跟国内所有的青春片一样，《同桌的你》也出现了怀孕打胎的情节。周小栀怀孕了，她去找到林一商量的时候，林一手足无措，反而问她该怎么办，这让她格外难受。
做完人流手术后，周小栀在寝室大出血，被送进了医院。林一到医院看周小栀，被她父亲赶了出来。周小栀本来就对林一有点失望，住院期间林一竟然不来探望之间，她就更加失望了。身体康复后，她正式向林一提出了分手，将给林一的13分钟收回。
时间很快来到了2003年，非典型肺炎来了，林一因为发烧被送到隔离室里。周小栀看到隔离楼有人因为感染非典被救护车拉走，担心林一也被感染，晚上她叫上林一室友，搭上梯子爬到二楼要带林一走。林一根本不听她的，反而让她赶紧走。
周小栀见林一不理自己，准备回床上睡觉，焦急万分。她深吸一口气，举起手电筒，勐然砸在窗户上，将玻璃砸得粉碎。
林一快步冲到周小栀面前，生死咆孝道：“你疯了吗？你！”他手忙脚乱的撒开一个医用口罩，飞快地给周小栀戴上：“我都和你说了，这楼里面有病毒！如果我被传染怎么办？”
周小栀态度非常坚决：“我不管！要病就一起病！”
林一暴跳如雷，大声吼道：“你马上给我回去！马上！”他又冲陪周小栀一起来的室友吼道：“李潇，把她给我带回去！”
周小栀没有丝毫畏惧：“要是你不出来，那我就进去！”
林一简直快疯了：“你怎么这么倔啊！”
周小栀目光突然变得温柔起来：“你不是说，要带我去一个只有我们两个人的地方吗？”她的眼眶噙满泪水，哽咽着道：“要是你有什么三长两短，谁陪我去啊！”
林一怔怔看着周小栀，感觉鼻子发酸，眼睛不由自主地红了。
眼泪从周小栀的眼泪里滚落出来：“哥哥，我把13分钟还给你！”说到这里，她将右手伸向林一：“跟我走吧！”
林一瞬间泪崩，快步上前，紧紧握住了周小栀的手。
几乎所有观众都被周小栀的勇敢和执着打动，也被他们真挚的情感打动。虽然林一和周小栀因为误会和矛盾分手，但他们心里始终挂念和关心着对方。很多观众都红了眼眶，甚至泪流满面，一些女观众更是控制不住情绪，呜呜哭了起来。
陈佳怡也看得泪流满面，不住掏纸巾擦眼泪。非典的时候，她正在读大学，当时北平的大学全部封校。她男朋友在另外一所大学，为了跟她见面，男朋友每天都从学校翻墙出来，跑到他们学校外面跟她相会。那时候她以为会跟男朋友好一辈子，可后来还是分手了。
逃出隔离楼后果严重，有可能造成非典在学校大规模传遍，林一他们被学校严肃处理，背上了留校察看处分。在学校公开处理他们的时候，他们的手紧紧牵在了一起。林一问周小栀，我能不能把13分钟要回来。周小栀笑着说，我给你14分钟。
毕业季来了，周小栀开始为考斯坦福准备。林一考不上斯坦福，他不愿意跟周小栀分开，决定去美国公司应聘，这样他就可以去美国陪周小栀。他全力以赴，不断到美国公司面试，并最终拿到了职位。
毕业散伙宴过后，林一的画外音再次响起：“2003年7月11日，礼拜五，我理所应当的和周小栀踏上了这片陌生而满怀想象的土地。”
与此同时，银幕上出现林一和周小栀在美国的画面，手挽手在时代广场逛街的画面，在大桥上骑自行车的画面，在中央公园野炊的画面，最后甚至出现了林一和周小栀结婚的画面。
林一略显感伤地道：“记忆总是喜欢添油加醋，它会朝着你期待的方向修改。当你欣喜若狂之时，偶尔的马脚会将你突然惊醒。这时你才会真正体会到，记忆并不等于真相。”
现场观众中很多是学生，平常看的电影不是很多，没有看懂这一幕。他们小声议论起来：“这是怎么回事啊，林一和小栀一起到美国了，而且都结婚了，他们怎么会分手啊，小栀又怎么会嫁给其他人啊？”
“是啊，小栀后来回国了吗，他们为什么分手啊？”
“小栀穿婚纱的样子好漂亮，林一也好帅啊，他们真的很般配啊！”
“……”
陈佳怡看到这里，心里感慨万千。这一段明显是在模彷《阳光灿烂的日子》，这些内容都是林一想象的。林一说“记忆会朝着你期待的方向修改”，而电影中出现了他跟周小栀结婚的画面，说明他从来没有忘记周小栀，一直幻想着她结婚。
