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程昱当时之所以拒绝为刘岱效力，就是因为程昱相信自己的眼光，知道刘岱虽然是汉室宗亲，但是在如今这个混乱的时代，汉室宗亲的影响力大不如前，而且刘岱还是一个遇事不决，瞻前顾后的人，实在不是一个合适的主公，所以程昱选择了返回家乡，继续等待机会。
过了不久，刘岱就为黄巾军所杀，这时的曹操便趁机出发兵临兖州，在得知了程昱的消息之后，便辟召了程昱，而这一次的程昱却是毫不犹豫的一口答应了，因此在程昱将行之时，程昱的乡人十分疑惑，开口询问程昱道：“怎么你前后的行为相背如此？！”，而程昱却只是笑而不应，不过很明显的是，程昱十分看好曹操在这乱世之中的表现。
而程昱初至之时，曹操便跟他谈论大事，而且讨论的十分高兴，便以程昱为寿张令，而且在曹操征讨徐州的时候，也是下令让程昱与荀彧共同留守鄄城，由此可见曹操对当时的程昱与荀彧都是一样看重的。
还是那时张邈等部发动叛乱，迎接吕布进入了兖州，四周郡县云起响应，唯有鄄城、范县、东阿三地没有动摇。
之后不久，便有一个吕布军的降兵，向荀彧与程昱报告，陈宫想要带兵取东阿，又派泛嶷取范县，当时的吏民听到这个消息之后，都是十分恐惧的。
而当时的荀彧就告诉程昱道：“如今兖州作反，唯有此三城得以保全。陈宫等人以重兵临城，如果不能同心结力，三城必定不保，而您是吏民之望，如今回去向他们游说，一定可以成功！”
简单的来说，程昱当时在兖州的名气已经是无人能出其右，所以荀彧才会希望程昱能够出面安抚民心，保证在吕布军攻打这三座县城的时候，不会不战自败。
程昱于是先行返回了东阿，当时吕布军的泛嶷已在范县，这泛嶷是当时吕布手下的一名都伯，对于当时的吕布军而言，都伯已经算是吕布军中的高层官员了，也是吕布军派来说降范县的使者，可谓是吕布的脸面，结果范县的县令靳允在经过程昱的鼓励之后，便伏兵刺杀泛嶷，到了这会儿，范县就不可能再投降吕布了。
然后程昱又派遣了一支部队占住了仓亭津，陈宫手下的军队一时之间便不能渡河，这大大拖延了吕布军的行军速度，而当程昱来到东阿时，东阿令枣祗已经率吏民拒城坚守，又有兖州从事薛悌与程昱协谋，于是程昱便留守东阿，终于守住三城，以待曹操返回，而当曹操归还兖州，就曾经执程昱之手道：“若非程卿之力，吾无所归矣。”，之后曹操更是上表程昱为东平相，屯于范县。
而且就在这时，曹操得知了程昱所做的怪梦，于是便将程昱的名字，由“程立”改成了“程昱”。
到了兴平元年（也就是公元194年），曹操与吕布在濮阳进行交战，结果数度失利，不过因为当时的兖州全境又发生了蝗祸，曹操与吕布两边的部队都缺乏粮草，于是双方便默契的引兵暂去。
这时，袁绍也派人来游说曹操连和，希望曹操能迁居于邺城，当时曹操眼见自己的兖州失去了大半，军粮又将用尽，于是在计议之下正想答应袁绍的要求。
程昱觉得袁绍肯定在算计着什么，于是向曹操进言道：“在下窃闻将军想遣居迁邺城，与袁绍连和，请问有这样的事吗？”
曹操也是一个耿直人，而且曹操也非常信任程昱，便直接说道：“是的。”
于是程昱立马劝谏道：“在下认为将军您只是一时之间临事而惧，否则又怎么会如此不深思熟虑？袁绍如今已经据有燕、赵之地，怀并吞天下之心，可是其智不能济其事，加之胸怀狭隘，将军自以为能在袁绍手底下做事吗？将军您可是有龙虎之威，可以做韩（这里指的是韩信）、彭（这里指的是彭越）他们这样臣服于他人的事吗？如今兖州虽残，尚有三城可守，能战之士，不下万人。以将军的神武，加上我和文若（也就是荀彧，由此可见程昱当时就认为荀彧能和自己相提并论）等人的协助，并收城池原本的士兵而加以运用，那么霸王之业也是可以成就了。希望将军能慎重考虑一下！”
于是乎，在程昱的劝解之下，曹操才放弃连和袁绍的想法。
而在之后，曹操挟天子以令诸侯，汉献帝在定都许县之后，便以程昱为尚书，当时的兖州尚未绥抚停当，于是又以程昱为东中郎将，领济阴太守，都督兖州之事。
到了建安三年（也就是公元198年），刘备本来就在徐州立足不稳，并没有真的接手陶谦留下来的兵马，然后就因为相信了吕布而失去徐州，只得前来归附曹操，这时的郭嘉和程昱都在劝曹操杀了刘备，结果自信的曹操不听。
到了建安四年（也就是公元199年），曹操便派遣刘备到徐州去截击袁术，程昱与郭嘉再次向曹操建议道：“明公前日没有除掉刘备，如今更是向刘备借兵，刘备他必定会有异心的。”
结果刘备也知道曹操手下本来是龙潭虎穴，加上刘备也明白程昱等人想要杀死自己，所以刘备在得到了曹操的兵马之后，很快就急行军的离开了，于是曹操十分后悔，但已经是追之不及，果然，在袁术病死后，刘备就来到了徐州，杀死了当时曹操所任命的徐州刺史车胄，举兵反叛了曹操。
然后在第二年的建安五年，程昱又迁升振威将军，当时袁绍在黎阳准备带兵南渡攻打兖州，而程昱当时却只有七百名士兵守着鄄城，曹操知道形势危急，于是便命人告诉程昱，想要在派二千兵马前往鄄城助守，而程昱不肯接受，并且向曹操分析道：“袁绍这次拥兵十万之众，自以为所向无前，袁绍若只见在下领兵过少，必定认为这里有诈，不敢轻易来攻，但是如果在此时增加了我手下的士兵，过多则不可不攻，要攻之必克，只会两损其势，所以希望明公不要怀疑！”
