被捕后，冯云山和卢六被送到了桂平县，关进了监狱。而洪秀全和曾玉珍则被留在了大湟江司，面临着被勒索赎金的命运。冯云山被控告的罪名是“结盟聚会数千人，不从清朝法律”，按照清朝法律，这是谋反的大罪，一旦定罪，不仅本人可能面临极刑，家属也会受到牵连。
然而，冯云山在狱中并未放弃希望。他深知当时的清朝政府已经腐朽不堪，官员们大多只求个人安宁，不愿意处理可能会引发更大麻烦的案件。冯云山利用在狱中的时间，研究历法，并创造了一种新的历法——天历。这种历法以四季划分一年，采用立春为岁首，旨在简化计算，方便人民使用。
与此同时，冯云山在紫荆山的追随者们并没有放弃营救他们的领袖。尽管自身生活困难，但他们还是通过出售炭所得的钱筹集了一笔巨款，用来贿赂当地的官员。最终，这笔款项起到了作用，冯云山在1848年五月间被释放。署理桂平知县贾柱才以冯云山“并无为匪不法情事”的理由，将他作为无业游民处理，并派两名差役将他押解回广东花县。
在押解的路上，冯云山利用机会向两名差役讲述了拜上帝会的理念，他的真诚与信仰打动了他们。这两名差役不仅愿意释放冯云山，甚至放弃了原本的工作，决定跟随冯云山前往紫荆山，加入拜上帝会。
五、金田起义
金田起义是太平天国运动的起点，标志着一场大规模的农民起义正式拉开序幕。1850年，冯云山在经历了短暂的牢狱之灾后重返紫荆山，拜上帝会的力量迅速增长。到了1851年，洪秀全在武宣东乡正式宣布称天王，立幼主，封军师，标志着太平天国正式成立。在这次重大转折中，冯云山被授予前导副军师的职位。
太平天国的政权结构独特，采用了君主制与民主主义相结合的形式。洪秀全作为天王，象征着最高权威，但实际上的行政管理由军师负责。这种安排反映了太平天国试图在传统君主制框架内引入一定程度的民主机制。
在起义筹备阶段，洪秀全、冯云山以及其他核心成员都被赋予了神化的身份，以增强其在民众中的威望。冯云山被称为天父第三子，仅次于洪秀全这位自称的天父第二子。这种神化不仅提升了他们的个人权威，也为起义提供了宗教上的正当性。
冯云山在起义中的地位本应仅次于洪秀全，这一点可以从现存文献中得到证实。例如，在《天兄圣旨》中，冯云山的名字常常位列杨秀清和萧朝贵之前，这表明在起义初期，他的地位确实高于杨、萧二人。此外，根据太平天国将领李秀成在其自述中提到的内容，冯云山在起义的策划和实施过程中扮演了至关重要的角色，这进一步证明了他在起义初期的重要地位。
然而，随着起义的临近，权力斗争也在悄然上演。杨秀清和萧朝贵为了争夺起义的领导权，利用萧朝贵假托“天兄下凡”的机会，迫使洪秀全和冯云山暂时退居幕后，从而夺取了实质性的领导权。冯云山虽然名义上仍为副军师，但实际上的权力已经被杨、萧二人所控制。
六、起义首胜
太平天国起义初期，清朝政府迅速意识到这股新兴力量的威胁，立即调动精锐部队前往广西，意图将太平军封锁在紫荆山区内，以防其发展壮大。然而，冯云山在起义前的精心准备为太平军提供了坚实的组织基础。他依据《周礼》中的司马法制定了详细的军事组织架构，并在金田起义前完成了部队的编组。因此，在实际战斗中，太平军展现出了严密的组织纪律，达到了“进退分合有步伍”的效果。
冯云山不仅在组织上做得出色，在战术上也表现出色。他根据实际情况灵活运用古代兵法，采取了一系列有效的战术。据敌方描述，太平军的营地看似分散，但作战时却能迅速集结，形成强大的战斗力。每次作战时，太平军先是悄无声息，然后逐步派出小股兵力试探敌情，最后则是主力部队的大规模进攻。这种步步为营、稳扎稳打的策略，使太平军在战场上占据了主动权，并让对手感到措手不及。
1851年8月16日夜，太平军在冯云山的指挥下，成功突破了清军在桂平新墟设置的封锁线，从山区突围而出，进入了平原地带。这一胜利不仅打破了清军的封锁，也极大地鼓舞了太平军的士气。紧接着，在8月20日，太平军在平南县官村与清朝广西提督向荣率领的追兵交锋，并将其击溃。这一场战斗的胜利，使得太平军得以顺利进军永安州，并最终攻克了这座城池，这是太平天国起义后占领的第一个城市。
七、论功封王
在攻克永安州之后，太平天国迎来了重要的组织建设和军事扩张期。公元1851年，太平天国在永安州进行了封王仪式，冯云山被封为南王，这不仅是对他过去贡献的认可，也是对他未来责任的重托。在永安州期间，冯云山不仅被封为南王，还承担起了制定太平天国所有官制和礼制的重要职责。这一时期，太平天国向全国发布了讨伐清朝的檄文，这些文件的起草和审定工作，也都由冯云山主持完成。
在壬子年（即1852年）的正月初一，太平天国正式颁布了由冯云山创造的“天历”。这一历法以四季划分一年，并以立春为岁首，旨在简化计算，使之更贴近自然规律，方便民众使用。这是中国历史上首次实行类似阳历的日历系统，也是世界上较早使用四季历法的尝试之一。天历的颁布，不仅展现了太平天国试图革新传统习俗的决心，也反映了冯云山在文化创新方面的能力。
然而，冯云山的生命轨迹并未能延续太久。1852年四月，太平军从桂林北上，开始了新的征途。在这次北上的过程中，太平军遭遇了激烈的战斗。当太平军经过全州城时，冯云山不幸中弹受伤，最终因伤势过重而牺牲。
