七月初八，杜伏威到达长安。
实力决定地位，贡献决定礼遇。面对这个扫荡江东、主动归附的割据首领，李渊大为高兴，让他升坐御塌亲切接见，任命他为太子太保、兼行台尚书令，官位超越了齐王李元吉。
【03】 剿灭萧铣
武德二年（619年）八月，占据江陵（湖北荆州市荆州区故江陵城）自称梁帝的萧铣，派宋王杨道生进犯大唐峡州（治夷陵县，今湖北宜昌西北），被峡州刺史许绍所败。又派大将陈普环率水师乘舟进入三峡，意图夺取巴、蜀。
许绍让儿子许智仁、参军李弘节在西陵（湖北宜昌西北）迎战，大败梁军，生擒陈普环。
两次受挫、见识到唐军厉害的萧铣消停下来，派兵戍守安蜀（湖北宜昌西北西陵峡口南岸）、荆门（湖北宜都市西北长江边），转入防御。
当初，李渊让李靖到夔州（治重庆奉节）谋划夺取萧铣的策略，李靖抵达峡州被萧铣军队所阻，久无进展。本就与李靖有旧怨的李渊以此为由，密令许绍斩了李靖。许绍怜惜李靖才能，上奏为李靖说情，这才得以幸免。
萧铣为人气量狭窄，猜忌心重，管治能力一般。眼见那些开国大将个个恃功自傲、擅杀妄为，心存不满又毫无办法的他竟然宣称罢兵务农，以此剥夺众将兵权。
梁国二号人物、大司马董景珍的弟弟在军中为将，对这项政策深感不满，意图作乱，因事情泄露被杀。董景珍正镇守长沙，萧铣下诏赦免他连坐之罪，让他返回江陵（湖南荆州）。董景珍恐惧之下，献出长沙归顺了大唐。
武德三年（620年）十二月，萧铣派齐王张绣攻打长沙。董景珍对张绣说：“飞鸟尽、良弓藏的典故难道你不知道，为什么还来打我。”张绣置之不理，挥军包围长沙。董景珍正欲突围逃走，被麾下所杀。
萧铣任命张绣为尚书令，不过几天又被萧铣所杀。自此，功臣大将都起了背离念头，兵势日渐衰微，在与大唐的较量中屡处下风。
武德四年（621年）正月，李靖拿着起草好的“夺取萧铣十大策略”，去找夔州（治重庆奉节）总管、赵郡王李孝恭，请他代为奏报。李孝恭看后深表赞同，立即转奏朝廷。
二月初三，李渊让李孝恭制造舟舰，熟悉水战，进讨萧铣。因李孝恭之前没打过仗，特地委派李靖为行军总管，辅佐李孝恭。
李靖劝说李孝恭征召巴、蜀酋长子弟，根据他们才能授予职务，并安置身旁。对外以示恩德，实则当作人质，用以确保后方稳定。
九月份，诏令兵分四路合围江陵，会攻萧铣，其中：
李孝恭为荆湘道行军总管，李靖为行军长史，节制十二总管，率巴、蜀军队从夔州（重庆奉节）顺江东下。
庐江王李瑗为荆郢道行军元帅，出襄州（湖北襄阳市襄州区）向南进攻。
黔州（重庆彭水）刺史田世康经辰州道（湖南怀化），向北进击。
黄州（湖北黄冈）总管周法明自夏口道（武汉汉阳）向西发展。
当月，长江水涨，风高浪急。众将请示李孝恭待水面下降再行进发，李靖说：“兵贵神速！如今萧铣还不知道我军集结，我们乘着水涨发兵，突然抵达江陵，定可将其擒获。”李孝恭采纳了李靖意见，兵发夔州（重庆奉节）。
十月初三，唐军两千余艘战舰沿长江浩荡东下。萧铣君臣认为江水大涨，沿途竟毫无设防。唐军顺利攻陷荆门、宜都（现均位于湖北宜昌宜都），进至夷陵（湖北宜昌东南，长江北岸）。
萧铣大将文士弘率数万精兵屯驻于此，李孝恭挥师猛攻，两战皆胜，缴获战舰三百余艘，梁军溺亡、被杀万余人。
萧铣江州（江西九江）总管盖彦举被唐军声威所慑，以所辖五州来降。
萧铣罢兵务家后江陵城仅有数千士卒，听闻唐军到来，文士弘又大败，慌忙调兵来援。但这些军队都远在岭外，加之道路险阻，仓促间难以聚集，只得动员城内全部兵力出战。
李孝恭准备进攻，李靖说：“这些都是临时拼凑的军队，缺乏相应准备，定然无法长久。不如暂且停泊南岸稍缓一天，他们必会分兵布防，待其兵力分散再行攻击，一定可以轻松取胜。如果急于进攻，他们拼力死战，恐怕对我不利。”
