此时又有两艘顺风而来的清军舰船先后撞上了邱辉的坐舰，然而刚刚邱辉奋战的那一幕明显... --
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幕明显震慑了他们，尽管人多势众，尽管邱辉看起来已经无力再战，但依旧没有人愿意直面这位困兽犹斗的勇将。
“拼一个赚本，拼两个赚一个。”邱辉感受着船体碰撞的颤动，意识已经开始模糊的他知道自己已经走投无路了，于是喃喃说着。“老子这是赚了，赚大发了。”说话见，之间他慢腾腾的挪到船尾火炮边的火药桶置放处，一脚，两脚，三脚，木桶受力倒下，翻滚着洒出一条火药带来。“如今怎么跟个婆娘一样了。”
邱辉自嘲着，无力的跌坐在甲板上，好半天之后才慢慢的爬到起火的船舷边，费力的撕下衣物，引燃了火，被鲜血浸湿的衣物一半干一半湿，湿的部分在火焰中发出难闻的气味，但邱辉却似乎丝毫感觉不到恶臭一样。
“国姓爷，王上，世孙，臣也算鞠躬尽瘁了。”说罢，邱辉手一扬，带着余烬的衣物落在火药带上，瞬间腾起了一片绚烂的火光。“施秃子（注：施琅在朱成功军队中曾经剃光了头表示不满，所以郑军以秃子来嘲笑他），老爷在地下等你来”
就在邱辉自焚而死的时候，施琅正下令将预备队的鸟船作为纵火船顺风而下，直烧郑军大队。几乎霎那间，海面黑烟滚滚，火光冲天，正在跳帮作战的郑军猝不及防，十数条大船相继起火，船上战士不是被烧死就是被迫坠入海中溺毙。见到如此场景，陷于苦战的郑军官兵的士气愈发的低落了。然而此时更加雪上加霜的一幕出现了，江胜的战舰被十余条清军战船团团围住，一通力战之后，江胜当场战死，帅旗也被扯落踩到了清军的脚下。
尽管发现险情的刘国轩很快就赶来接管了中路主力，但就一刻钟的时间足以改变战局，由此战败的局面已经无法挽回了。此时施琅本着宜将剩勇追穷寇不可沽名学霸王的精神下令对郑军的剩余舰船穷追猛打着，郑军舰船相继被数量上占有绝对优势的清军分割包围，被迫陷入了各自为战的境地。
到了申时，见势不妙的陈谅率先逃走，林贤所部清军得以跟中路主力汇合，至此郑军彻底回天乏术。不过，郑军将士依旧以不愿为鞑虏顺民的姿态在奋力厮杀着，无数的好男儿舍生忘死的拼杀着，炮毙了清军游击赵邦试、射伤了总兵清军林贤和吴英，总之在郑军的奋战下，清军并不能立刻把优势转化为胜利。
申时过半，水师总兵陈启明、楼船中镇镇将王隆、水师第九镇镇将曾瑞先后战死，郑军的奔溃开始从量变到了质变，此后又有水师前镇总兵黄学齎、水师三镇镇将陈政、援剿右镇镇将郑仁、护卫镇总兵黄联、后劲镇镇将刘明、中提督左镇洪邦柱、中提督右镇尤俊、中提督后镇杨文炳等四十七员提督、总兵、镇将、副将及协将以上的将领战殪当场
见到一切都不可挽回了，刘国轩终于挺不下去了，他在慌乱中集合了身边仅有的十余艘战船脱离战场，自吼门水道仅直逃往东宁，随着他的逃跑，有组织的抵抗结束了，除了一部分还在顽抗的郑军将士之外，澎湖海战就此落幕。
海战的结果出来了，成了瓮中之鳖的澎湖各岛守军纷纷投降，至此，离开战不到十天的时间，郑军便阵亡偏裨三百七十余人、士卒一万五千余人，二百余艘大中型战舰中除极少的以外全部损失，还有一万多名官兵或降或俘，损失的军械辎重更是无法估算，而清军付出的代价不过各种船只一百余艘，战死战伤八千余人而已
攻克了澎湖，施琅一方面收编降军，并给予伤者医治外，另一方面他立刻踌躇满志的向在北京的康熙发出了赫赫有名的《飞报大捷疏》，并由于引出了一段被世人指摘为恩将仇报（注：指跟姚启圣抢功）的笔墨官司。
在北京的康熙帝得到施琅的报捷，龙心大悦，当即诗兴大发挥笔写下了《中秋日闻海上捷音》七律一首，其诗云：“万里扶桑早卦弓，水犀军指岛门空。来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。海隅久念苍生困，耕凿从今九址同。”
在康熙和施琅的眼里，澎湖海战的胜利让明郑失去了最后的抵抗能力，东宁已经如扒光了衣服的少女等着他们去凌辱去践踏，然而结果会是这样吗？不，郑克臧还没有屈服，这场大战的真正高潮还没有降临呢
