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在朱由检心中从未想过去治孙传庭的罪，当然他也没有对孙传庭失望，相反因为这件事情让朱由检对孙传庭更加有信心，若说之前他是靠着前世的记忆觉得孙传庭是个有能力的人，那么经过这场神庙叛乱、短短几日孙传庭便就平定了叛乱，就可以说明他是个临危不乱，可寄重托之人，朱由检闷闷不乐的原因在于现在的历史在已经改变，因为在他所熟悉的历史中四川根本就没有发生过这种可以震动朝野的叛乱，历史已经改变，当然最让朱由检失望的还是朝廷上的官员与应变能力。
保宁府发生叛乱，大臣们第一件做的事情便是要弹劾孙传庭，难道他们就不不知道事有轻重吗？朱由检知道，凭着现在朝廷现在的能力，根本就不足以应付日后的种种变局，也是因为这件事情，让朱由检下了一个决定，他要再度增设一个行政机构，专门应对这种突发事件所用，严格意义上说就是为了叛乱做准备。
养心殿中，朱由检站在门前，在他的身后站着李国普，袁崇焕二人。
“刚刚孙传庭上了折子，想必你们两人心中也都清楚，叛乱被平定了，贼首也死在乱军之中，可朕却怎么也高兴不起来。”
“不知皇上为何忧愁？”李国普开口询问道。
朱由检转过身看向李国普一字一句道：“从四川叛乱到结束，朕所忧愁的事情就不是叛乱本身，而是朝廷的不作为，若不是四川官府处理得当，那这场叛乱便会尾大不掉，造成极其严重的后果，当孙传庭上奏说保宁府有人举事谋反，满朝文武没有一个人跟朕说，该怎么办，朝廷下一步该怎么做，是招安，还是平叛，没有一个人说啊，朕十分寒心，他们第一个想到的就是要弹劾孙传庭，李国普，你在京师呆了那么多年，有多少官员吃着闲饭，每日拿着朝廷的俸禄，等到朝廷用到他们的时候，他们却拖着那些想为朝廷办事官员的后腿，你们说，朕该不该寒心，又该不该忧愁呢？”
朱由检的话让李国普哑口无言，当然这些李国普也都想过，但是他不是张居正，他不敢提出精简机构，裁剪官员的方案来，故听完朱由检的话，他只能闭口不言。
朱由检往前走了两步开口说道：“此次平叛死伤的官军家中要有抚恤，这笔银两由内库出，朕不希望有人在这笔银两上动手脚，而通江城的百姓最苦，受了无妄之灾，下旨，免征保宁府一年赋税，通江五年赋税。而贼首五马分尸，株连九族。”
李国普与袁崇焕尽皆低头恭敬道：“遵旨。”
“这次保宁叛乱，孙传庭确实有些责任，你们二人认为我该怎么惩罚他。”朱由检回到龙榻上坐下后开口询问两人。
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