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千年兽的事情暂告一段落，陆峰开始考虑要不要把基地的重心转到钢铁之岛来，因为很明显，数码世界Belldandy层就要遭遇一次人类与数码兽的大规模冲突，而且今后还会被基路比兽和六翅兽拆一遍，实在太危险了。<Urd层或许更加安全。但权衡再三后，陆峰放弃了这个想法。他的朋友、声名、地位都在Belldandy层，这就已经决定了他的主要jīng力将放在这里。而Urd层只能是作为狡兔三窟的后备。
和上次一样，Urd层的异变并没有引起人类世界的注意。rì本zhèng fǔ的两派则在激烈斗争当中。解散DATS后，羽柴长官已经任命仓田明宏负责数码兽相关事件的负责人。尽管萨摩廉太郎想机密省申诉，据理力争，也无济于事。因为他们本来就是个民间科学家组织，还是个不太听话的组织。而对于机密省来说，像jǐng察一样收拾残局哪里比得上入侵新世界来得功劳大，有所偏向xìng，理所当然。
而藤枝淑乃的回归带来了人类在屠杀数码兽的消息，大门大他们这才明白为什么墨丘利兽那些数码兽会对人类的态度那么恶劣，对墨丘利兽带走比丘兽的怨恨减轻了许多。
但是紧随着藤枝淑乃的就是神志不清正在茫然找寻大门知香的亚古拉兽，把大门大打蒙了，也是这一次引出了亚古兽S进化为完全体的契机。
在此之后，数码特搜队的队员们意见发生了分歧，萨摩廉太郎、大门大都对人类屠杀数码兽表示了质疑，而藤枝淑乃则坚信。
“这其中会不会有什么误会？也不然我们两边都求证一下。”白川惠的提议缓和了气氛。托马也认为这是个不错的主意。
“我去暗中调查那个羽柴！”藤枝淑乃首先道。
“那我就去问一问那个墨丘利兽！”大门大捏了捏拳头。
“那么就由大、托马前往数码世界向墨丘利兽求证；淑乃和小惠、美树去向机密省询问！”萨摩廉太郎做出了最后决定。
“是！”众人一听就要各自开始行动。
“等等！”萨摩廉太郎叫住了藤枝淑乃：“注意方式方法……还有，要小心！”
“嗯~！”得到队长的特别关照，藤枝淑乃干劲更足了。
而咋听到DATS解散的武之内素娜这时也回到了DATS基地，然后被藤枝淑乃拉进了队伍。
而当所有人都离开基地后，萨摩廉太郎才露出了忧虑的表情。掏出口袋里的电话，拨出一个号码：“是汤岛吗……”
成功避过世界树的耳目逃回人类世界的管狐兽扭头道：“这次的事件恐怕很难善了，如果托马他们在数码世界的行动不顺，就让他们去钢铁苍穹吧。”
萨摩廉太郎疑惑道：“钢铁苍穹？”尽管他和管狐兽是搭档，但却并没有得到多少数码世界的的内幕消息。
“啊，如果报上那个名字的话，或许会有帮助。”
第二天，做好了充分准备的大门大和托马踏入传送器进入了数码世界Belldandy层，而藤枝淑乃四女也站到了zhèng fǔ大楼下……
和动画一样，托马和大门大直接出现在距离无限冰壁不远的森林中，然后晚一步到达的食物、信标装置、通讯工具、计时工具全都被野口郁人一击成灰。
“野口郁人？自称‘数码兽’的人类小孩，有意思！”对大门大这个主角的行踪，陆峰可谓是十分关切，因为这关系到剧情的走向，谁让陆峰没看过第五部呢。
而野口郁人与大门大、托马的战斗让陆峰产生了一个想法……
“分子兽，做得很不错！”陆峰对大屏幕下cāo作的部下赞赏道。也许是因为对那只变异太阳兽的忌妒，也许是没能被选上进入人类世界独当一面，留在钢铁之岛的一只齿轮兽“知耻而后勇”地进化成了分子兽！于是，被带到了钢铁苍穹上担任重建工作的总负责人。
