到了嘉庆九年（公元1804年），清江浦发生了严重的淤塞问题，导致粮船无法正常通行，滞留在港口。这种情况引起了皇帝的高度关注，因为这意味着京城的粮食供应可能会受到影响。于是，皇帝下达诏书，要求汪志伊预先筹划应对方案。汪志伊随即请求从常平仓中碾出三千石谷物作为应急储备，并根据新漕运的减少情况，提出适量采购粮食的建议。他主张安徽等地由于一年可以收获两次，可以在七月份完成漕粮的缴纳，从而保证在九、十月份可以将粮食运送至通州。然而，这一建议并未得到皇帝的认可，皇帝认为一年两次征收实际上增加了农民负担，并且即便如此，来年的粮食供应仍然可能短缺，因此批评了汪志伊的想法。
面对江北地区淮河、扬州等地的水灾，以及徐州、海州等地的干旱，汪志伊亲自编撰了一本《荒政辑要》，并向下属官员颁布，指导他们如何有效地进行救灾和救济工作。同时，他还关注文化教育事业，在苏州设立正谊书院，鼓励士子们前来学习。
有一次，汪志伊上奏请求颁发御制诗文集到江南各地的书院，以示对文化的重视。然而，皇帝却拒绝了这个请求，并表达了自己对这一做法的看法。皇帝认为，他的治国理念就是最好的文章，不需要通过文字来炫耀自己的文学成就。这番言论反映了皇帝对于实际政绩的重视，而非仅仅停留在文字上的装饰。
四、工部尚书
嘉庆十一年（公元1806年），汪志伊的官职再次提升，他被擢升为工部尚书。不久之后，又被任命为湖广总督。在湖广总督任上，汪志伊面临的一大挑战是处理四川、楚地流窜至洞庭湖区域的残余匪徒问题。洞庭湖周边多个府州盗贼频发，治安状况堪忧。汪志伊采取了积极措施，选拔了一批有能力的官员进行侦查，并指挥各地分别进行抓捕行动，有效地遏制了盗贼的活动空间。
与此同时，汪志伊还关注到了滨江地区自乾隆末年以来由于大水淹没而导致的民田恢复问题。他亲自乘坐小船，沿江勘查，了解实际情况，并在第江口和福田寺建立了两个水闸，以便适时开启或关闭，以保障农业灌溉和防止洪水泛滥。
到了嘉庆十六年（公元1811年），汪志伊被调任为闽浙总督。在此之前，湖北应山县发生了一起谋杀案，被告的母亲因受到刑讯逼供而承认了罪行。此案被上诉至京城，皇帝命令汪志伊重新审理。在审理过程中，同 知 刘曜唐等人诱导供词，使得无辜的叶秀被认定为凶手，但由于缺乏证据，案件陷入僵局。巡抚同兴介入，要求重新审理，并向朝廷弹劾。当汪志伊进京面圣时，为刘曜唐等人辩护，甚至愿意代替他们承担处分。这一举动受到了皇帝的严厉批评，并最终被要求留任整改。
在闽浙总督任上，汪志伊成功捕杀了海盗黄治，并拒绝给予投降的海盗吴属以官职，坚持依法遣送其去戍边。这一决定反映了他对奖励犯罪行为的零容忍态度。
然而，汪志伊在处理一些案件时表现出的偏执和顽固也给他带来了麻烦。例如，在处理布政使李赓芸被指控贪婪索取的案件时，尽管负责此案的知县朱履中已经承认了自己的诬告，但汪志伊依然坚持质疑，最终导致了李赓芸自杀身亡，引发了社会舆论的强烈反响。
嘉庆二十二年（公元1817年），朝廷派遣侍郎熙昌和副都御史王引之前往调查此事，结果揭露了汪志伊在处理案件过程中的不当行为。皇帝下诏严厉批评了汪志伊，并剥夺了他的官职，且永远不得再被录用。次年，汪志伊去世。
汪志伊一生以廉洁自律着称，但在晚年因处理案件时表现出的偏执而遭致非议。尽管仁宗初期对他十分倚重，但随着时间的推移，人们对他的评价褒贬不一。据传，在安徽桐城，至今仍有汪氏子孙不愿为官的说法，或许与此有关。
