李石骑马上朝，中途遭到刺客射杀，马受惊后驮其回府，不料府门外也埋伏着刺客，刺客挥刀来砍李石，砍断马尾，李石幸免。文宗知道后大惊，命神策军遣兵护卫李石，并下诏追捕刺客未得，百官惊惧，甚至有人不敢上朝了。为了免遭杀身之祸，李石向文宗上表请求辞去相位，唐文宗无奈，只好让李石挂相衔出任荆南节度使，这时朝中再没有一个敢直面仇士良的人了。
泽潞的昭义节度使刘从谏，本来与李训相约诛杀郑注，及至李训被杀，刘从谏对仇士良的凶残及得志十分反感，于是上书唐文宗：“王涯等八人都是学者大臣，即从为个人保富贵而言，也必不会谋反。如今身已被害，无法改变，但还要称他们为逆贼，他们定含恨九泉。如不为他们昭雪恢复名誉，以后，天下的忠义之士高节亮风之人都畏祸远避，还有谁肯来与陛下共商治国大计呢？”还将李训所写的文书等派部将陈季卿送上朝。
陈季卿来到京师，正碰上李石遇刺，京师骚动不安，陈季卿也疑虑重重，不敢进都。刘从谏大怒，一气之下杀了陈季卿，另派人飞驰送书入朝。此外还上言说：“臣与李训相约诛杀郑注，因为郑注本就是宦竖所提携的，不用告知陛下。如今到处传言宰相要除尽内官，而两军中尉听说后，为图自救，竟然妄加杀戮，还说是铲除逆贼。使有大臣心怀作乱之谋，也应该将他逮捕交与有司，岂有纵人随意抓杀以致横尸殿前的呢？而陛下却看不到听不见。再说宦人根牵蔓延，党同友攀在宫内形成密网，臣本想当面陈述，但怕横遭毒害。臣当认真治理属地，缮甲练兵，做陛下的心腹。如果奸臣难以制伏，臣誓以死入朝清君侧。”
刘从谏的奏书送达，人人传观，仇士良颇为震恐沮丧，乃建议将刘从谏升任检校司徒，想堵塞他的进言，刘从谏估量形势可动，再上书说：“臣所陈述的都维系国家大体，如有说得对的，则应该为王涯等人昭雪平冤；如说得不对，则不应该给我奖赏。哪有死者不申而生者借之而得官的道理呢？”坚持推辞赏赐，他还多次上书，揭发仇士良等人的罪行。皇帝虽然无力排除仇士良等宦官，但终究因刘从谏而使仇士良等有所收敛，从此，唐文宗郁郁不乐，两军的球戏狩猎宴会等事也停了。
唐文宗染风疾，病略见好，召宰相到延英殿朝见，见毕，唐文宗退坐思政殿，问左右说：“当班的学士是谁？”左右回答：“是周墀。”乃召周墀入殿，唐文宗说：“就你的看法说，我可比前代哪个君主？”周墀跪拜说：“臣才不足以判断，不过我听天下人都说陛下可比古时的尧舜。”唐文宗说：“我怎敢上比尧舜，所以要问你，你看我比周赧王、汉献帝如何？”周墀吓了一跳，说：“陛下圣德，周成王、周康王、汉文帝、汉景帝虽比不上，何至于自比那两个亡国之君呢？”唐文宗说：“周赧王、汉献帝不过是受制于强藩，今日我却受家奴钳制，只怕比周赧王、汉献帝还不如呢。”说着泪下，周墀也跪伏流泪，后来文宗就不再上朝，终致病危。
唐文宗驾崩，枢密使刘弘逸、薛季棱，宰相李珏、杨嗣复打算奉太子李成美监国。仇士良及鱼弘志则商议改立太子，李珏不答应。仇士良竟然颁发伪诏，立唐穆宗第五子颍王李瀍为皇太弟，暂领军国大事，仇士良派兵奉迎颍王，是为唐武宗，而太子依然还为陈王。
起初，庄恪太子李永去世后，杨贤妃想立安王李溶为太子，没有成功。唐武宗即位后，仇士良提起此事，劝唐武宗除掉这三人，武宗应允，于是杨贤妃、安王李溶、陈王李成美三人皆遭赐死。仇士良升任骠骑大将军，封爵楚国公，封鱼弘志韩国公，实封三百户。不久，李珏、杨嗣复罢官，刘弘逸、薛季棱被杀。
因唐武宗是自己立的，仇士良更加猖獗，竟对武宗指手画脚，凡唐武宗所宠的人，无论乐工，还是内侍，皆诛杀贬谪。武宗刚毅果断，喜怒不行于色，对于仇士良采取“内实嫌之，阳示尊宠”的办法，接着任用李德裕为相来排斥仇士良。仇士良已感觉出自己被唐武宗疏远，于是就用鼓动禁军闹事的阴谋妄图挤走李德裕，夺回自己的地位。
仇士良起草赦书，减禁军衣粮及马刍粟，便鼓动禁军哗变，围攻李德裕，借此铲除他。李德裕看穿了仇士良的阴谋，急速求见武宗，唐武宗大怒，立即派人对神策军宣旨：“赦令自朕意，宰相何豫？尔渠敢是？”于是，风波平息，仇士良未得逞，自此以后，仇士良日夜不安，自知作恶多端，说不定那天就大祸临头。
不久，唐武宗就把他削为内侍监，知省事，仇士良称病致仕，宦官们送他走，他传授驾驭皇帝的经验：“不要让天子闲着，应该常常以奢靡来掩住他的耳目，使他沉溺于宴乐中，没工夫管别的事情，然后我辈才能得志。千万不要让他读书，不让他接近读书人，否则，他就会知道前朝的兴亡，内心有所忧惧，便要疏斥我辈了。”不久后，仇士良死于长安广化里私第，终年63岁，葬于万年县宁安乡凤栖原社季村，立神道碑，由郑薰撰写，唐武宗辍朝两日，追赠其为扬州大都督。