李孝恭没有采纳，留下李靖照看大营，亲率精锐出击，果被梁军所败，退回南岸。梁军士卒争抢唐军物资，人人负重、乱作一团。
留守的李靖见此情形发兵猛攻，梁军大败。李靖乘胜直逼江陵，攻破外城，又攻陷水城，缴获大量舟舰。
李靖劝李孝恭将这些舟舰散布在江水中，众将都说：“这是我们缴获的战利品，应当好好利用，为何平白扔给敌方？”
李靖答：“萧铣领土广阔，南抵岭南，东至洞庭。我孤军深入，如果江陵打不下来，援军又云集而至，我则面临内外受敌的局面。到那时，即便拥有这些舟舰，又能派上什么用场！我们现在把这些船散布江面，让它们顺江而下，前来支援的敌军看到，必会认为江陵已被攻克，不敢贸然前来。等他们查明情况，至少也要一个月左右，江陵早就被我夺占了。”
果然，赶来救援的梁军看到江面上横七竖八的战船迟疑不进。
唐军围攻江陵，内外阻绝的萧铣找来中书侍郎岑文本商议，岑文本劝他投降。萧铣无奈的对群臣说：“天不佑我梁国，不能再抵抗下去了。如果非要玉石俱焚，就会使百姓罹难，不能因我一人而陷百姓于涂炭！”
十月二十一日，萧铣祭告太庙，下令出降。率群臣着素服到达唐军营寨，说道：“该死的只有我萧铣一人，百姓无罪，希望不要侵犯。”
唐军开入城中，李孝恭在岑文本和李靖的劝说下严格约束部伍，做到了秋毫无犯。南方州县望风请降，萧铣的交州刺史丘和、长史高士廉、司马杜之松，在救援途中听闻萧铣兵败，降于大唐。
数天之内，十余万援军相继放下武器降唐。
萧铣被押往长安问斩。
对于割据势力首领，李渊态度素来明确。凡主动前来归附的，比如李密、郭子和、杜伏威，只要听话，那就高官厚禄豢养起来。如若力战被俘，不管你是明君还是庸主，一律处死！
十一月，朝廷任命李靖为岭南抚慰大使，检校桂州总管。
李靖率军翻越五岭，遣使分路招抚岭南各州，所到之处纷纷归附，接连收复九十六州，获得人口六十余万。
【04】辅公祏反唐
就在南方大体平定、海内即将一统之际，武德六年（623年）七月初九，杜伏威的盟兄弟、淮南道行台仆射辅公祏反了！
辅公祏与杜伏威这些年来生死与共，关系非常亲近。因辅公祏年长，杜伏威一直拿他当哥哥看待，军中也尊称辅公祏为伯父，威信与杜伏威相近。
所谓一山难容二虎，时间一长杜伏威就有了戒心。安排阚陵、王雄诞两个义子分别担任左、右将军，削弱辅公祏兵权。辅公祏察觉后闷闷不乐，跟着故交左游仙学起了修道、避谷，以示避让。
杜伏威入朝时，留下辅公祏驻守丹扬（治江宁，今江苏南京），让王雄诞做他副手，并暗中交代王雄诞说：“我到长安，你一定要留心辅公祏，防止他横生变故。”
杜伏威一走，左游仙力劝辅公祏造反。因兵权由王雄诞掌握，辅公祏不敢擅动。诈称接到杜伏威亲笔信，怀疑王雄诞有贰心。
王雄诞虽勇武过人但心机单纯，竟然信以为真，赌气称病不再管理军中事务。辅公祏趁机将兵权握于己手，让西门君仪将谋乱一事告之王雄诞。
王雄诞这才醒悟，对西门君仪说：“如今天下初定，吴王（杜伏威）又在长安，大唐兵威所向无敌，为何要自取灭族！我无非一死，绝不从命。你跟着造反，不过多活几天。大丈夫怎能因爱惜性命，将自己陷于不义之中！”
辅公祏知道无法让他屈服，派人勒死了他。
王雄诞善于安抚士卒，士卒甘愿替他效死。又治军严整，每次破城秋毫无犯。他的死讯传出，江南军民为之流泪叹惜。
辅公祏对外谎称杜伏威受到大唐拘禁，无法返回江南，来信令他起兵。随即在丹扬称帝，国号宋，让左游仙当了兵部尚书、东南道大使、越州总管，与啸聚洪州（江西南昌）的张善安相互勾连。
