一夜无话，第二天一早，所有人就齐齐的来到巡抚衙门。就连冯双礼也出来旁听。
朱大山见众人坐好，便道：“我们从南部起事，当时只有一百五十人，如今我们的队伍已经到了两万人了，我们的军队编制已经跟不上军队的扩张，也带不了这么多的军队，所以就有了这一次的整军，以后再有军队的增加也按今天的例子整编。现在就说下军队的编制。”众人一听都来了精神，这可是说自己以后能带多好人，能不上心吗？
然后朱大山就让林可佳把自己和他讨论的军制说了出来。等林可佳说完后，朱大山又道：“你们也听到了，我们的军队整编是完全精兵，给所有的将领都有配好侍卫，也就是亲兵，千户所以上的单位还给专门配了单位侍卫。所以以后军队里就不允许再有其他的将领亲兵，亲兵的主要事情就是保护好主将。”这些将领先听说加了侍卫还高兴呢，现在听说不准自己有另外的亲兵就有些不舒服了，这不是自己的兵怎么都不放心啊。
然后朱大山又道：“刚才说了军制，现在就说军法，我的军法很简单，以前关于军队训练什么的军法，依旧是一样不变，但我要强调的是行军连坐。”众人一听还有连坐，顿时不敢有丝毫遗漏。听见朱大山道：“连坐法就是，战场号令清明，全军将士必须依令行事，做到令行禁止。凡进鼓不进者斩，鸣金不退者斩，掳掠民财者斩，临阵脱逃者斩，抢功夺级者斩，扰民害民者斩，杀良冒功者斩，凌辱妇女者斩。”众人听着朱大山的这一串斩，个个都是眼冒金星，觉得太严了。
结果朱大山还不停歇道：“这些都是当场直接执行，除此外，凡擅自撤退也得重罚，临战时，上官不退下属退则杀下属，上官退而下属不退则杀上官，全队退则屠全队。后退者的家属家产全部没收，家人于当地游街示众。如果主将有了什么闪失，全体侍卫一起惩罚”在场的人听了朱大山的处罚无不倒吸一口凉气。
文安之道：“平虏候，这惩罚是不是太过了，这样于军不利啊。”朱大山道：“军队当用军队之法，当年戚继光大帅就是用严法治军，方有名震天下的戚家军。当然我们不能一味地严惩，有罚就有奖。士兵最低者月饷二两，士兵得敌首级两颗转战兵，月饷三两，战兵得敌首级四颗可升小旗，月饷4两，晋升首级往后倍之，月饷也倍之。另外敌汉军绿营兵，首级一两一颗，将官倍之，汉军旗首级二两一颗，军官依然倍之，蒙古鞑子三两一颗，军官也是倍之，满洲八旗的首级四两一颗，军官倍之。另外绿营首级和汉军旗首级不验首级，由各军将领侍卫统计。”听了朱大山说的奖励，这些将领的眼睛都发出了绿光，好像这些不是说的敌人，而是一堆堆的银子。
朱大山又道：“要派往各地的民政主官也要注意，各地凡有在军队参军者的家属，税赋减少半成，鼓励大家踊跃参军，如果立功者由大都督府发令嘉奖，各地照办。对于大都督府发出对有功将士奖励的一些政策要丝毫不差的落实，如果后面有发现敷衍了事，缺斤少两的现象你们也会一样的受到惩罚。”当下众人都不敢反对，只得遵令。
朱大山道：“我们只有把将士们的后顾之忧解决了，将士们才会用命效死，我们才能有一支强大的军队，去赶走满洲人。”刚才这一段说的很多，朱大山等了一会儿让众人消化一下，见大家都明白了，朱大山才道：“如今我们有接近两万的大军，所以我们现在可以组建三个卫所，第一个卫所，总兵苟兴旺，副总兵刘迎南，属下千户是第一千户程德群，副千户周林元，团营守备是姚子周，谢顺，张昌，第二千户是马荣，副千户王寿文，团营守备是农开国，周习，董尔昌，第三千户陈辅义，副千户徐吾，团营守备是孔令英，邱兴源，江伯冲。第二个卫所，总兵宋高举，副总兵马元杰，属下千户是第一千户蒋超，副千户团安玉吉，营守备是邓时干，牛秋文，叶修业。第二千户是张永全，副千户陈二喜，团营守备是彭汉，东方兴，钟乐。第三千户卫都，副千户戴大生，团营守备是李水生，徐盘，齐宝平。第三个卫所，总兵程德义，副总兵林可佳，属下千户是第一千户孙彬，副千户高林中，团营守备是贾四，伍立明，孔同庆。第二千户是罗大牛，副千户史云达，团营守备是曲明杰，柳启，丁武。第三千户李廷明，副千户赵益丰，团营守备是郑岳平，谭泽天，汪昌春。”
这次的正军依然提拔了大量的新人，但多数是之前南部那边招的民壮和被安置的流民，挑选在几次大战里表现好的。主要是军队扩充的太快，朱大山也找不到那么多的军官。等到朱大山把这一场串的名字念完，凡是被念到名字的无不高兴，这代表这升官了，最差的也管着五百多人呢。所以一时间个个喜笑颜开，唯独周大柱和王庆没有被点道名字，两人对望一眼都暗自伤神。
朱大山等到大家都平静下来才道：“从今天起，组建大都督府，我本人任大都督，周大柱任副都督，王庆任大都督府首领，大都督府将召集健壮新兵三千人，分都督府侍卫两百人，一千人为都督和副都督侍卫，另外就是之前的火器队归都督府直接调遣，训练炮兵五百人，骑兵一千人。这些道暂时归王庆统领。”周大柱和王庆而二人听见自己直接归了大都督府，顿时一扫刚才的不高兴，笑的合不拢嘴。
朱大山继续道：“还有等到樗林关那边消息传来，让林壮立即回保宁，我们之前对外界的情报太少，到时候林壮会组建我们自己的情报队伍，向外界打探各种消息，军情，到时他会在你们的队伍里挑选人手，任何人不得阻拦。”
朱大山道：“现在军队的事说完了，我说说民政的事，胡吉江任四川布政使，吴宏融任按察使，吴一丁还是保宁知府，黄伯元南部知县，陶元佑剑州知府，于岱梓潼知县。裴英依旧是苍溪知县，其他各处凡是投降留用的一概不便，后期有发现不能胜任的再行撤换。”
朱大山又道：“今日不光是整军，各地行政主官也相继任命，各位到达地方后要尽快的组织百姓恢复生产，安抚百姓。后期有夔东各家的家眷百姓安置过来的，各地也要妥善安置。”被任命为县令的几人都起身应答。
朱大山又道：“从今日起复明营的旗号就不能统称我们了，我们统一改为复明军，光复大明。另外各处县城只留一个团营驻守，剑门，百丈，青林口，和樗林关留一千人，其他各处军队，将领全部撤回保宁严训一月，准备应付李国英的下次攻击和为光复成都做准备。关于驻军和驻地换防必须在十天以内完成，完不成的按军法处置。”在场的众人纷纷起身答应。各军将军更是心中一凛，这军法可是刚刚才说的明明白白的。
朱大山然后笑道：“各位就去准备换防吧，其他行政衙门均统属于大都督府之下，如今一切以抗清为主，所有的一切都要为抗清让路，各位大人也各自办差吧。”于是在座的文官们也纷纷起身告辞。
