同年他赴南京参加国民党第五次全国代表大会，连任中央执行委员。1936年元旦顾祝同因悉力剿共和入川扩张将系势力有功，授二等云鹰勋章。7月兼任国防委员，8月调任贵州省政府主席兼全省保安司令，可谓是风光一时无两。
七七事变之后，老将不愿意和鬼子开战，还是一味地想要剿匪，这个导致了张六子趁机发动了长安事变，在这一次事变之中由于顾祝同一切都按照宋氏兄妹的旨意行事，事后不仅得到宋家的信任，而且消除了老将内心多年的猜疑，因此受到老将的重视，马上任命他为总司令兼第一集团军总司令。
1937年8月13日鬼子侵犯上海。14日华夏政府正式发表带宣战性质的《自卫抗战声明》。 20日军委会将全国划分为五个战区，上海方面的作战指挥归属第三战区，任顾祝同为副司令长官，负实际指挥之责。
08月23日至11月上旬，华夏军队在吴淞、浏河、江湾、庙行、牛行、宝山、罗店等纵深各线与鬼子血战。上海失陷，顾祝同奉令以第三战区一部兵力退至南京，归南京卫戍司令长官唐生智指挥，组织南京保卫战，其主力向芜湖、宣城方向转进。
南京失陷后，顾祝同任第三战区司令长官兼江苏省主席、战区经济委员会主任、战区党政委员会委员、第二十四集团军总司令等各要职。管辖江苏、浙江、福建、皖南等省区。1938年1月6日新四军军部在南昌成立，也编入第三战区，直隶长官部。
此后第三战区的部队，一直处在日军和汪伪军的包围中作战。顾祝同采取稳定内部，保存实力，持久防御的方针，以在控制中央军的同时，和各杂牌军巧于周旋，借力而用，并在徐州会战的时候对鬼子背后发动突袭，让鬼子大败而回，协助李宗仁获得了台儿庄大捷。
这个人的经历很是复杂，他的确在抗战中也立过一些功劳，但却是红党的生死大敌，当年在井冈山的所作所为早就让他成为了整个红党的公敌。
毕竟不知道多少红党的家人都被他下命令杀死，他们不光杀人，还将很多的女性俘虏直接卖掉，说不清楚造了多少罪孽。
现在都说鬼子多么坏，但是顾祝同等人在那里做的事情一点也不比鬼子差多少，这也就是为什么老红军只要一提起这个人就会咬牙切齿，而也正是因为他铁心反红，所以老将才将他放在了第三战区的位置上，更将新四军放在了他的麾下，可就是希望顾祝同可以压制新四军。
顾祝同在这方面做的非常决绝，从来不给新四军人任何的面子，这也让新四军上下都对他痛恨无比，要不是夏英压着他们，这些人早就和顾祝同翻脸了。
夏英的这个做法也的确让很多人不满，包括叶军长都对他颇有微词，可他满嘴都是要维护统一战线，这也的确是一面大旗，谁也不敢在明面上和他较量一下。
粟云没有在这件事上和夏英出现什么冲突，但是在私下里面却也不愿意给顾祝同任何面子，他本来也没有和这个人有什么交集，所以毫不犹豫的直接点名道姓，话里面甚至还带出了一丝杀气。
