如大量遗留在民间甚至还在流通的铜钱和宝钞该如何处理，在银贵钱贱时，会不会变成对老百姓的进一步剥削，在大量囤积白银和黄金等硬通货后，会不会造成市场流通的货币减少，以至于形成对经济发展的阻碍。
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在小农经济时代，这些可以不在乎，因为无论是国家还是普通百姓家庭几乎都是自给自足，一年三百六十日里也许根本就没多少商品经济活动，货币稳定也好还是不稳定也好，对他们并无影响，实在不行大不了就以物易物。
但朱由校现在要打破这种稳定的小农经济模式，就必须整顿金融秩序，也就必须让选择一种可以代替金银的一般等价物，让国家通过这种货币来控制金银的储蓄量从而达到对全国经济的控制
朱由校打算是直接发行纸币，但他的主意一提出就遭到了户部尚书郭允厚的激烈反对，郭允厚在听了朱由校的话后也不是完全理解朱由校的观念，而是想当然的觉得陛下这是在变相的要发行宝钞，从而达到敛财的目的
发行宝钞从来都被认为是害民之举，管理户部的郭允厚更是深知这一点，而李明睿和王承恩也委婉的表达了反对的意思，在他们看来，哪怕是派宦官去各地收税也比发行什么纸币宝钞好，毕竟前者是损商人之利益，但后者却是损百姓之根本。
朱由校理解他们的看法，也知道滥发宝钞已经使得民众对纸币的信用度降到了极低，他也不敢直接就冒天险之大不帏直接就发行纸币，但他觉得自己可以采取折中的办法，想发行能代替铜钱和宝钞的银元，并且逐步让银元作为大明的主要法定货币。
既然朱由校选择了妥协，郭允厚等也不好再反对，也选择了让步，同意配合朱由校实施货币改革。
有内阁和户部支持，这事也就毫无阻碍了，六科郎官和都察院的御史们现在已经无法对朱由校形成威胁，被杀的数十颗东林党的人头至今还深深烙印在群臣脑海中，谁要是真的脑子犯抽，在这个时候来反对朱由校，以博取名声，那朱由校也不介意对其进行肉体和精神上的折磨
按照朱由校的旨意，此事由户部和皇家工程院共同承办，先由户部根据全国流通银两的量进行一个大致的估算，然后确定要赶制多少银元，并通过市场调研来确定银元面额分类和与金银、宝钞、铜钱等的兑换比例。
这个过程并不简单，好在朱由校通过系统提供的资料学习后也算是半个金融学家，再加上胡寿春等有实际经验的大明金融人才的帮助下，这些问题倒也解决。
而皇家工程院则要确定银元中白银与其他金属的比例，在银元中掺杂其他金属一是利用银元实际价值与白银的差额来赚钱，二是通过这种方法来防止别人进行造假。
在此之前，民间私人铸钱是屡禁不止，朱由校现在要通过制造难以仿造的银元来杜绝这种破坏金融秩序的行为。
最终，宋应星确定了银锡铜各类元素所占银元的金属比例，其中每一银元中含纯银六钱五分一厘，含银量高达百分之九十以上，基本上与纯银的差额不大，这样也较易被市场所接受。
当然，具体配方和制造方法在被宋应星确定后就成为了绝密，朱由校甚至直接下严令，若有丝毫泄露，负责制造银元的工匠一经查实会被全部处死，包括宋应星。
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