以后兴奎屡立战功，为一时名将。
王昶、韩崶、张百龄、玛拉特·松筠和朱尔赓额等人都是阿桂从他们身为微员时提拔上来的，或得到阿桂的赏识力荐，“其后皆为卿相”。
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乾隆二十五年（1760年），阿桂认为“伊犁为西域适中之地，幅员广阔”，如果能“悉心筹计，从容布置”，则能取得成效”。
为实现驻兵守边的目标，他查得伊犁的海努克及固勒札等地“水土沃衍，且有河可引灌注”，判断如果在此地开垦屯田，就可以充实军粮。
阿桂所言，使乾隆帝作出了伊犁驻兵屯田的决策。
同年八月，乾隆帝下诏：“以阿桂总理伊犁事务，授为都统。”阿桂受命后，对伊犁驻防和屯田进行了周密的计划和安排。
在给乾隆帝的奏文中，他提出了七条建议：
第一，增派更多的维吾尔族农民到伊犁，大力推行“回屯”。
阿桂有个估计，即乾隆二十五年（1760年）的三百名维吾尔族农民屯田收获量，“可敷屯田回人一千户之食”，而目前在伊犁的维吾尔族农民数目太少，最低还应再迁移七百名去，才能使“回屯”有所发展。
第二，增派数量更多的士兵，从事驻防屯田，即兵屯。阿桂把驻军分成两部分，满洲军队负责驻守，绿营兵专事屯种。
根据当地自然条件和屯田发展前景的估计，阿桂建议将驻防的满洲兵再增加六百名，与此相适应的是将现有的绿营兵一百名增加到一千名，这就既能完成驻守任务，又能保证驻防兵的军粮供应。
第三，在发展屯田的基础上，逐步增加驻军的数目，提出“增派官兵请随时酌量定数”。
阿桂认为如屯田的维吾尔农民和绿营兵都各达到一千名，到乾隆二十七年（1762年），就可以生产出足够五、六千名士兵食用的粮食。
粮食足用，就可以相应增加驻军的数目，以加强对这一地区的控制。
第四，陆续修建城堡，保证屯田的顺利开展。
阿桂经过实地调查知道，伊犁地区的要害地点，“河北则固勒札，河南则海努克”，“而地土肥饶之处则察罕乌苏”。
因此他主张“应于海努克筑城，以回人三百名屯田，用兵数百名驻防……察罕乌苏筑城，以绿营兵一千名屯田并驻防……固勒札须筑大城，凡驻防大臣公署、仓库咸在，以为总汇”。
第五，筹集马匹和骆驼，设置沿途台站，以传递文书，运输物资。
阿桂认为，伊犁现有的六百匹马不敷使用，应再购买一千余匹，再从乌鲁木齐调五百匹骆驼，这样便可设置多处台站，保证信息的传递和物资的运送。
第六，调运沿边粮食到伊犁，解决当前军队缺粮的困难。
第七，从流放到新疆的犯人中，简派能工巧匠赴伊犁，传授内地先进的生产技术。
阿桂在新疆的实践活动在伊犁屯田的成功，无论在经济上政治上都具有重大意义，它对于开发边疆地区的经济，密切西北与内地的经济联系，巩固中国多民族的统一的国家，无疑是一个很大的促进。
而阿桂以他的远大目光和气魄，作出了具有开创性的贡献。
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从乾隆四十二年（1777年）至乾隆五十四年（1789年），阿桂长年在外，奔赴各省办理河工和水利事务，主要经历如下：
乾隆四十四年（1779年）治理河南仪封、兰阳等地的黄河决口；
乾隆四十六年（1781年），在浙江勘察海塘工程，筑鱼鳞石塘、柴塘和范公塘，并往清江查勘陶庄河道及高堰石工；
乾隆四十六年（1781年）至乾隆四十八年（1783年），治理河南青龙冈的黄河决口，使用下流疏引河，上游筑大堤，宣泄与堵截相结合的方法，颇有成效；
乾隆四十八年（1783年），督造河南睢州堤工；
乾隆五十年（1785年），再赴河南，提出“引黄济运”的方法，使漕运正常进行；
乾隆五十一年（1786年）至乾隆五十三年（1788年），赴河南、浙江多地督修河坝；
乾隆五十三年（1788年），赴荆州，承办长江河工，主张采用先筑坝，再挖引河的方法治理。
阿桂在多次治水的过程中，根据当地实际情况，尽职堵塞决口，修筑堤坝，减少了水患灾害带来的损失，促进了农业生产的恢复和发展。
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阿桂经常参与国家重大政务的决策，勤慎善断，处理问题细致周到。
乾隆四十六年（1781年），乾隆帝见国家库存甚丰，就颁旨将康熙，雍正时沿续下来的各行省提镇空名坐粮归入养廉，另行挑补虚额。
这样就需增兵六万名，每年也需增军饷三百万两。
阿桂上疏劝阻说：“国家经费骤增，不认为变多，每年支出将难以为继。这一项新增的饷银，每年多达近三百万，二十余年下来就需要七千万。臣请求除去边省外，无需一概增加。”
阿桂所言颇具眼光，但乾隆自恃库藏充溢，不以为然，决计行之。
以后的事实表明这种挑补虚额的做法，不仅没有制止武官吃空饷，而且由于每年多支出军费三百万，时间一长，就便清朝财政背上了沉重的包袱。
进入嘉庆时期以后，清朝财政日益拮据，人们这才认识到阿桂当年的建议是很有远见的。
嘉庆十九年（1814年），吏部尚书索绰络·英和在奏疏中说：“即如裁撤武官名粮，添给养廉一事，系乾隆四十六年奏准……臣闻其时，阿桂即有恐数十年后经费不支之奏。可见老臣谋国诸事，务期久远”。
