宁王开始组织他的武装力量，到西南土著居民中招募了更多的军队，并贮存盔甲和包括火器在内的武器。他派密探到北京，以便向他报告那里的情况，同时他设立了一个驿传系统给他传递消息。他的谋士们警告他不要谋反，应当等到皇帝去世，届时在随着发生的混乱中，起而宣布他自己是皇帝。
皇帝差一点被蒙古人俘虏，他很少在紫禁城里，总是去冒险，可是宁王不能无限期地等待他的死亡，他有理由首先考虑在这时暗杀皇帝。与此同时，他保护下的土匪部队事实上，正在和省及地方当局作战，抢劫粮仓和金库以充实他的库藏。
在江西东部过退隐生活的费宏，在县城里躲避他的一支土匪部队，但土匪捣毁城门，抢劫了县城，并将费宏的亲戚肢解，费宏只身逃脱。朝廷没有正式调查这一事件，只在费宏直接向朝廷请求帮助以后，才从北京派来一个高级官员调查此事。江西的新巡抚孙燧奉派对费宏的请求作出反应，他负责镇压土匪活动，可是还要为一次可能发生的暴动事件作好准备，他捕获几个宁王保护下的匪首，把他们关在南康府城的监狱里。宁王怕他们可能在拷问下泄漏他的计划，派他的军队袭击这座城市以营救他们，在其后的严重水灾中，盗匪活动更加蔓延，地方当局几乎不能控制农村的大部分地区。
孙燧递送了七份关于宁王谋反的报告，再三再四地说，宁王的确将要反叛，但都不起作用，不过宁王却渐渐变得不安起来，皇帝能够被蒙蔽多久皇帝原来想在春季和夏季巡幸长江以南，宁王可以指望在途中的什么地方要末把他暗杀，要末把他扣押，但是这次巡幸由于朝廷官员们反对而被推迟了，因为即使皇帝对宁王的意图仍不觉察，他的官员们也是看得很清楚的。
宁王还没有反叛，只有一个原因，皇帝不理睬他的后妃，人们普遍认为他不会生下后嗣，所以宁王仍然希望通过他的儿子，被指定为太子而得到皇位，这样他就能避免被指为叛逆者和篡位者，至少装出合法继位的样子。据说，在朝臣提出异议以后，只是由于江彬把这种情况看成永远推倒他的对手钱宁的一条门路，皇帝终于注意到了这种情况。但钱宁蒙骗了皇帝，要皇帝批准宁王的请求，允许他的长子参与太庙的献祭，并将诏令写在一种特殊的纸上，这种“异色龙”依照惯例是专用于与监国的联系的。如果没有太子，监国就代皇帝行事，如果皇帝去世，宁王就将被召到北京监督帝国的行政，这不符合江彬的利益。
江彬同太监张永勾结，决定首先下手，并迫使宁王摊牌，他们先在皇帝的心中引起对钱宁的动机的怀疑，为什么他总是称赞宁王孝顺和勤谨，这不是在嘲笑皇帝，为什么他胆敢这样做，皇帝很快改变了对宁王的看法。而钱宁在朝廷的主要同伙太监张锐，当他了解阴谋已被揭穿时，马上就反对钱宁，某个御史知道了宁王犯罪的详情，呈递了一份关于宁王谋反的奏疏。钱宁这次不能隐瞒文件，当他面对皇帝的时候，他控告这个御史在皇室中进行挑拨，但是皇帝已起疑心。
大学士杨廷和建议仿效宣德皇帝所树立的先例，建议像处置朱高燧那样处置宁王，可以派几个高级官员和皇亲去告诫他，并且夺去他的护卫，宁王几乎要公开反叛来说，这是一种非常宽大的惩戒，连他也弄错了皇帝派遣使者的目的。
当宁王出席祝贺他的生日的宴会时，一个从北京来的密探带来了已经派出一些高级官员来逮捕他的消息，因为这是北京所谣传的。宁王突然离开宴会，召集他的谋士的紧急会议，他们一致认为，他的密谋已经泄漏，他不能再延迟，一致同意一个计划。
第二天，当所有文官来答谢他的宴会时，他要宣布他的意图，并将任何拒绝支持他的事业的人杀死。在聚集在一起的官员面前露面，他们被他的几百名卫兵包围着，他发布了一份难以置信的通告，他声称，太监李广欺骗弘治皇帝，使他认为正德皇帝是他的儿子。据他说，皇位上的这个人是一个平民的孩子。然后他问这些官员是否知道，他曾经接到皇后的诏书，又告诉他们，他曾奉命惩罚这个恶棍——所指当是皇帝。江西巡抚孙燧要求看皇后的诏书，被拒绝时，就指控宁王谋反，和其他几个不愿合作的高级官员马上被处决，其余的许多人被捕，随后被迫顺从宁王。
战役从一开始就不利，第一天，当宁王为他的事业的成功而献祭时，祭坛坍塌，祭品掉到了地上；最先启航的一些船在一场暴风雨中被毁；主力部队抵达安庆，安庆被围已有10多天，宁王的军队在袭击这座城市时，人员伤亡很多，在攻占它的最后尝试失败以后，他下令撤围，他很着急，要是他的军队不能拿下这座府城，他怎么能够指望拿下南都南京
当时，江西南部的巡抚王守仁，用计使宁王延迟出发，与此同时，王守仁已经集结了一支军队，并已定下了抵御宁王的战略。南昌的总部守军不多，宁王带走了大部分军队，王守仁计划首先攻占南昌，然后在长江与宁王的主力交战，他推断宁王将赶回去保卫他的总部，但到那时他的部队将是虚弱而疲惫的，在激战中他将处于不利地位。
王守仁军的先头部队抵达南昌，两天以后，进攻部队伏击了预料要赶回来保卫南昌的宁王的军队，正当宁王上朝时，赶上了宁王的船队，小船被烧着，让其飘流入宁王船队，宁王在他自己的船着火时，被迫逃走，随即被俘，他的军队完全被击溃，叛乱只持续了43天。
