在这段时间里，商毅依然还驻军在大沽口，只等待着北京的局面生变化，然后决定商家军的动向。
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p; 接到了叶瑶瑱的书信之后，商毅也考虑到，南京将会马上选立新君了，而这件事，商毅在离开杭州之前，是无法正式通告全军的，因此只能和叶瑶瑱和叶星士私下说明。如果风声传开，恐怕有人会动心，因此也专程写信，正式下令全体商家军，都不许参与拥立皇位的争斗。
同时在商家军撤离北京的时候，还带走了六十多万两白银，想到这时苏州收购生丝一定己经用去了大量的白银，因此商毅又让吴全福驾驶飞鱼一号返回杭州，将这六十多万两白银也全都带回来。
看完了商毅的书信之后，叶瑶瑱心中也大定，持“参与皇位的争夺，以取得拥立之功”主张的，未必就是周少卿一个人，相信在商家军內部，有这种想法的人也不少，一但他们都联合起来请示，自己想压下来恐怕也不容易，现在有了商毅的这封信，也就可以明正言顺的号令商家军的所有成员了。
而这六十万两白银也来得很是时候，虽然现在刚刚完成了与荷兰人的第一笔生丝交易，白银暂时到是不缺，但现在为了收购生丝，各方面都在紧缩银根，好储备白银，商家军的开支己经压到了最低限，万一出现突事件，恐怕就无力支撑了。这批白银一到，可以大大缓解财务上的压力，也能有大大周转余地。
而林凤舞得知又了六十万两白银的进帐之后，也不由信心大增，这回再多的生丝也收得下来了。于是两人再次道别，启程上路。
送走林凤舞之后，叶瑶瑱立刻下令，将商毅的信遍示各级官员，宣告严禁商家军的任何人，以任何形势参与拥立皇帝的争斗之中。而袁大祥也只得灰溜溜的返回了凤阳，向凤阳的守备太监卢九徳汇报。
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不过尽管商家军没有参与这一次拥立皇帝的争斗，但卢九德等人的暗中策化却不会因为沒有商家军的参与而停止下来。而南京的一干文武大员这时还都被蒙在鼓里。
史可法为了能让自己拥立桂王继位的方案能够通过，也专程亲赴浦口来找凤阳总督马士英商谈各方面的纷争和自己的折中意见，希望能够得到他的支持。因为在这个时候，黄得功、刘良左、高杰在名议上都是马士英的部下，因此从表面上来看，马士英是掌握最大实权的地方官员。
而马士英也认为这是自己参与定策，在未来的朝廷中占有重要席位的大好机会，因此当场满口答应，同时还劝史可法从接桂王到南京继位。
应该说在这个时候，马士英还不知道卢九德等人的暗中行动，在感情上还是倾向于东林党，而且也甘心身居史可法之后，成为新朝廷的第二位人物，并非一些史料所说，是假意答应史可法，而在暗地里己经准备耍阴谋了。因为在他与史可法达成协议之后，还曾经邀请南京各部官员都赴浦口，来当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物。
但令马士英没有想到的是，南京六部的大臣都认为凤阳总督不过是地方高级官员，根本无权号召朝廷大臣，因此都没有理釆马士英，也令马士英颜面大跌。局势也就在这些不经意间的地方，生了微妙的变化。
自感扫兴的马士英回到凤阳，才得知卢九德己经伙同高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王为帝，开始是大吃一惊，尽管高杰、黄得功、刘良佐三人在名议上都是马士英的部下，但事实上各自手里都有几万兵马，马士英并没有能力完全控制住他们，因此事情显然是无法改变了，同时马士英也意识到，另一个更大的机会，出现在自己的眼前。因此马士英也立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王。
这时史可法还不知道马士英己经变卦，在他给马士英的信中，陈述3朱由崧的“七罪”——贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司。结果这封信也戌为马士英要挟史可法的手段和证据。
结果马士英以凤阳总督和三镇名义，正式致书南京守备太监韩赞周，宣布将拥立福王朱由崧为帝。为了震慑南京的官员，还说：“听闻江南有人尚持异议，谨率兵五万，驻扎江干，以备非常”，用意十分明显，就是以武力胁迫。
南京的各大臣得知这一消息的时候，也无不惊骇，但乱世之中，手中无兵，也只能听天由命了。虽然有人也提议，调商毅但人马进驻南京，以对抗三镇人马，但却遭到一些人的反对，一是时间上来不及，二是谁知道在这个时候商家军又会做何打算。就连吴甡也不支持这个意见，因此也只能违心的接受拥立朱由崧为帝的事实了。史可法也只能亲自过江，接朱甴崧到南京继位。
