圣旨中只是让徐宪成和卢象升在南直隶做好以防高迎祥再掉头东进的准备，此外另派南直隶的兵马接替他们现在的防区，等换防之后，徐宪成临时总督的职务撤销，徐宪成就可以带兵返回山东，而卢象升也是一样，直接去湖广驻防，归于陈奇瑜部指挥。
面对这个命令，徐宪成和卢象升面面相觑，这时候让他们离开南直隶，又不入河南剿匪，实在是有些匪夷所思。可圣旨难违，徐宪成和卢象升只能遵旨，过了没多久随着南直隶的部队接管防区后，徐宪成和卢象升依依道别，各自离去。
相比徐宪成和卢象升的情况，在陕西的孙传庭却要顺利的多。
孙传庭带着高杰部去陕西就任巡抚，高杰可算帮了他大忙了。
高杰原本就是陕西人，而且他还是流寇出身，对于陕西的情况非常了解，一路上不仅为孙传庭讲解了陕西的地形风土人情，还着重介绍了陕西流寇各部的情况。
等到达陕西的时候，孙传庭对陕西已算是颇为了解了，不仅包括陕西的局势，还有陕西流寇各部的信息。
抵达巡抚衙门，正式上任后，孙传庭就以高杰部和王荣给他的几百精兵为核心开始组建新的陕军。
大明军队中最能打的几支军队都是边军，其中关宁军和陕军是佼佼者，当然浙军和白杆军不在其内，毕竟这两支军队和其他的明军不一样，是属于募兵制，而且自浑河一战后浙军已经没了，白杆军现在也是秦良玉重建的，虽然听从朝廷调遣，却属于秦良玉的私军。
陕军的战斗力原本就不弱，三秦之地历来就是出精兵的地方，这也是各路流寇起事大多都是在陕西出现，而且屡剿不尽的缘故。
孙传庭虽是文人出身，却对军事极有天赋，而且他还是一个天生的统帅。尤其是他上任之前手中就有了高杰这样的人帮助，再加上握着一支完全听从他指挥的军队，陕军的组建很是顺利。
仅仅不到两个月，孙传庭的军队基本就成了，整支军队共有五千余人，其中核心的是高杰的部队，再加上他的亲卫，其余都是从当地招募或整编而来的陕军。
组成军队后孙传庭抓紧时间进行训练，并提拔了几个他认为可用的将领，其中就有和高杰同样从流寇投诚朝廷的白广恩，此外还有左良玉的弟弟左光先等人。
因为陕西流寇猖獗，洪承畴多次向孙传庭求援，要求孙传庭配合共同围剿流寇。孙传庭没太多的时间，只能在对队伍稍加训练后就开始了他的剿匪计划。
孙传庭以战代练，从巡抚衙门所在的西安为中心，逐步向四周开始清扫流寇，几战下来，孙传庭指挥得当，再加他的部队人数虽然不多，可战斗力却是杠杠的，此外还有火器的优势，打得几股流寇根本无法招架，只能抱头鼠窜。
孙传庭乘胜追击，联合洪承畴一举先后荡灭了蝎子块、张妙手、混天星、过天星、大天王等流寇，杀敌数万，使得陕西异常严重的流寇情况大为好转，同时孙传庭在扫荡流寇的期间也没忘记安抚地方，他以巡抚的名义下令地方尽快安置流民，恢复生产，减少地方矛盾，在这一系列的操作下，陕西的局势以肉眼可见的速度恢复了秩序。
孙传庭在陕西的清扫流寇的战绩传到京师，崇祯皇帝很是高兴，特意加封了孙传庭兵部尚书衔，令其再接再厉，彻底荡平陕西一地。
孙传庭接到旨意后却没有太多的兴奋，因为这时候在外人看起来孙传庭很是风光，战绩辉煌，陕西局势也大为好转，可作为陕西巡抚孙传庭却明白这仅仅只是表象，清扫流寇固然重要，可如何稳定地方更为重要，假如后者无法做到的话，前者做的再好也无济于事。
这就和治病一样，不能头痛医头脚痛医脚，要找到病源对症下药，彻底拔除才能恢复健康。
可现在，整个陕西的问题重重，之所以会流寇四起，那是因为天灾人祸严重，再加上朝廷的赋税压得百姓透不过气来，百姓们实在是活不下去了，这才起事造反。
如果这个问题不解决，哪怕孙传庭在陕西杀的流寇再多也改变不了根本，这让孙传庭忧心忡忡。
