1900年八国联军[这八个土匪强盗是：英国、法国、德国、沙俄、美国、日本、意大利、奥地利、匈牙利，共有12个国家同清政府签订条约侵占北京，西郊诸园再遭劫掠。
这一次，清政府对圆明园已完全失去了控制，趁火打劫的人已不再满足于抢劫洋人劫余的财富，他们把园内火劫之余的零星分散的建筑、木桥的柱子、桩子锯断，用大绳拉倒，园内大小树木也被滥伐殆尽。当时清河镇上木材堆积如山，交易繁忙，而园内则炭厂林立，树枝、树根全被烧成木炭。
此外也有一部分圆明园遗物被安放于公共场所，如长春园门铜麒麟、安佑宫丹陛石、水木明瑟碑先后于1910年至1937年被移往颐和园；安佑宫华表、石麒麟、西洋楼线法桥和翻尾石鱼、梅石碑、莳花碑、文源阁碑被分别移至燕京大学和北京图书馆旧馆。
兰亭碑和“青莲朵”等珍贵太湖石于1915年移往中山公园。
长春园大东门石狮子及基座移至正阳门和新华门。
西洋楼遗址的汉白玉及砖瓦也多被军阀官僚运走，或被各家石作坊买去，就地改刻为其他石料。1
928年大水法遗址石料被拆走修建绥远阵亡将士碑。
日占时期，园内部分遗址在“奖励农业”的口号下被平山填湖，改为水田。
民国初期走马灯一样更迭的军阀，都把圆明园作为取之不尽的建筑材料场，溥仪时期的档案留下了不少无奈的记录：“军人押车每日10余大车拉运园中太湖石。”
实际上，拆卖的情况远比档案中记载的严重得多。
徐世昌拆走圆明园属鸣春园与镜春园的木材，王怀庆拆毁园中安佑宫大墙及西洋楼石料。
从此，圆明园废墟凡能作建筑材料的东西，从地面的方砖、屋瓦、墙砖、石条，及地下的木钉、木桩、铜管道等全被搜罗干净，断断续续拉了20多年！
至此，圆明园建筑、林木、砖石皆已荡然无存．宣统末年，当地旗人已在园内的宫殿旧址上筑屋，昔日的皇家园林麦垅相望。
1940年以后的日寇占领时期，北京粮食紧张，于是奖励开荒。从这时起，农户陆续入园平山填湖，开田种稻。圆明园这处在清初盛世历经150余年苦心经营的湖山之胜，面目全非。
1949年，中华人民共和国成立后，人民政府十分重视圆明园遗址的保护，先后将其列为公园用地和重点文物保护单位，征收了园内旱地、进行了大规模植树绿化。
在十年动乱中，遗址虽然遭到过一些破坏，但它毕竟被保住了：整个圆明园的水系山形和万园之园的园林格局依然存在，近半数的土地成为绿化地带。
十几万株树木蔚然成林，多数建筑基址尚可找到，数十处假山叠石仍然可见，西洋楼遗址的石雕残迹颇引人注目。
1976年正式成立圆明园管理处之后，遗址保护、园林绿化有明显进展，西洋楼一带得到局部清理和整理，整个遗址东半部的园
林道路、园被设施从无到有，逐年有所改善，来园凭吊游览者有大幅度增加。
1983年，经国务院批准的《北京城市建设总体规划方案》，明确把圆明园规划为遗址公园。
