旧都南京也设六部，称南六部，另有一套职官，但又不全置，其职权远不如北京六部。一般是安置地位崇高的退闲大臣。
中央六部七品及以上文官167人，七品以下文官112人，共计约279人。南北六部共计约558人。
都察院设正二品左右都御史2人，正三品左右副都御史2人，正四品左右佥都御史2人，正六品经历1人，正七品经历1人，十三道正七品监察御史110人，七品以下5人，共123人。
南京都察院设正二品右都御史1人，正三品右副都御史1人，正四品右佥都御史1人，正五品经历1人，正七品监察御史30人。七品以下3人，共37人。
都察院掌管监察、弹劾以及建议。十三道监察御史巡按州县，专事官吏的考察、举劾，对中央各衙门实施全面、有效的审计监督。
都察院不仅可以对审判机关进行监督，还拥有大事奏裁、小事立断的权利，为最高监察机关。监察御史品级不高，出外巡查时权力却很大。
通政使司设正三品通政使1人，正四品左右通政2人，正四品誊黄右通政1人，正五品左右参议2人、正五品经历1人，正六品知事1人。七品以下2人，共10人。
通政使司掌管内外奏章传达封驳之事，接受四方建言、申诉冤滞、举报等事。
大理寺设从三品大理卿1人，从四品左右少卿2人，从五品寺正2人，从六品寺丞6人，从六品司直6人，七品以下主簿、评事共10人，大理寺一共28人。
大理寺负责复核刑部审判的案件，分理京畿、十三省刑名之事。
六部尚书与通政使、大理寺卿、都察院左都御史合称六部九卿。
大理寺与刑部、都察院并称三法司。刑部没有终审的权力，刑部负责审判，都察院监督刑部是否严格按照司法程序审判，大理寺负责复核。遇有重大案件，由三法司会审，亦称三司会审。
六科给事中设正七品都给事中1人，从七品左右给事中2人，给事中65人，共计68人。六科给事中掌管侍从、规谏、补阙、拾遗、辅助皇帝处理奏章，稽察六部事务。
都察院监察御史负责纠察百官作风，六科给事中监督政策得失，同时负责稽查六部，对六部工作进行督促检查。两者构成了明代纠察弹劾官员的科道监察体制，互为补充。
六科给事中在明代被称为科官，十三道监察御史则被称为道官，科官道官共计约210人。由于科道官员专职建言乃至风闻言事，故又称为言官。
太常寺掌管祭祀，七品以上11人，七品以下73人。光禄寺掌管宴享，七品以上12人，七品以下9人。太仆寺管马，七品以上9人，七品以下5人。鸿胪寺掌管招待外宾，七品以上10人，七品以下60人。
太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺与大理寺并称为五寺。五寺七品以上60人，七品以下157人，共计213人。
翰林院设正五品翰林学士1人，从五品侍读学士2人，从五品侍讲学士2人，正六品侍读2人，正六品侍讲2人，殿试中状元者，授修撰，从六品；榜眼、探花，授编修，正七品。翰林院约66人。
翰林院掌管制诰、史册、文翰、讲读经史、修撰国史等事。
国子监设从四品祭酒1人，从四品司业2人，从六品监丞1人，从七品主簿1人，博士、助教、直讲60人，国子监约65人。
国子监掌管教育，下设绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅、掌馔厅五厅，率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂。明成祖朱棣迁都北京后，南京仍设国子监，时称南监，北京则称北监。
詹事府是负责辅助太子的机构，设正三品詹事一人，正四品少詹事一人，正六品府丞一人。詹事府设左右春坊、司经局、主簿厅。
太医院管理宫廷及贵族诊断、制药，设正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御医四人，从九品吏目若干人。
