然而朱启明的图谋可不止改市舶司为海关总署这么简单，他随即抛出了准备已久的《关税条例》，当年他曾有位同学在进出口公司工作，对关税也算懂得一些皮毛，因此这本《条例》也不算那么匪夷所思，其主要内容是对海关的职责、进出口货物的关税税率以及对逃税漏税者的处罚做了规定。
按照《条例》规定，进出口货物将按照单式税则进行征税，考虑到此时中国超高的贸易顺差，出口货物的关税税率要高于进口货物，这也是朱启明的无奈之举，现在与后世不同，没有那么多人跪舔洋货，想要征收关税，只能先拿自己人开刀，反正现在的中国货在国外也没竞争对手，不怕没市场。
进出口货物一同征税倒是没什么问题，问题是朱启明制定的税率，进口货物最低2%，最高30%；出口货物最低4%，最高40%，这简直要人命，出海贸易风险那么大，还没卖出去货物，先征这么多税，这谁还愿意出海做生意了！
明代早期关税实行抽分制，市舶司抽取两成实物抵税，到了隆庆开关以后，关税主要分为四个部分，分别是引税、船税、价税和额外税，重点说说这个额外税，由于自给自足的经济环境，大明很少进口货物，这就导致许多商船返回大明时只装了一些白银，没有货物便没法征税，于是便有了这个额外税，按船征收，每条船征银一百二十两。
朱启明制定的最高税率不仅高于实物税，也高于现行关税，自然是收获反对声一片，争吵了好几天，最终双方妥协，进口关税税率不变，出口税率降到最低2%，最高25%，同时对部分货物免征关税。
虽然砍了一半，但朱启明也非常得意，他本也没指望自己定的税率能通过，之所以定那么高，完全是为了跟这帮人讨价还价，上来就定的低了，那就没操作空间了。
海关有了，税率也定下来了，剩下的就是海关总署主事人选了，这可是个肥差，自然又是挤破脑袋，也不管是不是同党了，一帮人七嘴八舌都开始推荐自己的亲朋好友，场面极度滑稽。
朱启明之所以等到今天才推出这个海关总署，不仅是因为帝党和新军气候已成，更多的考量却是他的一名“入室弟子”可以出徒了，这个人的名字叫做阎应元。
自打阎应元进入西学馆，朱启明就将其安置在了数学科并亲自指导，时不时还要“开个小灶”。
阎应元也是聪明，很快便学会了相当于后世初中水平的数学知识，随后朱启明又将简单的经济学知识教授给他，而这一切都是为了今日。
谁也没想到朱启明会让一个名不见经传的小白人登上如此高位，反对的声音再次响彻大殿，然而朱启明这次却并不打算让步，双方最终不欢而散。
朱启明一连几日都躲在后宫不露面，大臣们上疏也没有回音，一度让人怀疑是不是又偷跑出去了。
这样的气氛一直持续了六日，一份圣旨从养心殿发了出来，朱启明宣布将于八月初一正式成立农业部，有刚从陕西赈灾回来的右佥都御史左光斗出任首任尚书。
改市舶司为海关总署不过是一个衙门换个名字，这成立农业部已经是在改革官制了，这下还得了，群臣闻风而动，纷纷上奏反对，阎应元出任海关总署主事一事成了牛夫人，再也无人问津了。
朱启明目的就在此，他赶忙给阎应元铸了关防大印，让他离开北京往漳州和广州改组市舶司，为防遭到当地势力阻挠，朱启明还派了一千两百人的四卫营精锐随行。
送走了阎应元，朱启明就开始跟这些人打起新一轮的嘴仗，官方喉舌《大明旬刊》接连数日推出号外，几大御用写手纷纷发表评论，支持设立农业部，认为这是皇帝仁政爱民的举措，谁反对就是祸国殃民！
节奏带的飞起，京城周边的百姓都知道了，别说文盲率超高的古代了，就算普及义务教育的21世纪，老百姓跟风起哄也是常态，他们哪管那些，只要有人说这是对他们好，那就跟风支持，一时间城里城外全是支持的声音。
大臣们这下傻了，同时也明白年初的时候朱启明为什么要搞这个《大明旬刊》了，又是早有预谋，一切都是为了话语权。
反对派大臣们自然不敢被百姓指名道姓问候祖上十八代，只好憋屈地败下阵来，农业部如期成立，当然这里面也有东林党的功劳，他们并没有多少人反对，毕竟左光斗是东林党人，多控制一个实权部门，就多一分力量。
