在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到帝国每一个角落。
然而，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”也就是说：内阁此时仍然只是皇帝的私人秘书，不是权力机构。
内阁真正进入权力中心的是从明仁宗朱高炽开始，明仁宗朱高炽，因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士，之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位，虽然身居内阁，其头衔均以尚书为尊。自此，内阁权力加重，逐渐受到重视。
到他儿子明宣宗时，内阁权力开始上升，杨士奇、杨荣、杨溥（三杨辅政）形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发，至此，明朝的内阁算是进入了权力的中心。
明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，自后后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更大。
其间虽有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之际，内阁在已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。
正德年间，明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。可也有有杨廷和等干练之臣掌握内阁，所以大明在正德年间没有发生什么大乱。
明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。明代之内阁大学士虽无宰相之名，实有宰相之权。到嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年，内阁的权力已经完全与从前的宰相一样了。
到万历皇帝后，因万历皇帝登基时只有十岁，依靠内阁首辅张居正辅政，内阁首辅张居正实际上成为大明实际上的政务决策者。
他把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。给幼年皇帝的批红，他是皇帝的老师，批红自然毫无问题，如此一来，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的 “批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致，他也是明朝内阁最有权势的内阁大臣。
万历后，皇帝大多数不理会朝政，但内阁中人才济济，只要给予内阁权力，皇帝再怎么潇洒都无所谓（如隆庆帝）；而内阁权力被虚化，被剥夺（如大明崇祯十七年换五十二任内阁），那就是再勤政也是要误国！ 大明朝时，即使皇帝不上朝理政，国家机器也能依靠一班大臣和一整套政务流程维持正常运转。清朝则与明朝不同，大臣们只是奉命办事，皇帝则往往是把权力全部抓在自己手中，因此专制成为大多数清朝皇帝的特点。
