然而，对司马迁影响最大的莫过于董仲舒与孔安国。司马迁与上大夫壶遂讨论文学之时曾说过：“我听董生说：‘周朝王道衰败废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻挠他。孔子知道自己的意见不被采纳，政治主张无法实行，便褒贬评定二百四十二年间的是非，作为天下评判是非的标准，贬抑无道的天子，斥责为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事通达而已’”。
而纵观《史记》，可知董仲舒之公羊学，对司马迁的影响主要为：其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道，成为《史记》反暴政的思想基础；其二，公羊家“尊王攘夷“，主张“大一统“的思想，成为《史记》贯串全书的主要观念；其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬历史人物的道德标准。
因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就《古文尚书》问故于孔安国，学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法。而《古文尚书》作为整个古文学的核心，司马迁写上古三代史亦从中作了大量的引用。
汉朝自建立以来，已经102年了，汉室建立之初，诸事草创，大部分都沿袭了秦朝的制作。历法则采用了较为贴近的《颛顼历》，尽管如此，《颛顼历》对朔、晦的计算亦与实际情况相异。
于是，时任太史令的司马迁和大中大夫公孙卿以及壶遂等人，向汉武帝进言说：“《颛顼历》已经不适合现在的情况了，因该重新定制历法。”而御史大夫儿宽恰好懂得经学，汉武帝便命令儿宽去与众博士商议修改历法等事情。武帝命令公孙卿、壶遂、司马迁、侍郎尊、大典星射姓等人讨论定制《汉历》。
武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护送辎重，李陵谢绝，并自请步兵五千涉单于庭以寡击众，武帝赞赏李陵的勇气并答应了他。
然而，李陵行至浚稽山时，却遭遇匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵最终降敌。武帝愤怒，群臣皆声讨李陵的罪过，唯有司马迁说：“李陵侍奉亲人孝敬，与士人有信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的。”
然而，不久后去迎接李陵的公孙敖，无功而还，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝，武帝便杀了李陵全家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名，诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。
面对大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。想到文王拘于囚室而推演《周易》，仲尼困厄之时著作《春秋》，屈原放逐才赋有《离骚》，左丘失明乃有《国语》，孙膑遭膑脚之刑后修兵法，吕不韦被贬蜀地才有《吕氏春秋》传世，韩非被囚秦国，作《说难》和《孤愤》，《诗》三百篇，大概都是贤士圣人发泄愤懑而作。
司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想，面对极刑而无怯色，在坚忍与屈辱中，完成那个属于太史公的使命。
司马迁，有一个女儿嫁给杨敞，杨敞在汉昭帝刘弗陵时曾官至宰相，与司马迁之女生二子：大儿子杨忠，小儿子杨恽。
杨恽，自幼聪颖好学，他的母亲把自己珍藏着的并且深爱着的《史记》，拿出来给他阅读。杨恽初读此书，便被书中的内容吸引住了，爱不释手，一字字、一篇篇，非常用心地把它读完。
杨恽成年之后，还把它读了好几遍，每读一遍总是热泪盈眶，扼腕叹息。在汉宣帝的时候，杨恽被封为平通侯，这时候他看到当时朝政清明，想到他的外祖父司马迁这部巨著正是重见天日的时候，就上书汉宣帝，把《史记》献了出来，从此天下人得以共读这部伟大的史著。
