随后洪承畴才向郑芝龙提出，让郑芝龙和自己一起去福州，办理正式的降清手续。同时清军也将退出福建，将地方都移交给郑芝龙管理。
既然双方己经谈到了这一步，励么于情于理郑芝龙也都应该到福州去一趟，而且这时的郑芝龙己经完全相信洪承畴，完全相信了清廷，因此也欣然同意前进。
而这时驻守在金门岛的郑成功已经收到商毅的信，听说父亲要亲自去福州和清军商谈投降的事宜，也亲自赶回到泉州，跪地大哭，力劝父亲道：“虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
但郑芝龙这时己经什么都听不进去了，执意要亲赴福州商谈降清的事宜，同时还准备带郑成功和自己一起去福州，也表示自己降清的诚意。
郑成功见劝不动父亲，又想起商毅信中所说的话，于是连夜返回金门，静观事态的变化。并给郑芝龙留下一封信道：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
第二天郑芝龙不见了郑成功，看到了信，也不由大骂郑成功是个逆子，满纸狂悖之言，但这时郑成功己经返回金门，郑芝龙只得带着幼子郑渡，五百士兵，和洪承畴一起出发，前往福州。
到了福州之后，一开始勒克德浑还对郑芝龙盛情招待，与郑芝龙折箭立誓。郑芝龙还以为得计，也完全放下心来。连带来的五百士兵也都遣散。
那知就在第三天夜里，勒克德浑突然宣布拔营返回北京，同时命令郑芝龙随军北。郑芝龙大吃一惊，这才知道自已中计，但这时己被困福州身边只有十几名从人，根本就无力反抗，尽管郑芝龙不甘心束手就擒，最后还努力一把，对勒克德浑道：“北面君，本芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海，倘有不测，奈何？”还想借自己的兵力威胁一下勒克德浑，作最一搏。
但清军对此早有定计，勒克德浑的回答是：“此与尔无关，亦非吾所虑也。”同拿来纸笔，让郑芝龙当面写了几封信，用以劝降郑氏军队的主要将领。而这时的郑芝龙己为砧的任人宰割的肉，只能按照勒克德浑的要求，给自已的亲属、将领写信。让他们都到福州来投降清军。
郑成功在金门收接到郑芝龙的信后，当即回信拒绝向清军投降，道：“今既不能匡君于难，致宗社堕地，何忍背恩求生，反颜他事乎？大人不顾大义，不念宗祠，投身虎口，事未可知。赵武、伍员之事，古人每图其大者，唯大人努力自爱，勿以成功为念。”
与郑成功同样拒绝投降清军的，还是踞守厦门中左所的郑彩，金门的郑鸿逵以及南澳的陈豹等人。但绝大多数的郑氏将领、包括郑芝豹、施天福、洪习山、黄廷、施郎等人都放下武器，带着军队，向清军投降，庞大的郑家私人军队，在旦夕之间便瓦解了。而最后总计投降清军的军队人数，竞达到了十一万三千余人，战船近六百余艘。加清军前期在进攻江西、福建收降的南明军队，竟然一下子收降了各部明军十五万余人。
而在此期间，清军也攻占了福建的最后一地泉州府，并且还杀入了郑芝龙的老家安平，然后四处抢掠，郑芝龙纵横海近二十年，积攒下来可以敌国的巨额财富，也被清军哄抢一空。
郑芝龙己经被清军严密看管，软禁起来，福建也几乎全都被清军占领，还掠夺到巨额财富，虽然郑家私人军队中还有少数残余势力盘据在沿海一带地区，拒不降清，但洪承畴和勒克德浑都认为现在大局己定，这少许余势也戌不了大气，因此这次自己南方之行的任务己经圆满完成了，也准备返回南京。
在动身之前，洪承畴也招集清军的主要将领，分派下一步任务。整个江西、福建、广东的军务都交由觉罗巴哈纳来付责，并且驻守福建，清剿郑氏的残余势力；由金声桓领军，驻守江西，并且配合另一路人马，进攻湖南；由尚可喜领军，进攻广东。同时把郑芝龙部下的诸将也都分派到各人部下去效力。
随后洪承畴和勒克德浑带着郑芝龙己及亲属人员，押运着掠夺来的巨额财富，并且还带了五万大军，返回南京去了。
