但就在清军的船队准备从南京启航的时候，正好商家军长江舰队从长江向清军发动进攻的时候，何滨正带领着前部的十三艘战船向龙山... --
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向龙山船厂这边行驶过来，得知这时清军的船只都停泊在南京金川门一带的江面的码头，正在装船出发，因此何滨也立刻下令，各船排成一列纵队，向清军的船只发动进攻。同时又派小艇向后面的第二批舰队下令，让他们迅速赶来参战。
商家军的舰队突然杀到，也确实令清军有些措手不极，好在是水军统领刘梦蛟经过了二次水战之后，到是有了些经验，因此立刻下令，命准备好的三十余护航战船立刻出击，迎击商家军的战舰，为运输船队争取时间，然后又催促在码头装船的各船立刻启航出发，装好货物的船只直接向武昌进驶，到武昌去听候命令，而没装货的船则驶回龙山船厂內停泊。
虽然刘梦蛟的命令下得没错，但执行起来，却是一大堆问题，因为并不是所有船只都能在第一时间收到命令，结果有的船收到命令，立刻扬帆启航出发，而有的船却还在自码头驶进，结果互相撞在一起，前进不得。同时还有不少船只正在装船中，水手船员都还沒有到位，虽然撤了跳板，但却没法出航，另外还有不少只装了一部份货物的船只，也不知自己该是返回龙山船场，还是该驶向武昌，只能派人来向刘梦蛟迅问，也把刘梦蛟给忙得焦头烂额，情急之中，也下达了不少错误的命令，结果把本来就己经有些混乱的局面弄得更乱。真正顺利离开码头驶走的船只其实没几条。
而就在码头乱成一团的时候，忽然有人大叫了一声：“商家军的舰队杀过来了。”
话声未落，只听“嗖嗖嗖”的破空之声传来，紧接着就是“轰——轰——”的爆炸声响起，码头顿时陷入一片硝烟迷雾之中。
尽管这一次商家军出战的只有十三艘战船，但都是火力齐备的战船，而淸军只有三十余护航的战船，那里是商家军对手，也无法阻挡商家军的舰队的突击，因此迅速被商家军的战船杀入自已的船阵中，左右舷的火炮轮流开火猛攻，加霹雳火箭乱舞飞射，打得江面水柱四起，断桅断板乱飞。不一会儿清军的战船就被击沉了十余艘，而其他的战船也都被打得向两侧躲逃。
商家军的舰队也趁势冲过清军护航战船的阻挡，杀到了码头来。在江面横向排开，以侧舷对准码头，首先是一阵霹雳火箭发射，随后就是开炮猛轰。
这时在码头，清军的整个船队也立刻乱成了一团。有的船被霹雳火箭击中起火，也有被炮弹击裂船舷，进水下沉。而其他的船只也都慌不择路，四散乱行，虽然有少数船只侥幸从战场跑少出去，但大多数船只都在混乱果互相拥挤、冲撞，反到是把自己堵得无法动弹，而火势也互相蔓延，结果着火的船只也越来越多。
而随后第一分舰队剩下的十二艘战船也立刻出动，加入到战场中来，趁着清军船只混乱的时候，向清军发动更为猛烈的攻击。清军这时己全无抵抗之力，船只被一艘一艘的击沉。
与此同时，黄震接到了何滨的报告之后，也立刻下令，第二、三分舰队和海军第五分舰队马出击，投入到战场中去。不过等商家军的大队船队赶到战场的时候，战事己经接近尾声，清军的船只己被打得伤沉过半，除了少数逃向武昌方向，其余的船只都退进龙山船厂中躲避。
这一战结束之后，商家军一共击沉了清军各种战船四十三艘，俘虏十六艘，船的物资也全都成为了商家军的战利品，而商家军自身，仅仅只被击沉了二艘护卫舰，另外有三艘船有一定的损伤。不过在混乱中，清军也有十二船侥幸逃出了战场，向武昌的方向行驶而去。清军逃入龙山船厂逃避的船只，己不足五十艘。
取得水战的胜利之后，黄震到并没有急着对龙山船厂发动进攻，因为这时清军在南京地区的水军实力己经十分弱小，对商家军基本构不成任何的危胁了。而且立刻做出布置，命令长江舰队第一、二分舰队逆江而，赶到和州一带泊驻，一方面是揭制住南京的游，防备清军从九江方向赶来救援南京，另一方面也是帮助第二军渡江，攻取太平州。海军第五分舰队和长江舰队第三分舰队则仍然驻守仪真、高资镇一带，这样也就彻底封锁了从和州到仪真这段距离的长江水道。
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