新锦衣卫重建后第一任务，接管五城兵马司和巡捕营。
五城兵马司不是一个衙门，而是东、西、南、北、中城兵马司五个衙门的合称。由太祖皇帝朱元璋在南京设置，朱棣迁都后，北京设立五城兵马司。
五城兵马司隶属于兵部，设提督一人总管五城兵马司，各城兵马司设兵马司指挥一名，正六品；设兵马司副指挥两名，正七品，视情况会增减。比如一些无官职的皇亲和嫔妃的亲戚，皇帝会安排他们任兵马司正副指挥，但只挂职不干事。再之下有司吏与典吏，司吏典吏之下是小卒，小卒抽调军中的精锐弓箭手充任。
五城兵马司是集现代公安、消防、城管、市场监管、民政等功能于一身的正六品衙门。
维护京城治安，是兵马司的主要职责，白天夜晚都要定时定点的巡逻。
城市管理方面，主要负责市场监管、市政维护、环卫清洁、人口统计等工作。
市场监管首要的是查验交易时度量衡的标准；其次是负责各类商税的征收；再次是严查伪造银钱。
民政方面，遇到灾年饥荒，难民涌入京城时。五城兵马司作为基层机构，首先要统计需要救助的难民人数，再负责部分救济物资的支领，最后，负责无主或贫困百姓尸体的掩埋。
五城兵马司官小职微，事多钱少，在高官满地的京城，还兼有为皇家和朝廷各大机构做杂活，当免费差役的职能，基本上就是背黑锅的边缘型衙门。
五城兵马司名义上是一个独立机构，它的上级应该是皇帝。但因职小官微，皇帝派了一个巡城御史，监察五城兵马司。随着监管时间延长，巡城御史事实上成为兵马司不是上级的上级。
五城兵马司本来隶属于兵部。隆庆期间，五城兵马司的正指挥必须从科举中选授，科举出身的就是文臣，也就是必须通过吏部。如此兵马司的正指挥从吏部文臣中选，副指挥以下从兵部武将中挑选，二方掣肘的情况开始增多。
弘治时期，从三大营中挑选精锐士兵，成立了巡捕营，职责为捕贼。巡捕营与兵马司没有形成相互竞争关系，反倒是相互拆台，推脱责任。万历时期，强盗在光天化日之下于卢沟桥劫走官银，而卢沟桥属于兵马司与巡捕营的重合区域，二者都没有反应，结果任由强盗大摇大摆的跑了。
明代中后期，东厂与锦衣卫人数大增，厂卫的底层人员不是正式编制，没有工资。这些人为捞取银子，逐渐侵蚀兵马司权力，厂卫势力较大，五城兵马司职小权微，五城兵马司沦为为厂卫或个人牟利的走卒。
五城兵马司初设时，清廉为政，不取分文。但到后来日久弊生，兵马司越来越不管事，成为摆设，甚至同流合污，助纣为虐，不得人心。
泰昌元年9月初6。
在特勤师的配合下，新锦衣卫全体出动，不费吹灰之力轻松接管五城兵马司和巡捕营，五城兵马司和巡捕营的所有人员以封闭集训的名义被护送到卧佛寺集训营看押审查。
所有在五城兵马司和巡捕营挂职不干事的皇亲勋贵臣子，要么放弃职位，要么进入五城兵马司和巡捕营任职，接受整肃审查。经过重新考核整训后，安排职位。此举直接裁撤了绝大部分只挂职不干事的皇亲勋贵臣子的职位。
新锦衣卫接管五城兵马司和巡捕营后，立即在京城履行国防部、公安部、国安部、司法部、监察部、宣传部、文教部、民政部、卫生部、建设部的职责。
公安部成立打黑除恶专项工作组，掀起一场全民参与的打黑除恶严打运功，打击打砸烧抢、坑蒙拐骗、鱼肉百姓、草菅人命的违法犯罪活动，惩治地痞流氓、车匪路霸，惩治危害一方的涉黑涉恶的个人和组织，惩治保护伞，彻底整顿社会治安，还老百姓一个朗朗乾坤，维护社会公平正义。
公安部开展打黑除恶严打运功的同时，进行人口普查，全面普及户口登记制度，免费为每个家庭办理制作户口本，为家庭成员办理身份证，流动人口办理暂住证件。
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