但是，这一制度在实际运行过程中却暴露出极大的问题，以至于这一制度最终难以为继。到了明朝中后期，随着逃户问题的加剧，明朝军队有超过一半的士兵都逃离了军籍，明朝的卫所制度遭到极大的破坏。
军户大量逃亡，军队的兵源根本得不到保障，军队建设也就无从谈起。
不得已，明朝只能采用募兵制度来弥补兵源缺口，
除此之外尚有简拔、投充及收集等军制；明朝中期以后又有强使民为军的方式，不过都属于少数；就有明一朝而言，卫所制是明朝廷最主要的军制。
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玉珠她家好好的一户良民，因为被当地官员构陷，以因贩卖私盐逃税罪被判处全家充军到北边来当了军户，家产尽散，加上南人到北地当军户，容易得病。老幼看病调理，又耗费了余下不多的余财，军中屯田又已经大部分被人侵吞，无田可耕，又不能恢复从商，一家子人缺衣少食，还要为军中长官及当地官员服役当各种苦工，苦不堪言。
为免全家饥饿而死或当逃户，玉珠只好被自愿卖身进入燕王府为奴婢，后来还当上了郡主身边的宫女。
她一心要为家人平反，但燕王一家又低调小心不敢犯忌讳，郡主也没有为她出头的心思。
眼看一年又一年，归乡无望，唯恐父母兄弟客死异乡，她五内心焦如焚。
今夜骤然听得通知有贵人急需侍寝宫女，而且贵人是盖世英雄、太子少保王总兵大人，她心急要攀上高枝，目的不是求富贵，但求能得到贵人援助，把家人救出苦海。
「原来如此。」王小龙以手指轻拭掉佳人眼颊间泪珠：「我想想办法。」
王小龙想起，后世网上对大明开国皇帝朱元璋订立的这套军户制度，其实批评得体无完肤。说这套制度先天性缺陷便严重，乃是一套民族革命起义时的临时方案，根本不应作为代代相传的制度，却被老朱当成什么不世传国护国利器，又自吹什么“养兵百万不花费一文钱”。
意思便是军户屯田，而商户运粮去边关后换盐引贩盐。抠门的老朱在建国初年是空手套白狼，可以不花一文钱养活百万将士。
但说穿了其实便是利用和侵占军户和商人利益便宜，时间长了，不肯代代吃亏的人便会反抗，所以军户逃户和私盐现象便冒出来了。
根据后世的分析，这个军户制衰败除了先天制度缺陷，没有考虑人性化之外，还有好些问题：
一是先天不足：
这是部份继承自蒙古入主中原后建立的军户制度，本身便不人道不自愿。强制军户每户派男丁参军，父死子继，兄亡弟代。
这种军队邻选不严格，战斗力成疑。
再加上兵将分离，平日若再缺乏训练，往往耕田屯田尚可以，一到草率匆匆拉出去对战强敌，自然拉胯大败。
其实，若是这套军户法可行，大元也不会亡了。
大明行此法，无非因为建国初年国家缺财力，故令军队屯田自给自足。
第一代的军户为了推翻骑在自家头上凌辱自家妻女的鞑虏，加上山河破败，到处灾荒，也没有别的出路，自然甘愿接受安排。但建国后一切好起来了还让要让军户代代出男丁戌边，日子久了便不愿了。
二是〝南人发北，北人戍南”的规定，是明太祖为了防备军阀拥兵自重而设的。令好多军户子弟在长途跋涉中病死或意外身亡。
而且往往戍区防守地方距家千里以上，长时间几十年不得返乡，太过不近人情。
而且南人不习惯北方气候，北人亦不习惯南方。影响战力。
估计也是因此故，后来对抗满清失利时，才有人建议大明以辽民守辽土。
