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程斌上次倒转地球时，除了使徒相关的东西外没给任何人特殊待遇。
所以地球人类的脑子也跟着倒流的物质回档了，他们压根就没意识到第二次冲击已经发生过，南极连同沿海城市都曾被轮了大米。
在地球恢复正常运作的时候，全世界的人基本都在继续进行普普通通的日常，唯有南极研究基地才发现了异常——
他们本来正在SEELE命令下进行亚当接触实验，刚刚用固定在轨道上的朗基奴斯之枪破除了亚当那堪称无敌防御的绝对领域。
然而当他们依照命令将人类遗传因子注入亚当的身躯后，预计中的可能后果一个都没发生，亚当却连同朗基奴斯之枪一同瞬间消失了。
他们不会知道亚当那些东西早就被程斌取走了，只不过是他们的记忆刚刚随着地球倒转回到这里罢了。
亚当消失了，SEELE惊愕之余其实还松了口气——
他们本来就是希望通过这个实验将亚当还原成卵，在降低其威胁性的同时增加使徒寻找亚当的难度。
现在亚当直接消失了，用记录里亚当释放的力量波动特征完全搜索不到它的痕迹...这也算是好事吧。
起码使徒想找到并接触亚当，来触发神化觉醒灭亡人类已经不太可能了。
当前的SEELE还没有形成人类补完计划的确切念头，他们的出发点还是为了避免人类灭亡，对于这种情况纷纷觉得还行。
唯一的麻烦是，死海文书里明确记载，能轻松压制、封印、杀死其他使徒的朗基奴斯之枪没了，这就令人有些扼腕了。
不过他们好歹在打捞起那把枪后研究了一段时间，对其力量特征多少心中有谱。
殊不知自己已经死去活来的南极基地研究人员大量的撤离，只留下部分研究员配合挖掘施工人员继续探索亚当的老巢白之月。
撤离的研究人员饶了一圈，就直奔岛国而去——
之前SEELE根据亚当散发出来的波动特征满地球去寻找它时，意外在岛国发现了极其相似，甚至远观完全一致的波动信息。
顺着探测在岛国一挖，他们就在地下发现了巨大的空洞，以及空洞下的黑之月与莉莉丝。
那也是一个体型四肢和人类很像的白色巨人，但看上去更像普通的白色物质，而不是亚当那种纯粹的白光躯体。
黑之月深处遍布着莉莉丝身上源源不断渗透出来的橙色液体，其构造据分析和亚当白之月里残存的血色物质很相似。
不同于亚当，深藏在黑之月深处的莉莉丝周围并没有强大的绝对领域保护。
不过由于失去了朗基奴斯之枪，人类也不敢立刻进行太大的动作，免得惊醒似乎在沉眠的莉莉丝。
于是为了应对莉莉丝醒来的情况，同时也为了歼灭未来可能顺着与亚当相似感应而找上门来的使徒，人类开始大动土木。
在可以动员整个世界绝大部分资源的SEELE支持下，黑之月上方的空洞与地表很快被要塞化。
集合了人类所有尖端科技的要塞城市“第三新东京市”在短短时间内就建设出轮廓，地表到空洞间铺设的多层双向防御用厚重装甲开始逐步建造。
而当黑之月深处围绕着莉莉丝建造的最终教条区完工、当量足以毁灭小半个岛国的大量N2炸弹铺设就位后，人类终于忍不住开始尝试接触莉莉丝了。
结果令所有知情者心有余悸。
在人类尝试靠近莉莉丝从它身上分离一点身躯组织的时候，莉莉丝身躯轻微动了动，当时所有在场的人类瞬间炸裂化为橙红色液体，并汇聚融入了莉莉丝的身躯。
监控记录中可以看到莉莉丝身躯表面骤然扭曲起伏，浮现出大量挥舞四肢挣扎的白色人形轮廓，之后没几秒这些轮廓就全部平复消失了。
看到这一幕，当时严密监控实验进程的SEELE成员手一抖，差点就按下了最终教条的自爆按钮。
还好之后莉莉丝没有其他的动作。
确定了莉莉丝之前那种能力的波及范围后，SEELE将这个范围内的地域全部划入最终教条区，禁止任何没有权限的人类进入。
通过监控确定莉莉丝没有破坏最终教条区里那些仪器设备后，他们又肥着胆子远程操纵机械，再次尝试获取莉莉丝的身躯样本。
这次的行动居然顺顺利利的成功了。
不顾生命危险待在要塞里的研究人员如获至宝。
在严密的监控、防御、毁灭措施下，以葛城博士、碇唯为首的研究团队小心翼翼地试探着莉莉丝血肉的各种物理特性。
在发现莉莉丝血肉在特定刺激下可以无限凭空增殖，并且在接触人类基因时能构造出拥有无限寿命地奇异克隆体后，这个要塞中立刻就成立了一个人工进化研究所。
SEELE任命碇唯的丈夫碇源堂来担任所长管理事务，并负责督促研究团队利用莉莉丝血肉找出人类进化的办法。
显然不管是哪个世界，统治者对于长生不老都是挺感兴趣的。
人工进化研究所除了寻找进化当前人类的办法外，还有一个任务是研究莉莉丝的血肉，尝试制造出接近使徒的、拥有AT力场的生物兵器——在亚当身上，SEELE已经体会到了人类的武器在绝对领域面前有多无力了。
现在他们失去了王牌朗基努斯之枪，要是每个使徒都有亚当那种强度的绝对领域，他们就算用N2炸弹把地球犁一边都不一定能消灭未来苏醒的使徒。
所以制造拥有AT力场或者能破解AT力场的兵器就是必须进行的事情，SEELE除了莉莉丝所在的要塞这边外，也在地球其他地方启动了各种研究项目——
包括朗基努斯之枪的还原复制计划、对使徒用核动力兵器制造计划、未觉醒使徒搜寻捕获计划等等。
不过最先出成果的还是人工进化研究所这边。
