！
