在最新的《骇客帝国：矩阵重启》剧情中曾多次提到的「母体」这个核心概念，是从“机器人革命”开始。
人类在不惜一切代价甚至用黑云永远遮蔽了太阳依然输掉与机器军团的末日大战后，就不再被当为平等的高级物种，变成了被从小豢养在电池农场，为机器城市提供能量的生物电池。但后来机器军团发现与其虐待人类，迫使其陷入精神内耗严重影响生物能量供应的稳定，不如给人类提供一个舒适的思想监狱，才能更有效率地生产能量。因此，机器城市的工程师打造出了名为母体的虚拟现实系统。
初代母体被称为“天堂母体（ParadiseMatrix）”，顾名思义，呈现出的世界是完美乌托邦，并没有疾病、战争等任何痛苦，由于缺乏选择就能获完美结果，使大量人类开始质疑这个非现实世界而在连接母体时大量死亡。史密斯特工曾假设就是因人类不完美，需要用苦痛定义自己，才有这些现象。
据说保护先知的炽天使撒拉弗（Seraph），就是在第一代矩阵时被创造出来的。在这个矩阵被证明失败，并被进行销毁时，里面有不少第一代矩阵的程式留到第二代矩阵，这些程式被叫做“流放者”。
玩家们据此推测（非官方设定），二代母体被叫做“噩梦母体（NightmareMatrix）”，人类认为是工程师打造的充满痛苦的虚拟世界，许多程式以僵尸、外星人、吸血鬼、狼人、各种神话怪物的样貌出现。但第二代母体是否真将人类痛苦具现化不得而知。为数不多的证据是（《骇客帝国》漫画）墨菲斯看到许多邪恶超自然生物时，推测可能是因第一代母体失败了，所以选择用相反方式打造。
三代母体就是《骇客帝国》电影三部曲登场的版本，先知发现要让人类认为虚拟世界是真实的方法就是要有选择，并要模拟20世纪末至21世纪初的地球，这的确使99%人类被机器城市稳定控制，用来源源不断的提供生物能源。
但仍有1%人类抗拒三代母体，若这些人继续活在虚拟世界，会导致母体数据混乱与崩坏，因此先知决定把这些抗拒母体的人类放在某个“容器”保存，那个容器就是锡安城（关于锡安是另一个深层母体还是位于现实世界的地下深处的争论在玩家中就一直没有停止过），但自由人类会依靠繁殖而使族群增加，最终仍会导致母体毁灭。
因此机器城市想到了一个解决办法，把这些“错误代码”集中到某个特定人类身上，使他变成所谓的“救世主（TheOne）”，预见到此状况的工程师和先知，把重启母体的程式码放在救世主体内，当母体崩坏前，救世主能重启三代母体免于灭亡。
这也是为何机器方选择不直接杀掉反抗者，反倒让他们建立锡安城，目的是让救世主与人类产生情感，历代救世主无一例外，都会为了不让99%接入矩阵母体的人类在虚拟现实中死亡，选择消灭掉锡安1%的人类，为大义而牺牲小我。另一方面，机械城市需要救世主去学习人类情感，获取资料，让母体升级都能打造出更真实的虚拟世界，使人类越来越难以发现异常。并在此过程中让机器生命获得人类最宝贵的“创造力”，达成更高级的进化。
每当一个从创世到灭世的循环完成，机器城市会再从人类里选出16位女性和7位男性重建锡安城，然后再选出新的救世主，进行无限循环，保持着微妙的平衡。但唯一的例外（程序错误）还是产生了。新任救世主尼奥不同于前几任救世主，他宁可选择拯救心爱的女人，打破整个循环，这就是《骇客帝国》的核心剧情架构。
事实上，经历过庇护所版《骇客帝国》三部曲后续衍生剧情洗礼的大玩家们，要比原版4代《骇客帝国：矩阵重启》所展现的剧情的思考和理解要更加深邃。正如被玩家们津津乐道的锡安城在三部曲剧情落幕，介入主线的玩家也陆陆续续撤离后的地下管线的衰败景象以及历代救世主后续个人剧情的展开，还有那些肆虐管线的“电子幽灵”以及因庇护所破碎而未完成的《最后一次驱魔》，都在“忠于原著，高于原著”的核心诉求下，达到了超越原初剧情的庇护所高度。
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