七月二十二日，诏令襄州道行台仆射、赵郡王李孝恭率水师进军江州（江西九江）；岭南道大使李靖率交、广、泉、桂四州兵力赶赴宣州（安徽宣城市宣州区），进剿辅公祏。
同时，诏令怀州（河南沁阳）总管黄君汉前往谯（安徽亳州蒙城县）、亳（安徽亳州）；齐州（山东济南）总管李世积出兵淮、泗（江苏徐州、宿迁一带），分别从西、北两个战役方向策应主力行动。
李孝恭集结众将，令人取水代酒起誓。不知为何，杯中水竟然成了红色，众将大惊，李孝恭却举止自若的说：“这不过是辅公祏即将授首的征兆。”说完一饮而尽，众人心悦诚服。
九月十四日，辅公祏将领徐绍宗、陈政通分犯海州（江苏连云港）、寿阳（安徽淮南市寿县）。
十一月，黄州（治南安县，今湖北武汉新州区）总管周法明率军进攻辅公祏，在夏口（汉水入长江处）遭张善安阻拒。初十，周法明在战舰上饮酒，被张善安派刺客所杀。
十二月初二，安抚使李大亮设计擒获了张善安，押送长安问斩。
武德七年（624年）正月十一日，李孝恭进至枞阳（安徽铜陵市枞阳县），击败了辅公祏。
二月，辅公祏围攻猷州（安徽宣城泾县），刺史左难当据城固守。安抚使李大亮率军击败辅公祏，李孝恭夺占鹊头镇（安徽铜陵北）。
三月十六日，李孝恭进至芜湖（安徽地级市），攻陷梁山等三镇。安抚使任瓌攻克扬子城（江苏扬州邗江县），广陵（江苏扬州西北）守将龙龛献城出降。
唐军对丹扬形成了围夹之势。
三月二十八日，李孝恭攻陷丹扬。
当初，辅公祏派将领冯慧亮、陈当世率三万水师屯驻博望山（安徽马鞍山当涂县西南）；陈正通、徐绍宗率三万步骑兵屯驻青林山（安徽马鞍山当涂县东南）。又在梁山上连接铁锁截断江面，沿江修筑了十余里的月城、堡垒，用以阻挡唐军。
李孝恭和李靖带领水师进至舒州（安徽安庆潜山县）；北路军李世积渡过淮水，攻陷寿阳（安徽淮南寿县），屯驻峡石山（安徽寿县西北）。
冯慧亮等依托地利坚守不出，李孝恭召集众将商议，大家都说：“冯慧亮坐拥强兵，且占据水陆险要，强攻不易。不如直捣其丹扬老巢，丹扬一旦被克，冯慧亮等自然投降。”
李孝恭正要答应，李靖却说：“辅公祏精兵虽然云集在这里，但他自己亲自率领的也有不少。如今我们连博望山周围寨堡都无法攻克，丹扬城坚墙厚，哪是可以轻易攻下的。届时，前有坚城阻挡，后有冯慧亮包抄，我们腹背受敌，这是十分危险的！冯慧亮、陈正通都是百战之将，并非不欲出战，只是因为有辅公祏的交代不敢妄动，想要疲惫我军罢了。我们前往进攻引诱，必可一举击破！”
李孝基对于李靖的话一直深信不疑，立即排除众议，让老弱士卒进攻敌营，留下精兵严阵以待。
前往攻寨的老弱士卒稍一接阵立即后撤，敌军一拥而出，向前追击了数里，被提前设伏的唐军精锐打得大败。
李孝恭、李靖乘胜追杀，转战百余里，博望山、青林山接连落入唐军之手。冯慧亮、陈正通等逃回丹扬，士卒被杀伤、溺亡万余人。
李靖先行抵近丹扬，辅公祏惊惧之下扔掉数万守军弃城东走，想与驻守会稽的左游仙会合。李世积领军追逐，辅公祏逃至句容（江苏镇江句容），身边跟随的不过五百人。
当晚，一行人留宿常州，将领吴骚想擒获辅公祏献给大唐。辅公祏发觉后抛弃妻子，带数十心腹斩开城门逃走。在武康（浙江湖州德清县）遭到流民攻击，西门君仪战死，辅公祏被擒，送往丹扬斩首。
江南之地全部平定！
三月二十九日，诏令李孝恭为东南道行台右仆射，李靖为兵部尚书。
李渊这回彻底打消了对李靖的不满，赞赏着说：“李靖，你可真是萧铣、辅公祏的克星！”
把两个能力强的人放在一起，有时未必是好事，容易互不服气！而李孝恭和李靖却很好解决了这一问题，他们一个言听计从、一个韬略百出，配合的天衣无缝，这才得以屡破强敌、廓清南方！
