特别是在各省军权收归国防部、各省议局建立之后，朝廷以地方议会制衡地方政权，以中央统辖破除地方拥兵自重危险之后，中枢与地方关系开始逐步逆转，朝廷开始掌握了改革的主导权。
维新四年五月初五，以直隶地方政权改革为标志，揭开了各省的相应政治架构改良过程。
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直隶总督之名依然不变，但仅为本省民政最高长官，不负军事责任；原有布政使、按察使改为本省民政次官，辅佐
辖民政各事，此三人称为xx省行政主官，为一正两官以下，废除各道，专设各厅，包括行政厅、内政厅、司法厅、财政厅、教育厅、民政厅、农林厅、工商厅等各厅，统揽本身某一部门管理权利，与中央各部对接。当然，外交、国防大权为中央统揽，地方无外交、国防两厅，国防事宜全由各大军区分配指挥，民政无权干预，反过来，民政如何着手进行，国防亦不得插手。军民分治，相互独立。
在军民分治之时，行政与立法、司法亦渐行分开，各省设高级法院，掌握本省司法审判大权；设高级检察院，掌握本省检察大权，司法如何行事，行政当局不得干预，司法所需经费，由本省议局预备立宪完成后由省议会议定，亦不容更改；在人事任免上，司法各官任命权利由上级机关与本级议会共同掌握行使，行政当局亦不可干预。
行政与司法地截然分开，实为中国3000年政治实践之破天荒第一次，虽然起落频繁、风波不停，但这个权力格局大体亦坚持了下来，行政当局背后有司法、立法两大权力监督，再也不能恣意妄为。
各省地方政权坚持省－府－县三级管理体系，一省辖有若干府，一府辖有若干县，当为照顾现实，同时也为方便管理起见，在特别重要之地依然设立州一级，称之为省直辖州，小省不超过2，大省不超过4个，州行政长官品秩低于府、高于县。
省厅以下，各府、各州、各县地行政长官称之为知府、知州、知县，掌握本地区民政事宜，另设次官两名，协助长官掌握行政，统称地方行政主官，主官以下仿省厅样式设立各局，上与各厅对接，基层各局衔接。至此，从上往下都理顺了管理体制，不复架屋迭床之累赘感。
按照最新的官员品秩，各省总督作为本省最高行政长官，与中央各部侍郎同衔，俱为从一品；布政使等作为本省行政次官，为从二品；各厅厅长为正三品，各厅副厅长为从三品；各府知府为正四品，省厅各处处长为从四品；各州知州为正五品，各府局局长为从五品；省厅处下各办主任为正六品，各州局局长为从六品；各县知县为正七品，府局各科科长为从七品；各县局局长为正八品，州局各科科长为从八品；县局各科科长为正九品，副科长则为从九品……从九品以外俱为普通官吏。但官与吏之间并未有泾渭分明的界限，通过文官考试地年轻人除个别直接授予官职外，其余均需从普通职吏开始做起，逐步升迁。
地方机构改革的好处主要有二，其一是扁平化管理，通过分设各厅局，原先集中于行政主官的权力被分散到各厅局主官身上，虽然主官要听命于地方行政长官之命，但行政长官不必一人扮演教育局长、警察局长、财政局长之多重角色，有利于发挥领导力，开展地方全局工作；其二是透明化管理，原先各处地方，官员极少，但官员的幕僚极多，帮助官员处理事务，按照法律，幕僚是官员的私人亲随，不能从官府获得俸禄，只能从官员处获得报酬，但幕僚人数多而庞大，光为支付他们地薪酬就要耗尽官员本人的全部薪水，是故为了体面生活，不得不在公费银子上下功夫，改革之后，所有幕僚授予国家官吏身份，按职、按能力录用，其俸禄亦有了官方保障，避免再伸手公帑，也大大减轻了行政主官地负担。当然，幕僚要想担任官职，非得能通过任职考试不可，个别担任厅局负责人的还需要本级议会审议批准。
是故，虽然在地方行政改革之后大大增加了官吏人员，但真正办事的人员其实增加不多，原本隐形的、私人的人员转换为国家公务员，理顺了关系，解决了一直困恼多年的官场顽疾。
，按诏令，任何地方完成改制之后，其官员的俸禄分级俸与职俸两部分，其数字为官员的原有官俸加上养廉银之后的1.5倍以上，+至能多达3，几乎所有的地方都急不可待地愿意完成机构调整与改革……第三次机遇 第三卷 第九十七章 深入调整
