再度巡视台湾各县的郑克臧在淡水得到岛津家出兵的消息，稍加权衡便指示水师应战，不过当时伏波舰队的主力不是在闽粤两省巡逻便是加强在舟山一线充当快速运输船，根本没有太多的力量可以抽调出来，不得已，林升便命令基隆队升帆出击。
主要承担教学任务的基隆队在三省攻台之后也逐渐鸟枪换炮了，虽然依然保留了大... --
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留了大量的鸟船、福船、沙船作为教训用船，但原来充作软帆船教学之用的两条独桅纵帆船却早换成了广南分舰队替换下来四条四千料铁骨炮船---正雄心勃勃准备筹划将基隆队升格为水师学堂分舰队的黄初旭正愁没有机会，如今岛津人送上门来自然是笑纳不已的。
永历四十四年十一月二十六日，黄初旭亲率四条双帆炮船和三条通报船直趋琉球，在与论岛、伊平屋岛、野甫岛、屋那霸岛海域与萨摩藩的船队遭遇，战事的过程自然不用冗述了，使用郑军惯用的群狼战法的郑军一连击沉、击毁安宅船六只、关船十四只，萨摩人只有七只带伤的船夺路分别靠上周边岛屿，其中只有两只船三百余人安全抵达琉球本岛，其余的则搁浅在伊江岛等附属岛屿上，最后或被郑军俘获或活活的饿死在荒岛之上。
侥幸逃生的三百余萨摩军登陆之后，不甘失败的他们一路煊赫前行，攻击沿途按司，却是吓住了一部分琉球人，琉球山北（注：琉球本岛分山北、中山、山南三部分史称三省）重镇今归仁城也陷入了岛津家的手中。
得到汛报的琉球朝廷惊慌失措，马良智及毛恩寿心急之下亲自前往明郑国信使官邸求援。何之洲遂派人向海战得胜后回到那霸洋面耀武的基隆队方面通报，闹了个大红脸的黄初旭便率队重新北上，在名护城卸下四百学兵准备迎战。
萨摩军不知道郑军去而复返，准备用三百人创造奇迹的他们在把今归仁城糟蹋得不成样子之后便拍拍屁股一路南下。结果才行进了一天，便在通往羽地成和名护城的分岔路口一头撞上了郑军的水兵队。虽然郑军参战的大多是十几岁的年轻水兵和候补武官，但是初生牛犊不怕虎，再加上又之前的海战中刚刚得胜的，因此一个个士气爆棚、战意高昂。反观萨摩军虽然得到了短暂的休整，但一方面丧失的士气不是那么好恢复的，另一方面成为孤军的他们也丢掉了至关重要的火药及其他军火补给，所以在面对郑军时情不自禁发生了骚乱。如此一加一减，战斗的结果自然不言而喻。当战败四散的最后一名岛津足轻倒在琉球人的围攻下后，这场决定琉球未来归属的战斗就此落幕。
得胜的琉球方面忙不迭的废除了对萨摩的最后一点年贡，并且宣布废止萨摩强加给琉球一方的《誓文十五条》。不过琉球方面要求明郑方面支持其收回被萨摩割走的奄美大岛的要求却被当时主力部队尚在浙东作战的明郑方面所拒绝。
至于萨摩方面只要当年的十二月底才从长崎的明郑商人口中得知了远征军全军覆没的消息，吃了大亏的岛津人自然不干，除了在全领召集兵马以外，还再度派人前往江户要求幕府主持公道，赶走长崎的明郑商人、没收他们的财货以赔偿萨摩的损失。
看到萨摩的实力被削减，对外样大名甚不放心的幕府自然是暗自高兴，再加上丝割仲间的三都商人集团的强烈反对，因此幕府并不愿意出面跟明郑方面闹翻了，而且被福寿膏弄坏了脑子的将军纲吉为了求得子裔接连发布《生类怜悯令》，更不准日本境内出现刀兵血煞，所以萨摩的请求最终石沉大海。
见到幕府不愿为己做主，萨摩藩恨得牙根痒痒的，于是在永历四十五年二月初策动了第二次对琉球的讨伐，但是萨摩的运兵船根本出不了佐多岬，不但运兵船出不了佐多岬，就连在萨摩湾内通行的商船以及渔船都遭到郑军的随意炮击，岛津人虽然极为愤愤却也无可奈何。既然大军无法出动，自是不能长期保留着浪费粮食，更何况幕府还虎视眈眈准备纠错，所以在僵持了一个月后，岛津家只能无矢而终的放弃了对琉球的征讨。
岛津家见无法派兵下海、幕府又不理不睬，于是派出浪人在长崎作乱，接连砍伤明郑商人，就连郑明等人的府邸也遭到骚扰对此已经从大陆抽回手来的郑克臧命令对萨摩离岛进行攻击。郑军先后夺取了奄美大岛、萨南列岛、口永良部岛、屋久岛、硫磺岛，就连萨摩家老种子岛家的种子岛也被郑军攻占。
迫于郑军咄咄逼人的攻势，岛津藩被迫服软，双方在萨摩湾里进行谈判，最终，岛津家放弃包括奄美大岛在内的所以在琉球的利益，明郑则归还萨摩离岛，至此岛津家久的事业付诸东流，更为让岛津人沮丧的是，萨摩口由此彻底关闭，岛津断了一大财源，而日本的红糖、雪糖价格也随即节节高涨
