汉灵帝光和末年(183)，发生黄巾军起义。
太祖被任命为骑都尉统领羽林骑兵，讨伐颍川的贼寇，后升为济南国国相。济南国辖有十几个县，各县长官大都攀附皇亲国戚，贪赃枉法，民怨民恨，太祖上奏皇帝，罢免了其中八个官员。又严禁过分祭祀鬼神，使作奸违法之徒威风扫地，一时济南国中秩序井然，安居乐业。过了许久，被召回朝廷任东郡太守，但没有赴任，以生病为由回了老家。不久，冀州刺史王芬、南阳许攸、沛国周旌等人网络八方豪杰，密谋废汉灵帝，拥立合肥侯为皇帝，他们联络太祖参加，太祖拒绝了。王芬等谋反事件果然失败了。金城人边章、韩遂斩杀刺史、郡守，聚集十多万人，大举叛乱。一时天下动荡。朝廷命太祖为典军校尉，恰逢汉灵帝去世，太子刘辩即位，由何太后掌宰朝中大权。大将军何进与袁绍密谋诛杀宦官，太后未同意他们的作法。何进便召董卓入京，即刻废皇帝为弘农王，另立刘协为献帝，京都之中乱如麻团。董卓上奏举荐太祖做骁骑校尉，准备与他共商朝政。
太祖改名换姓，向东走小路逃往家乡。出虎牢关，途经中牟县时，引起当地亭长怀疑，被抓回县城。城中有人暗认出他，为他求情而被释放。董卓此时已除掉太后和弘农王。太祖到了陈留县，变卖家产，募集义军，准备征讨董卓。十二月，才在己吾县树旗起兵，这时已是汉灵帝中平六年(189)。
汉献帝初平元年(190)正月，后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔亻由，兖州刺史刘岱、河内太守王匡、勃海太守袁绍、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北国相鲍信同时起兵征讨董卓，他们都拥兵数万，共推袁绍为盟主，太祖代理任奋武将军。这年二月，董卓得知各地兴兵征讨自己的消息，胁迫献帝迁都长安。董卓仍统兵驻守洛阳，纵火烧毁了皇宫。这时袁绍驻兵河内，张邈、刘岱、桥瑁、袁遗驻兵酸枣，袁术驻兵南阳，孔亻由驻兵颍川，韩馥驻兵邺城。董卓兵众将广，袁绍等都惧怕当先遣军。太祖说：“我们义军是讨伐叛乱，现各路军兵都已会合，诸位还有什么疑虑的？要是董卓先前获知太行山东起兵的消息，仰恃天子的圣威，占据洛阳一带的险要地方，遣兵东进控制天下，尽管他的行动是不... -->>
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行动是不道义的，对我们来说仍然是很大的忧患。如今他焚烧宫殿，挟持天子西迁，天下惊恐，百姓不知依附何人，这正是天意要使他灭亡的契机。一战就能安定天下，机不可失。”便领兵西进，准备攻占成皋县。只有张邈派部将卫兹带一部兵马协助太祖。太祖部队到了荥阳汴水，与董卓部将徐荣遭遇，双方激战，太祖军队失利，伤亡较大。太祖在激战中被流箭射中，坐骑也受了伤，他的堂弟曹洪把自己的战马让给太祖，太祖才得以连夜逃离险境。徐荣见太祖带的兵虽少，但都能齐心奋战，坚持了一天，认为酸枣不易攻克，也领兵返回。太祖回到酸枣，见到各路军队共计十多万人，终日设筵大吃大喝，不思大业。太祖前去教训他们，并谋划说：“诸位听我的计谋，让勃海太守袁绍率河内郡的部队到孟津；酸枣的各路将领驻守成皋，控制敖仓，封锁頧辕、太谷二关，占据所有险要之地；再让袁术将军率领南阳的军队进军丹水县和析县，挺进武关，威震三辅地区；各路大军都高筑垒墙、深挖沟壕，避免与敌交锋，多设疑兵，迷惑敌方，彰明我们的行动是以正义讨伐叛逆，天下速可平定。现已以正义召集了各路军队，却瞻前顾后，不敢进兵，天下百姓绝望，我本人替你们感到羞耻！”张邈等人没有采纳他的计谋。太祖因兵少，便与夏侯..等人同去扬州召募士兵，扬州刺史陈温、丹杨太守周昕把四千多名士兵交接给他，回到龙亢县时，大部分兵士都叛逃了，到了轾县、建平县，又重新招募一千多士兵，进驻河内郡。刘岱与桥瑁积怨很深，刘岱杀死桥瑁，让王肱兼任东郡太守。袁绍与韩馥商议要立幽州牧刘虞为皇帝，被太祖拒绝。袁绍曾得到一块玉印，在席中推到太祖肘边让他看，太祖便笑了笑，然而十分讨厌。
汉献帝初平二年(191)春，袁绍、韩馥推举刘虞做皇帝，但刘虞终究不敢答应。这年四月，董卓回到长安。七月，袁绍威逼韩馥，夺取了冀州。黑山贼寇于毒、白绕、眭固等率领十多万人到魏郡、东郡抢劫，王肱无力抵抗，太祖领兵赶往东郡，在濮阳同白绕遭遇，大破贼兵。袁绍为此上奏朝廷，举太祖为东郡太守，郡治设在东武阳。
初平三年(192)春，太祖驻军顿丘，于毒等进犯东武阳，太祖统兵向西，抄袭于毒在黑山的大本营。于毒闻讯，放弃东武阳回师。太祖在眭固伏兵阻击，又在内黄县攻击匈奴人于夫罗，把他们全部击溃。这年四月，司徒王允与吕布联合杀死董卓。董卓的部将李莈、郭汜等又斩杀了王允，攻打吕布。吕布兵败，向东逃出武关。朝政由李莈等人把持。青州黄巾军百万之众攻入兖州，杀死任城国相郑遂，进到东平境内。兖州刺史刘岱准备出兵阻击，济北国相鲍信劝阻说：“现在贼寇人过百万，百姓惶恐不安，我部士气低落，不能与他们正面交锋；贼兵随营有成群老少，军用物资奇缺，仅靠抢掠供给部队，如今我们应养精蓄锐，先固守城池。他们求战不得，又攻城不下，势必离散，然后我们再选派精兵强将，占据险要地势，到时就可一举攻破贼寇。”刘岱不听，带兵与黄巾军交战，结果被杀死。鲍信便和州吏万潜等人一同到东郡去迎接太祖，请他做兖州牧。太祖带兵在寿张县东向黄巾军发动进攻，鲍信力战身亡，勉强击溃贼军。太祖悬赏寻找鲍信的尸体，没有找到，众人只好用木头刻出鲍信的形象，祭奠他。太祖追赶黄巾军一直到了济北，黄巾求降。
