次日，宪宗再召彭时等重议此事，彭时仍坚持前议，宪宗说：“朕难道不知道你说的这些吗？朕只是担心钱太后一旦入葬，就会使母后难与先帝合葬。”彭时回答：“皇上对两宫太后都非常孝顺，圣德广为传闻。合乎礼仪，便能成全孝义之名。”内阁重臣商辂及大学士刘定之也相继劝说宪宗。宪宗说：“连母亲的命令都不听了，还能算孝顺儿子吗？”彭时向宪宗建议：“可以将钱太后葬于先帝之左，虚右位以待周太后将来。”
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随后，彭时与商辂、刘定之联名上疏说：“太后作配先帝，正位中宫，陛下尊她为太后，下诏宣示天下。先帝全夫妇之伦，陛下尽母子之爱，都得大义。现在太后梓宫应当合葬裕陵，她的神主应当附祭太庙，这是无可更改之礼。近来听说要另择地埋葬太后，臣等实是心怀疑惧。我们私下以为陛下之所以迟疑，是因为考虑到当今皇太后万寿之后，应当与先帝同尊，因此担心二后并配先帝，不合祖宗之制。但考之古代，汉文帝尊生母薄太后，而吕后仍附祭长陵。宋仁宗追尊生母李宸妃，而刘后仍附祭太庙。现在如果陵庙之制稍有不合适，则会有背前人之美，受后人讥笑。”吏部尚书李秉、礼部尚书姚夔等九十九位廷臣也同意钱太后与英宗合葬。
宪宗仍担心违背周太后的意志，此后更发出为钱太后另择葬地的谕旨。姚夔等两百余名朝臣一起伏在文华门哭请，宪宗下令群臣止哭退去，群臣叩头拒命，声言：“不得到钱太后合葬的旨意，绝不敢退下。”自巳时跪至申时，宪宗与周太后无可奈何，这才听从了彭时等人的建议。
彗星出现于三台，彭时等人说：“外廷大政固然应当先处理，宫中根本尤为至急。谚语说‘子出多母’。现在嫔嫱众多，却没有怀孕的先兆。这一定是陛下爱有所专，而专宠的人已过了生育年龄的缘故。望陛下均恩爱，为宗社着想。”当时宪宗专宠万贵妃，而贵妃年已近四十，所以彭时这么说，他又说：“大臣黜退，应该由陛下决定，或者集中群臣商议，不可都交给臣下，使大权旁落。”宪宗虽不能听从，但心中称赞他的忠诚。
西北土官满四率众起事，自署“招贤王”，数月即聚众数万，关中震动。都御史项忠奉命讨伐满四，项忠初战不利，朝廷建议命抚宁侯朱永率京军前往，朱永故意为难，提出许多要求。彭时讨厌他胃口张得太大，并推测军队可不用出发，便令整装以待。正好项忠飞报朝廷，说已把贼人围在石城，宪宗派宦官怀恩、黄赐与兵部尚书白圭、程信等人到内阁讨论，彭时说：“贼人四出攻掠，锋芒诚然不可阻挡。现在他们入石城自保，我军包围得很坚固，他们不过是困兽，很容易擒获。”程信说：“怎么知道项忠不会退兵？”彭时说：“他已部署妥当，为什么自退？如果现在出兵，估计什么时候到？”程信说：“来年春天。”彭时说：“这样的话，更加缓慢了，不顶事。事情的成败，就在十二月决定了。”程信恼怒，恐吓道：“项忠如果失败了，一定要杀一两个人，然后出兵。”众人都很担心，问彭时有什么见解。彭时说：“看项忠奏疏中曲折，知道他很能干。如果他听说另派禁军去，则可能会退避不敢负责，这样贼人就难说了。”当时只有商辂赞同他的话。到同年冬，叛乱果然被讨平，众人这才信服，旋即改任为吏部尚书。
彭时因患病请假，过了三个月，宪宗催他到内阁办事，免予朝参。彭时上疏说：“光禄寺采办，各个城门抽税，都严重搜刮，而献上珍珠宝石的人，又加倍估算它的价值，掠取国库财物。请革除这些弊端，以惠小民。”宪宗优诏褒奖他，并采纳了他的建议。畿辅地区以及山东、河南干旱，彭时请免除夏税和盐钞，以及太仆寺索赔损失的官马，京师米贵，请发出仓库储米五十万石来平卖，宪宗都听从了。彭时以旧臣受到倚重，遇有事情他都极力争执，毫不回避。而那时候宪宗怠于政事，大臣很少得到召见。万安同在内阁，交结显贵的宦官和外戚，使君臣上下隔绝，彭时颇为担扰。
彭时再次发病，又请求致仕，宪宗安慰挽留，彭时无法离去。彗星再次出现，彭时因而上书论关于为政之本的七件事：不要惑于佛事，浪费金钱；传圣旨专门委任司礼监，不要再任别的人，以防作弊；召见大臣议论政事；对近幸之人赐给太多，工匠冒官太滥，而犯重罪判死刑和流放的人，又不尽合法，应戒除滥加刑赏；虚心接受劝谏，不要厌恶恳切的直言；告诫廷臣不要模棱两可，凡是政令失当，应该直言论奏；清理牧马草地，减少权势要人的庄田。这些意见都切中时弊。
宁晋伯刘聚为他的从父太监刘永诚请求封号和谥号，并请赐给祠堂匾额，礼部引惯例驳回。宪宗特赐“褒功”匾额，命内阁拟好封谥，彭时等人说：“如果给刘永诚封谥，将来守边的宦官都援引此例来要求，变更祖宗之法就是从今日开始了。”有人援引北宋权宦童贯封王之事，彭时说：“童贯封王在宋徽宗末年，怎能是盛世之事？”此事于是被搁置。
彭时常常因为有灾变而上书，他的奏疏有的留中不发，有的发下有关部门，又多被阻隔，彭时因此郁郁不得志，他共休假七次，宪宗总是命御医去给他看病，还多次派宦官赏赐给他财物。彭时病逝，终年六十岁，临终时对前来问候的从弟说：“生死是常理，没有什么值得惊讶的。只是冒居高位，上不能报国，下不能终养老父，这是我愧疚的。”最终没有一句话提及家事。宪宗闻讯后，非常哀伤惋惜，为他辍朝一日，追赠特进光禄大夫、左柱国、太师，谥号“文宪”，另赐钞一万贯，命有关部门予以安葬，任命其子彭颐为尚宝司丞。
彭时为立朝三十年，孜孜奉国，刚直敢言，持正稳重，务以大局为重，是明代天顺、成化年间正直阁臣的杰出代表之一。
