相较于其他种族，帝国防卫军的指挥架构相当复杂。当然，帝国防卫军的整体架构也比其他种族大上无数倍。
军团架构：
军团是帝国防卫军的主要作战单位。军团从单一个行星招募士兵，它是一个完整的实体，所有个机能都相当完备，像是军团有自己的军官，补给以及支持... --
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以及支持部队。但是有一点该注意的是，就像防卫军的其他特性一样，明确组成一个军团的必备要素可能会依据每个世界的不同而有很大的差异。在决大多数的军团中，所有的人员都是来自同一个世界，甚至连非战斗人员都是从军团组成的母世界所招募。然而，军团当中的政委一定是从其他世界所指派。
在成立之后，整个军团会搭上巨大的星舰，送往它所被指派的地点，他们会在航行的过程当中接受训练。他们被指派的目标可能是大战的核心，但也有可能是驻防或是警戒任务。
帝国防卫军的军团通常是一个暂时性的单位，不像星际战士的战团。在成立之后，军团通常不会再接收任何人力增援，对军团来说从母世界再次招募人员来替补伤亡人数是很少见的，这是因为一般来说他们的任务地点及母世界之间的距离太过遥远。从母世界载运士兵来增援他们军团所花费的费用，风险，以及时间延迟的困难通常很难被证明是可行的作法，尤其是当选择以及更有效率的增援方式存在的时候。如果是在驻防或是警戒的任务，军团通常可以从当地居民当中招募人员。而如果是在战斗任务，两个或以上战斗力量被削弱到一定程度的军团会被合并在一起，成为一个新的军团。这个合并的结果可能是军团得到跟来自同样母星的士兵合并，像是哈瓦兰579th冰雪战士的例子。但也有可能会变成一个充满数个不同世界士兵的混血军团，像是泰尼斯『第一与唯一』军团（*译注：不知道怎么翻…这好像是刚特的幽灵当中的军团）
如果任何军团存活够久，它终究会接收增援来自那些被防卫军人抚养的孩童，这些孩童在军团当中被抚养长大，而在年龄足够时就会加入军团。这些增援通常被称为『白盾』，他们通常被组成他们自己的一个排，在当中他们可以藉由在实战中担任某些勤务来学习战斗的技巧，直到他们准备好真正有能力加入军团成为正式防卫军的一员。
某个著名采用特殊增援方式的军团是Vostroyan长子团；这是因为Vostroyan行星特别的背景所导致的，不管有多么困难或代价多高昂，他们的军团永远只接收从母世界送来的人力增援。（*译注：Vostroyan的背景可以看精华区另外一篇介绍）
当不论甚么原因增援始终没有到来时，军团最终会由于不断累积的伤亡数量，最后终于在战斗中被完全摧毁。另一个可能则是因为他们之前出色的战斗成果而被解召顺利退伍。但无论如何，前者生的机率远远高于后者。
帝国防卫军战场概述
帝国防卫军无数的军团包括了各式各样的步兵，机动化及非机械化骑兵，炮兵以及各种战争车辆。每个军团内部通常所有的编制都是相同的，而且通常都会专精在各自擅长的战斗领域。举例来说，轻步兵军团通常不会部属任何机动运输车辆，而且也不会配任何非人员携带的武器。相较之下，炮兵军团就不太会配除了火炮以外的装备。这是为了确保帝国防卫军都有各自专精的强项，当不同的军团结合在一起作战时可以挥各自所长。而另一个更深一层的理由则是，确保由军事指挥官所策动的大规模叛变更难被组织起来。
帝国防卫军的军械库相当多样化，包含了各种让战斗部队在不同环境下可以生存的装备。这些装备从手提无线电，通讯单位，到晋升以及表扬优良表现用的奖章都有。
即使帝国防卫军可以部属大量的高科技装备到战场上，但一个冷酷的事实是，对于他们来说，最重要的资源仍然是它那可以部属到战场攻下目标的无数的士兵。对于帝国防卫军来说，用来赢得战斗的伤亡人数是无关紧要的。帝国防卫军会为了任何一个微小的目标投入数以千计的士兵，而在相同的情况下星际战士只会投入数百人。很明显的，一个防卫军小兵永远不可能拥有跟一名星际战士一样拥有凡的能力；然而小兵可以有数百万个，星际战士却只有那么一个。
