在部署平叛的过程中，他也对朝廷上下、宫廷内外的人事关系进行了调整，首先他于丹凤楼颁布大赦制书，随后加封平叛功臣郭子仪、李光弼及李光进等诸道节度使及内外群臣。宣布恢复玄宗时被废黜为庶人的王皇后、太子李瑛、鄂王李瑶、光王李琚等人的封号，被玄宗幽禁而死的棣王李琰、因擅兵被废为庶人的永王李璘等也被昭雪，希望通过对皇室成员的平反昭雪来梳理玄宗、肃宗时期淤结的政治遗留问题，从而寻求开拓进取的途径。
李豫命李适为主帅、仆固怀恩为副帅，统帅河东、朔方及诸道行营、回纥骑兵等共十余万兵力，对自称燕帝的史朝义部叛军发起强大攻势，河南等道副元帅李光弼也率军参战。唐军抵达洛阳北郊，与安史叛军在横水展开决战，叛军大败，被俘杀六万人，史朝义向北溃逃，唐军顺势收复东京、河阳及汴、郑、滑、魏等州。燕相州守将薛嵩举相州，恒州节度使张忠志举赵、定、深、恒、易五州归顺。史朝义走投无路，北入奚、契丹，途中被图谋归唐的燕范阳尹李怀仙追及，被迫自杀，李怀仙斩得史朝义首级来降。自此，历时八年之久的安史之乱平定，安史之乱平定后，李豫同意了仆固怀恩分授原安史旧将镇守河朔的提议，被认为开中晚唐藩镇割据现象之先河。
唐廷为追征江淮地区八年赊欠租调，派豪吏为县令，搜括民间粟帛，农民纷起反抗，其中台州临海人袁晁在翁山率众起义，攻下台州，年号宝胜，连克信、温、明等州，拥众近二十万。江南人方清在歙州率饥民起义。面对浙东接连不断的起义，李豫命镇守临淮的河南副元帅李光弼分兵镇压，浙东起义军接连为李光弼部所败，袁晁本人被俘杀，不久后浙东乱平。
为讨伐安史叛军，唐廷相继召回安西、北庭等地的军队，使吐蕃逐渐向北蚕食，并乘虚深入内地，攻占了陕西凤翔以西，邠州以北的十余州。吐蕃军大举入寇，边将再三告急，宦官程元振都压下不报，投降吐蕃的泾州刺史高晖引导吐蕃军过邻州，寇掠奉天、武功，逼近京师。
李豫获悉此事后，急命雍王李适为关内元帅，同时启用郭子仪为副元帅，出镇咸阳御敌，但为时已晚，李豫匆促逃离京城，到陕州避难，官民逃亡荆襄或藏匿在山谷中。吐蕃占领长安后，立广武王李承宏为帝，劫掠府库市里，纵兵焚闾舍，萧然一空，幸亏郭子仪巧妙与敌周旋，迫使吐蕃退出长安，李豫才返回长安，重赏郭子仪。百官论奏程元振“专权自恣”，贻误军机，李豫遂罢免了程元振官爵，放归乡里，后又流配于江陵。
朔方节度使、大宁郡王仆固怀恩在安史之乱中“与贼百战，阖宗死事至四十六人”，立有大功，却在平乱之后被河东节度使辛云京、宦官骆奉先逼迫，无法向朝廷申辩。仆固怀恩派其子仆固玚攻打辛云京，李豫招抚不成，采纳刑部尚书颜真卿的建议，派长期任职朔方的郭子仪前往招抚朔方军将，仆固玚攻击败辛云京后受阻于榆次，最终被部下杀死。
仆固怀恩声称李豫已经去世，再引吐蕃、回纥、吐谷浑、党项、奴剌等部总共三十万人来犯，约期从华阴趋赴蓝田，直取长安。京师震恐，李豫急召郭子仪屯驻长安北面的泾阳，此时仆固怀恩得暴病死于军中，郭子仪说服回纥与唐军联合，大破吐蕃于灵武台西原，斩首五万，生擒上万人，夺回被吐蕃劫掠的男女百姓四千人，缴获的牛羊驼马绵延三百里内不绝。
李豫优宠宦官，凡宦官奉命出使四方，从不禁止其所求取，即使奉命恩赐妃族，回来后也问宦官所得多少，如果给宦官的财物少，李豫则认为是轻慢天子的使者，“由是中使公求赂遗，无所忌惮”。宰相常贮钱于阁中，每逢中使来赐一物，宣一旨，从未有空手回去的，若宦官出使州县，传送文书取货，“与赋税同，皆重载而归”。李辅国、程元振、鱼朝恩倍受尊宠，权势甚至超过宰臣。
但是，李豫也能惩治飞扬跋扈的宦官，李辅国、程元振先后遭诛贬，观军容宣慰处置使、左监门卫大将军兼神策军使、内侍监鱼朝恩宠幸无比，势倾朝野，凌辱宰相，朝廷政事要是没有他参预，他则愤怒地说：“天下事有不由我者耶！”李豫知群臣皆怨恨他，便与宰相元载密谋，一次禁中宴会，会后将他留下，侍卫把他缢死，对外则声称“朝恩受诏乃自缢”。
李豫病重，不到十天，已无法上朝，命太子李适监国，在长安大明宫紫宸内殿驾崩，享年五十三岁，群臣上谥号为睿文孝武皇帝，庙号代宗，葬于元陵，祔于太庙。
