德宗以萧复为门下侍郎、同平章事，派遣萧复前往山南、荆南、湖南、江西、鄂岳、浙江东西、福建等道宣慰，实际上，这是德宗疏远了萧复。
就在萧复准备前往江淮时，宰相刘从一和部分官员上奏请求留下萧复，德宗对时任考功郎中的陆贽说，当初准备选择一位官员前往江淮宣慰，宰相们都觉得萧复久任外州刺史，在列位宰相中名望最高，是最合适之人。本来已经商量好了，萧复也没有意见，可是现在刘从一等人又请求留下萧复，德宗怀疑这是萧复不肯前往江淮，而指使刘从一等人上奏。
陆贽上奏为其辩解，陆贽提到他在寄居常州时和萧复相识，双方多有往来，二人情意相得。萧复本是高门贵胄，又是皇亲国戚，因此，萧复更加砥砺名节，仰慕清白的操守。以魏元忠、宋璟为师，希望尽善尽美地完成每一件事情，虽然矫正过当，也没有应变的才能。但萧复绝对不会做出反复无常、奸诈狡猾的事情，即使真的是萧复的意思，刘从一一定不会附会。最初举荐萧复为宣慰使的是刘从一等人，如今要留下萧复的还是刘从一等人，彼此矛盾，必有理由。如果萧复有所请求，刘从一不会隐瞒，如果刘从一心怀叵测，则萧复不应该受到怀疑。在陆贽的解释下，萧复得以顺利前往江淮宣慰。
萧复宣慰江淮时，以齐抗为判官，时任刑部员外郎的卢迈，也以本官兼侍御史跟随萧复一起巡视江淮。
德宗听信卢杞的谗言，将前来救驾的朔方节度使李怀光逼反，只能逃往梁州。梁州偏僻闭陋，运输物资很不方便，在江淮的萧复听闻后，派遣奏事官李充劝说德宗驾幸江陵。但德宗表示不明其意，将此事询问刘从一，刘从一也不明缘由，德宗又怀疑李充并非纯良。陆贽再次为其辩解，陆贽认为萧复请求驾幸江陵，就像张延赏奉迎于西川，韩滉望幸于东吴都是臣子常情，古今通理。而李充是故福建观察使李椅之子，颇有才干。德宗仍然责怪萧复不识大体，担心他在宣慰过程中出现差错，刚好福建观察使孟皞年老，德宗欲以萧复代替他，陆贽认为萧复是奉旨宣慰，若是中途而废，恐怕会令江淮百姓失望，陆贽建议可以催促萧复赶紧回来，或者等到萧复完成宣慰任务后，再进行升调处理。
淮南陈少游依附李希烈，而张镒的判官韦皋杀邠陇叛卒，不响应李楚琳，萧复在完成宣慰江淮的任务后，回到京城，与宰相们同对讫。萧复单独留下来，向德宗建议：“陛下自返宫阙，勋臣都已经得到奖赏，只有存善去恶做得还不明显。陈少游位居将相，臣服叛军。而韦皋官职卑下，却正直忠烈。如果能够以韦皋代替陈少游，那么天下人都会明白顺逆的道理。”德宗同意了。萧复出来和宰相李勉、卢翰、刘从一同归中书省，中官马钦绪向刘从一作揖，附耳语，诸位宰相各自归阁。
随后，刘从一秘密对萧复说：“有诏让我来与您商量之前所奏的事情，不要让李勉、卢翰知道。”萧复回答：“刚才在陛下面前议论时，也听说了这个旨意，只是尚未明白陛下的意思。已经当面陈述，陛下还是如此，我不敢再言这件事情。”又说：“唐、虞有佥曰之论，朝廷政事应该和公卿共同商议。如果李勉、卢翰不称职，就将他们罢免。既然是宰相，理应一起商量，为什么要单独避开这一环节？今日也许可以这样做，只是担心逐渐形成风俗，这是朝政最大的弊端。”于是，萧复没有告诉刘从一之前所奏的内容，刘从一上奏德宗，德宗更加不悦。萧复让时任中书舍人的齐映代自己三上章请求辞职，被罢免为太子左庶子。
萧复之弟萧升早卒，郜国公主以奸蛊事再得罪废，诸子悉逐丑地，太子李诵非常恐惧，请求与萧妃离婚，德宗仍然记恨萧复，以为检校左庶子，废居饶州，卒于饶州贬所，时年五十七岁。
萧复门第高贵，砥砺名节，从不逢迎流俗，担任宰相时，端庄严肃，数次违逆帝意，故居相位不久就被解职。然而萧复性格孝友，与亲属相处得很和睦，此次受到牵连被贬谪，仍然处之泰然，从未抱怨。
