两条船缓缓的接近着，林升脸上露出了胜利在望的笑容，但他却光想着自己可以实施斩首战术，而在清军眼中同样那个“贼”那个“... --
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”那个“王”的自己也是别人的斩首目标。结果一发炮弹从边上的清军舟船上射过来，一下子打断了林升面前的桅杆，桅杆落地，正巧砸在林升的腿上，林升惨叫一声晕死了过去。
见到林升负伤晕厥，郑军战船便顾不得唾手可及的施琅了，匆匆忙忙的向己方遁去，施琅由此逃过一劫，但更对郑军不利的是，由于林升的帅旗随着桅杆一起消失，右翼的郑军一时失去指挥，等到陈谅反应过来接过指挥权的时候，绝大部分的清军得以突破郑军的阻拦防线向西逃到了西屿洋面重整旗鼓。
当然郑军也不是没有收获，一阵厮杀之后这至少留下了清军不下二十条战船八百余人，其中蓝理所部各船一条也没有逃出去，蓝理本人也被一刀劈伤，腹破肠流之后力屈被擒，而郑军只付出了七条船，三百人左右的伤亡。
“林兄，不必气馁，”在娘妈宫的港口中，刘国轩和一众将领探望着负伤的林升。“好好修养，余等一定为你报仇，将那施琅逆贼斩杀于澎湖洋上。”林升默然的点点头，说起来出现这样的情况也是他自己的冲动，否则今天这一役就让清军吃不消了。“来人，”看到林升闭上眼睛，刘国轩命令着。“送林大人回东宁修养”
送走了林升，刘国轩马上召开军事会议重新安排水师指挥权：“如今林大人受伤返回东宁修养，那接下来就由水师右提督江胜江大人领本队战船五十艘，陈谅、陈启明两总兵分置左右翼各领战船四十只，此外再由楼船镇总兵邱辉邱大人为本队前锋，领战船二十只，本官将亲领后队二十只大船为诸位大人督阵。”
众将一一领命，这时刘国轩说道：“施琅而今移师西屿洋面，甚为不智，西屿头有本藩陆师炮台，其正好为本藩水陆两师夹击，明日决战当一鼓而定”
可是刘国轩料错了，因为傅为霖的通风报信，清军方面对郑军在澎湖的不知一清二楚，因此第二天清晨，当刘国轩准备出动全军出动跟施琅所部清军决一死战的时候，却得到了清军不知去向的消息，刘国轩无奈的收兵回营，并派出十余只快哨船四下打探。
清军由于船只众多，所以很快就暴露了位置，刘国轩闻讯便率郑军水师主力南下，进驻虎井屿、桶盘屿与清军在八罩屿的水营隔海对峙。由于先前的胜利，刘国轩错误的认为清军不堪一击，于是不待己方营盘扎稳便全力向八罩屿进攻。
此时清军以逸待劳，发挥船多的优势，林贤和朱天贵等部与施琅通力合作，自辰至午奋战不止，纵然是刘国轩亲冒矢石也未能打开局面，最终刘国轩力战不胜带着轻伤和十五条船的损失退回了虎井屿、桶盘屿。
当天夜里，施琅实施夜袭，用火攻船直袭郑军水营，刘国轩猝不及防，虽几经搏杀，当最终未能守住两岛，天明之后刘国轩被迫撤回娘妈宫，此时郑军大中型战船已经不到一百八十艘，而清军依然保有近二百艘，战力的天平开始倾斜了。
六月二十日清晨，施琅派人以慰问刘国轩伤势的名义前来实施招降。
对于施琅的图谋，刘国轩明确予以拒绝：“尊侯仕明游击，亡归延平，复主逋逃，臣事三姓，此足下智若转圜，勇于舍旧，捷出寻常万万，猥欲策驽末步骥尘，殷殷意厚，敢不拜嘉。国轩老矣，君存与存，君亡与亡，若一旦背而他之，卒然反噬，虽犬马有不忍为，而谓国轩不犬马若也？诘朝相遇，不尽欲言。”
尽管招降被刘国轩用辛辣的语言给顶了回去，但施琅却依旧没有放弃临阵策反的念头，他不断派人以向故旧问安的名义给郑军各部送去招降的书信，姚启圣也恰好此时派人过来诱降，在两厢夹攻的情况下，郑军中的高级武官开始动摇了，其中左冲镇镇将杨德率部叛逃，造成郑军上下极大的震动。
为此刘国轩再度召集众将，苦口婆心的告诫道：“以功，则三桂莫大，然以撤藩窘死，他皆歼殄，唯琅与天贵廑存，假以毒我。海氛朝以靖，两人夕以诛耳。且两军杀掠相当，胜败未卜，何馁然即欲投烬若斯？愿共诸将军决一死战，以定去就何如？”
刘国轩语重心长的话语打动了犹豫不定的郑军诸将，于是军心重新稳定下来，然而此时施琅得到来自大陆的增援，战船总数更是达到了二百四十艘，占有绝对优势的他便不在等待郑军从内部瓦解，六月二十二日，最终的决战开始了。
