郑玄投马融门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授。
尽管郑玄胸中所藏学识已经远远超过了马融的“高足”。但郑玄谨记先圣的话“三人行，必有吾师”。
他仍旧专心听讲，日夜寻究诵习，毫无怠倦。
有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到了疑难而不能自解。
有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。郑玄当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已。
当时马融最器重品德高尚的卢植，他感慨的对卢植说:“吾等皆不如也。”
自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头再进一步。
郑玄在马融门下学习七年，因父母老迈需要归养，就向马融告辞回山东故里。马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”
从马融那里归来，郑玄已经四十多岁了。但他已经对百家之学无所不通，天下闻名。
许多人千里迢迢的来投到他的门下，拜他为师，听他讲学。
当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。
建宁元年，刘宏登基，第二次党锢之祸随之到来。
朝廷下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢。
郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人。
郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，便杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作，教导弟子。
汉代经学有今古文之分。今古文经不仅经文有所不同，更重要的是其解说和观点差异甚大。
秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字隶书记录并整理出来，叫做“今文经”。
西汉成、哀之世，刘向、刘歆父子校理秘书，发现了一部用古籀文字书写的《春秋左氏传》，再加上由孔壁所得的《仪礼》、《古文尚书》，和当时尚未立于学官的《毛诗》，便成了古文经的主要经典。研习今文经的，叫今文学派，修读古文经的，叫古文学派。
随着时间的迁移，古今经文逐渐水火不相容之势，发展到相互指责、论辩，相攻如仇。
后来，古文经也被立于学官，取得了合法的地位，两派的斗争更加经常和激烈了。
到东汉时，今古文经并行，古文学派的影响迅速扩大。郑玄进入经学界，正是处于今古文学派激烈斗争的形势之下。
郑玄先后师从第五元先、马融都属于古经文派系，按理说郑玄应该倾向于古经文。
但郑玄并不专守一师之说，尊一家之言，而是博学多师，兼收并蓄。
他以自己渊博的学识遍注古文经，注重并不专用古文经学家的释义，同时也采用了许多个今文经学家的解释。即以古文为主，兼采今文，择善而从。
在受禁锢期间，他注释与着书“几百余万言”，他的注解，被称为“郑注”。
郑注出现以后，原来各守门户的今文经学与古文经学，便逐渐不再为天下人所信了。
郑玄在当时不仅集古文经学之大成，而且使古文今文融为一炉，独创了一个新的学派，世人称其为“郑学”。
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天下士人转而崇尚郑学，使之逐渐成为“天下所宗”的儒学。
纵观古今，郑玄在经学发展使上做出的贡献无与伦比。
马融当初那句话也应验了，郑学确实超过了他，更超过了卢植。
杨赐、陈、蔡邕都是举世闻名大学者，或许在别的方面比郑玄突出，但在经学方面，郑玄毫无疑问是第一。因为他是两汉经学集大成者。
后世将他供奉为二十二先师之列，配享孔庙。
